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- PDB-3o6d: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ from Campylobacter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o6d
タイトルPyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ from Campylobacter jejuni in complex with pyridoxine-5'-phosphate
要素Pyridoxine 5'-phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / IDP90671 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / pyridoxine synthesis / Vitamin B6 / pyridoxal phosphate / PdxJ / PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxine 5'-phosphate synthase / pyridoxine 5'-phosphate synthase activity / pyridoxine biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal phosphate (active vitamin B6) biosynthesis PdxJ / Pyridoxine 5'-phosphate synthase / Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE / Pyridoxine 5'-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ from Campylobacter jejuni.
著者: Osipiuk, J. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9084
ポリマ－29,4691
非ポリマー4393
水2,036113
1
A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
ヘテロ分子

A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8168
ポリマ－58,9382
非ポリマー8786
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area22260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.239, 90.239, 156.081
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Pyridoxine 5'-phosphate synthase / PNP synthase


分子量: 29468.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj1238, pdxJ / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9PN59, pyridoxine 5'-phosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PXP / PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキシン5′-りん酸


分子量: 249.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12NO6P
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.056 M sodium phosphate, 1.344 di-potassium phosphate, (10 mM PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE was used for crystal soaking), pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月21日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→31.9 Å / Num. all: 23944 / Num. obs: 23944 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.615 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.95-1.986.80.7742.3711780.913100
1.98-2.026.90.68311860.961100
2.02-2.066.90.5711951.011100
2.06-2.170.47411510.996100
2.1-2.1570.39811890.99100
2.15-2.26.90.33811721.042100
2.2-2.256.90.28211881.084100
2.25-2.316.90.24811641.116100
2.31-2.386.90.19511871.113100
2.38-2.466.90.17211941.152100
2.46-2.546.90.14311691.15799.9
2.54-2.656.90.11511951.293100
2.65-2.776.90.09911911.39100
2.77-2.916.80.08412131.513100
2.91-3.16.90.06811751.707100
3.1-3.336.80.05812151.992100
3.33-3.676.70.05612042.675100
3.67-4.26.60.05412313.49699.8
4.2-5.296.40.04112443.02799.8
5.29-506.10.04113033.86798.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 7.117 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1971 1224 5.1 %RANDOM
Rwork0.17 ---
all0.1714 23841 --
obs0.1714 23841 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.98 Å2 / Biso mean: 38.428 Å2 / Biso min: 13.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.34 Å20 Å20 Å2
2--1.34 Å20 Å2
3----2.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2052 0 26 113 2191
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222214
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5941.9843005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9533748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6565287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.30325.78109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.14615444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2151511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9151.51338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2661.5538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6722171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8733876
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6174.5820
LS精密化 シェル解像度: 1.949→1.999 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 92 -
Rwork0.238 1628 -
all-1720 -
obs-1720 99.71 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.7432 Å / Origin y: 40.5777 Å / Origin z: 17.3212 Å
111213212223313233
T0.0229 Å2-0.0059 Å20.024 Å2-0.0665 Å20.0332 Å2--0.0586 Å2
L0.6255 °20.0446 °2-0.4553 °2-0.9579 °2-0.0102 °2--1.3192 °2
S0.038 Å °-0.0696 Å °0.0348 Å °0.1078 Å °-0.0124 Å °0.0593 Å °-0.0057 Å °-0.0266 Å °-0.0256 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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