PDB-3o39: Crystal Structure of SPY

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o39

タイトル

Crystal Structure of SPY

要素

Periplasmic protein related to spheroblast formation

キーワード

CHAPERONE / alpha-helical / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI

機能・相同性

LTXXQ motif family protein / LTXXQ motif family protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1490 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / periplasmic space / Up-down Bundle / Mainly Alpha / : / Periplasmic chaperone Spy

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.599 Å

データ登録者

Ruane, K.M. / Shi, R. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Genetic selection designed to stabilize proteins uncovers a chaperone called Spy.
著者: Quan, S. / Koldewey, P. / Tapley, T. / Kirsch, N. / Ruane, K.M. / Pfizenmaier, J. / Shi, R. / Hofmann, S. / Foit, L. / Ren, G. / Jakob, U. / Xu, Z. / Cygler, M. / Bardwell, J.C.

履歴

登録	2010年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o39.cif.gz	89.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o39.ent.gz	74.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3o39_validation.pdf.gz	439.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3o39_full_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示
XML形式データ	3o39_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	3o39_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/3o39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/3o39	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3oeo-1 3oeo-2 2w4a-1 5nzc-d 5ipp-3 4i1k-d 4gr6-d 6bie-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: SPY_ECO57

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Periplasmic protein related to spheroblast formation

B: Periplasmic protein related to spheroblast formation

ヘテロ分子

27.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.971, 68.971, 124.281
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

#1: タンパク質	Periplasmic protein related to spheroblast formation / Spheroplast protein Y 分子量: 13088.823 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 52-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 EDL933 / 遺伝子: ECs2449, spy, Z2775 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8XDZ4
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.54 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.3M CdCl2, 2.4M Ammonium Sulphate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日
放射	プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 19671 / 冗長度: 9.3 % / R_sym value: 0.116 / Net I/σ(I): 37.07

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.6_289	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
RESOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.599→43.063 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.887 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.829 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 30.1 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2808	949	4.86 %
R_work	0.2431	-	-
obs	0.245	19513	95.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.47 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5639 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.5639 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.1277 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.599→43.063 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1479	0	9	21	1509

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1542
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.324	2070
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.732	602
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	232
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	274

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.599-2.736	0.2854	84	0.2708	2209	X-RAY DIFFRACTION	79
2.736-2.9074	0.3067	120	0.2621	2681	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9074-3.1318	0.2853	152	0.2421	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1318-3.4468	0.2748	151	0.2257	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4468-3.9453	0.2546	142	0.2036	2627	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9453-4.9695	0.2119	167	0.1989	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9695-43.0686	0.3147	133	0.2706	2771	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4814	-0.6501	1.1851	3.5152	1.7868	2.836	0.6421	0.0557	-0.2202	-0.1774	-0.5093	-0.2583	0.3889	0.6448	-0.0175	0.4228	-0.0007	-0.1578	0.2861	0.0215	0.2157	3.7331	-9.1382	18.7795
2	4.2426	-2.3501	-2.8798	4.0424	-0.1142	3.6864	0.2004	-0.3003	-0.2428	-0.2776	-0.1772	0.362	1.4045	0.4628	-0.0006	0.9016	0.36	-0.2481	0.2331	-0.0699	0.2986	5.3584	-21.1245	-8.5423
3	3.3703	0.5639	-1.5896	4.6611	1.1765	2.6615	0.2926	0.387	-0.4995	0.3272	-0.005	-0.7368	1.3665	-0.0857	0.0034	0.9569	-0.3573	-0.2821	0.2291	0.1098	0.3837	-5.5427	-21.182	23.874
4	2.1199	1.2261	1.1718	4.1428	-2.3527	3.2002	0.7988	0.1758	-0.5366	0.1792	-0.1487	0.3841	-0.1309	-0.3986	0.001	0.4943	0.0372	-0.204	0.2806	0.0098	0.2661	-3.4845	-8.8404	-3.4959

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain X and resid 79:115)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain X and (resid 52:78 or resid 116:147))
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and (resid 52:78 or resid 116:147))
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain C and resid 79:115)

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