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- PDB-3o3m: (R)-2-Hydroxyisocaproyl-CoA Dehydratase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o3m
タイトル(R)-2-Hydroxyisocaproyl-CoA Dehydratase
要素
  • alpha subunit 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase
  • beta subunit 2-hydroxyacyl-CoA dehydratase
キーワードLYASE / atypical Dehydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


(R)-2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase / L-leucine metabolic process / hydro-lyase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #370 / Rossmann fold - #11890 / Rossmann fold - #11900 / FldB/FldC dehydratase alpha/beta subunit / 2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase, D-component / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROSULFURIC ACID / IRON/SULFUR CLUSTER / (R)-2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase beta subunit / (R)-2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Knauer, S.H. / Buckel, W. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Reductive Radical Formation and Electron Recycling in (R)-2-Hydroxyisocaproyl-CoA Dehydratase.
著者: Knauer, S.H. / Buckel, W. / Dobbek, H.
履歴
登録2010年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha subunit 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase
B: beta subunit 2-hydroxyacyl-CoA dehydratase
C: alpha subunit 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase
D: beta subunit 2-hydroxyacyl-CoA dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,67712
ポリマ－180,0104
非ポリマー1,6678
水30,3191683
1
A: alpha subunit 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase
B: beta subunit 2-hydroxyacyl-CoA dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8386
ポリマ－90,0052
非ポリマー8334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area29110 Å2
手法PISA
2
C: alpha subunit 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase
D: beta subunit 2-hydroxyacyl-CoA dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8386
ポリマ－90,0052
非ポリマー8334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area29250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.764, 129.192, 179.166
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 alpha subunit 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase


分子量: 46383.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
遺伝子: hadB / プラスミド: pASK-IBA 3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: Q5U924
#2: タンパク質 beta subunit 2-hydroxyacyl-CoA dehydratase


分子量: 43621.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
遺伝子: hadC / プラスミド: pASK-IBA 3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: Q5U923

-
非ポリマー , 4種, 1691分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 23 % PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841,1.73980,1.74203
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月24日 / 詳細: Double crystal monochromator with 2 sets of mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918411
21.73981
31.742031
反射解像度: 1.82→30 Å / Num. all: 147537 / Num. obs: 146208 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 12.52
反射 シェル解像度: 1.82→1.9 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.71 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.82→19.699 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 7309 5 %
Rwork0.1732 --
obs0.1755 146131 99.15 %
all-147384 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.45 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.389 Å20 Å2-0 Å2
2--6.813 Å20 Å2
3----8.202 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→19.699 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12276 0 44 1683 14003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.89817378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3114952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731894
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032230
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.8850.29067150.233813580X-RAY DIFFRACTION98
1.885-1.96040.27597240.211113743X-RAY DIFFRACTION99
1.9604-2.04950.25287280.193613824X-RAY DIFFRACTION100
2.0495-2.15750.24577290.18313862X-RAY DIFFRACTION100
2.1575-2.29250.22997320.17213890X-RAY DIFFRACTION100
2.2925-2.46910.22197310.163813881X-RAY DIFFRACTION100
2.4691-2.71710.22727330.166813947X-RAY DIFFRACTION100
2.7171-3.10890.21227320.168113911X-RAY DIFFRACTION99
3.1089-3.91180.2067340.154713927X-RAY DIFFRACTION98
3.9118-19.70.18047510.157414257X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29090.23450.3670.42450.3551.0884-0.06560.0486-0.0332-0.26580.0664-0.0759-0.26870.0261-0.00310.2583-0.01080.02130.0529-0.00260.139242.118316.60935.5442
20.19680.170.48480.92350.52881.59130.0976-0.26340.00020.0803-0.21580.12740.1825-0.73640.10820.0866-0.09360.00220.3931-0.02690.10820.82396.62832.6327
30.2975-0.05640.00210.15420.11160.7815-0.0064-0.02840.01460.0625-0.01970.07680.0931-0.02820.02530.105-0.01720.01090.0591-0.00750.14828.943915.923186.9818
40.27670.0005-0.03970.63510.14110.8953-0.01540.0783-0.0411-0.0148-0.0151-0.06490.1610.23530.02080.10030.03610.00060.1721-0.0010.110750.32275.935459.7747
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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