[日本語] English
万見
- PDB-3o7b: Crystal structure of Archaeoglobus Fulgidus Nep1 bound to S-adeno... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o7b
タイトルCrystal structure of Archaeoglobus Fulgidus Nep1 bound to S-adenosylhomocysteine
要素Ribosome biogenesis Nep1 RNA methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SPOUT / ribosome biogenesis / methyltransferase / rRNA processing
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / rRNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis methyltransferase NEP1, archaea / Ribosomal biogenesis, methyltransferase, EMG1/NEP1 / EMG1/NEP1 methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / TYROSINE / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase Nep1
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Thomas, S.R. / LaRonde-LeBlanc, N.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Structural insight into the functional mechanism of Nep1/Emg1 N1-specific pseudouridine methyltransferase in ribosome biogenesis.
著者: Thomas, S.R. / Keller, C.A. / Szyk, A. / Cannon, J.R. / Laronde-Leblanc, N.A.
履歴
登録2010年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribosome biogenesis Nep1 RNA methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9483
ポリマ－28,3831
非ポリマー5662
水4,324240
1
A: Ribosome biogenesis Nep1 RNA methyltransferase
ヘテロ分子

A: Ribosome biogenesis Nep1 RNA methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8966
ポリマ－56,7652
非ポリマー1,1314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area2420 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.083, 70.083, 95.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細AfNep1 is a biological dimer by symmetry operation x,y,z.

-
要素

#1: タンパク質 Ribosome biogenesis Nep1 RNA methyltransferase


分子量: 28382.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF_0734 / プラスミド: pdest527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O29524
#2: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化温度: 293 K
詳細: 3-4M NaCl, 0.1M HEPES, pH 7.0-8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.99998
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月15日
放射モノクロメーター: KOHZU HLD8-24 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→28.9 Å / Num. obs: 48192 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.3 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 32.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Rsym value: 0.517 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→28.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 1.15 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 2437 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.199 48192 99.8 %-
all-48192 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→28.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1753 0 38 240 2031
LS精密化 シェル解像度: 1.452→1.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 173 -
Rwork0.265 3315 -
all-3488 -
obs--98.81 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る