PDB-3o4i: Structure and Catalysis of Acylaminoacyl Peptidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o4i

タイトル

Structure and Catalysis of Acylaminoacyl Peptidase

要素

Acylamino-acid-releasing enzyme

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold / beta propeller / oligopeptidase / size selectivity

機能・相同性

機能・相同性情報

acylaminoacyl-peptidase / serine-type peptidase activity / omega peptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Harmat, V. / Domokos, K. / Menyhard, D.K. / Pallo, A. / Szeltner, Z. / Szamosi, I. / Beke-Somfai, T. / Naray-Szabo, G. / Polgar, L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure and Catalysis of Acylaminoacyl Peptidase: CLOSED AND OPEN SUBUNITS OF A DIMER OLIGOPEPTIDASE.
著者: Harmat, V. / Domokos, K. / Menyhard, D.K. / Pallo, A. / Szeltner, Z. / Szamosi, I. / Beke-Somfai, T. / Naray-Szabo, G. / Polgar, L.

履歴

登録	2010年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月6日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o4i.cif.gz	453.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o4i.ent.gz	375.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o4i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o4i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o4gC 3o4hC 3o4jC 2hu5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3o4j-2 4re6-2 3o4h-2 3o4g-2 3o4g-1 3l9i-d 3o4h-1 3o4j-1 4s12-d 7dcd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Acylamino-acid-releasing enzyme

B: Acylamino-acid-releasing enzyme

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.630, 209.890, 205.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	GLU	GLU	2	A	A	6 - 17	6 - 17
2	1	1	PRO	PRO	GLU	GLU	2	B	B	6 - 17	6 - 17
1	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	2	A	A	19 - 21	19 - 21
2	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	2	B	B	19 - 21	19 - 21
1	3	1	LEU	LEU	PRO	PRO	2	A	A	322 - 323	322 - 323
2	3	1	LEU	LEU	PRO	PRO	2	B	B	322 - 323	322 - 323
1	4	1	ASP	ASP	LEU	LEU	2	A	A	325 - 326	325 - 326
2	4	1	ASP	ASP	LEU	LEU	2	B	B	325 - 326	325 - 326
1	5	1	ARG	ARG	GLU	GLU	2	A	A	328 - 580	328 - 580
2	5	1	ARG	ARG	GLU	GLU	2	B	B	328 - 580	328 - 580
1	1	2	TYR	TYR	LEU	LEU	2	A	A	25 - 187	25 - 187
2	1	2	TYR	TYR	LEU	LEU	2	B	B	25 - 187	25 - 187
1	2	2	VAL	VAL	LEU	LEU	4	A	A	189 - 317	189 - 317
2	2	2	VAL	VAL	LEU	LEU	4	B	B	189 - 317	189 - 317

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological assembly is homodimer. The asymmetric unit contains one dimer (chains A and B).

#1: タンパク質	Acylamino-acid-releasing enzyme / AARE / Acyl-peptide hydrolase / APH / Acylaminoacyl-peptidase 分子量: 63064.543 Da / 分子数: 2 / 変異: D524A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 遺伝子: APE_1547.1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YBQ2, acylaminoacyl-peptidase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 78mM sodium acetate, 0.44mM EDTA, 6.7mM dithiothreitol, 2.0% PEG 4000 , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月29日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 61532 / Num. obs: 61532 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.94 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 6.26 % / R_merge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 4545 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Hydrolase and propeller domains of PDB entry 2HU5.

2hu5

解像度: 2.7→19.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 23.051 / SU ML: 0.216 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25192	3091	5 %	RANDOM
R_work	0.2071	-	-	-
all	0.20934	58407	-	-
obs	0.20934	58407	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.197 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8568	0	37	335	8940

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	8807
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	6011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.734	1.976	11956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.24	3	14559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.414	5	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.464	22.564	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.576	15	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.663	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	9981
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.637	1.5	5698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.267	1.5	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.123	2	9087
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.938	3	3109
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.065	4.5	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1584	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
1	1704	MEDIUM POSITIONAL	0.13	0.5
1	1584	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
1	1704	MEDIUM THERMAL	0.14	2
2	942	TIGHT POSITIONAL	0.24	0.05
2	2663	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
2	942	TIGHT THERMAL	0.79	0.5
2	2663	MEDIUM THERMAL	0.85	2

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.465	234	-
R_work	0.427	4216	-
obs	-	-	99.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2007	1.0536	0.2321	5.9298	-0.5961	2.4795	-0.1332	0.2368	-0.1692	-1.6142	0.2305	0.301	0.2264	-0.0654	-0.0973	0.4757	-0.0711	-0.1246	0.2154	-0.0276	0.221	-39.6674	-34.3629	-19.084
2	1.5478	0.32	-0.5378	5.2485	-0.5842	2.9747	-0.1384	0.2341	-0.1073	-0.8912	-0.0314	-0.5168	0.646	0.263	0.1698	0.3946	0.01	0.094	0.2897	0.0191	0.1565	-23.5639	-4.6978	-28.9728
3	2.7364	-0.2942	0.2339	5.2858	-0.191	1.4433	-0.0219	0.0613	-0.2787	-0.0878	0.0557	-0.6452	0.1998	0.2325	-0.0338	0.0455	0.049	0.056	0.1805	0.0042	0.2601	-22.046	-47.1211	5.5902
4	2.0831	0.1045	1.2949	2.6182	0.0473	2.98	-0.0635	-0.0225	-0.0331	-0.6209	-0.0417	0.5489	0.0069	-0.3152	0.1052	0.2179	-0.0485	-0.1895	0.1862	0.0061	0.1997	-47.3152	17.6243	-29.9567

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	319 - 582
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 23
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	319 - 581
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	24 - 318
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	24 - 318

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