PDB-3o6d: Pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ from Campylobacter ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o6d

タイトル

Pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ from Campylobacter jejuni in complex with pyridoxine-5'-phosphate

要素

Pyridoxine 5'-phosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / structural genomics / IDP90671 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / pyridoxine synthesis / Vitamin B6 / pyridoxal phosphate / PdxJ / PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridoxine 5'-phosphate synthase / pyridoxine 5'-phosphate synthase activity / pyridoxine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ from Campylobacter jejuni.
著者: Osipiuk, J. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o6d.cif.gz	117 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o6d.ent.gz	96.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o6d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3o6d_validation.pdf.gz	450.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3o6d_full_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示
XML形式データ	3o6d_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	3o6d_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/3o6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/3o6d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o6c
類似構造データ	3ioh-1 1ib6-1 3u0y-d 4lyk-2 4frd-1 4i1i-d 3ioj-d 6t5q-2 1yeh-d 4iqd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90671

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

ヘテロ分子

A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.239, 90.239, 156.081
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	Pyridoxine 5'-phosphate synthase / PNP synthase 分子量: 29468.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター) 株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj1238, pdxJ / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9PN59, pyridoxine 5'-phosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-PXP / PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキシン5′-りん酸分子量: 249.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.056 M sodium phosphate, 1.344 di-potassium phosphate, (10 mM PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE was used for crystal soaking), pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月21日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→31.9 Å / Num. all: 23944 / Num. obs: 23944 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 42.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Χ²: 1.615 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.95-1.98	6.8	0.774	2.37	1178	0.913	100
1.98-2.02	6.9	0.683		1186	0.961	100
2.02-2.06	6.9	0.57		1195	1.011	100
2.06-2.1	7	0.474		1151	0.996	100
2.1-2.15	7	0.398		1189	0.99	100
2.15-2.2	6.9	0.338		1172	1.042	100
2.2-2.25	6.9	0.282		1188	1.084	100
2.25-2.31	6.9	0.248		1164	1.116	100
2.31-2.38	6.9	0.195		1187	1.113	100
2.38-2.46	6.9	0.172		1194	1.152	100
2.46-2.54	6.9	0.143		1169	1.157	99.9
2.54-2.65	6.9	0.115		1195	1.293	100
2.65-2.77	6.9	0.099		1191	1.39	100
2.77-2.91	6.8	0.084		1213	1.513	100
2.91-3.1	6.9	0.068		1175	1.707	100
3.1-3.33	6.8	0.058		1215	1.992	100
3.33-3.67	6.7	0.056		1204	2.675	100
3.67-4.2	6.6	0.054		1231	3.496	99.8
4.2-5.29	6.4	0.041		1244	3.027	99.8
5.29-50	6.1	0.041		1303	3.867	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 7.117 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1971	1224	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
all	0.1714	23841	-	-
obs	0.1714	23841	99.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.98 Å² / B_iso mean: 38.428 Å² / B_iso min: 13.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.34 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2052	0	26	113	2191

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.594	1.984	3005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.95	3	3748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.656	5	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.303	25.78	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.146	15	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.215	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.915	1.5	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.266	1.5	538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.67	2	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.873	3	876
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.617	4.5	820

LS精密化シェル

解像度: 1.949→1.999 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	92	-
R_work	0.238	1628	-
all	-	1720	-
obs	-	1720	99.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.7432 Å / Origin y: 40.5777 Å / Origin z: 17.3212 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0229 Å²	-0.0059 Å²	0.024 Å²	-	0.0665 Å²	0.0332 Å²	-	-	0.0586 Å²
L	0.6255 °²	0.0446 °²	-0.4553 °²	-	0.9579 °²	-0.0102 °²	-	-	1.3192 °²
S	0.038 Å °	-0.0696 Å °	0.0348 Å °	0.1078 Å °	-0.0124 Å °	0.0593 Å °	-0.0057 Å °	-0.0266 Å °	-0.0256 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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