[日本語] English
万見
- PDB-3o39: Crystal Structure of SPY -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o39
タイトルCrystal Structure of SPY
要素Periplasmic protein related to spheroblast formation
キーワードCHAPERONE / alpha-helical / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


unfolded protein binding / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / LTXXQ motif family protein / LTXXQ motif family protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1490 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Periplasmic chaperone Spy
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.599 Å
データ登録者Ruane, K.M. / Shi, R. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Genetic selection designed to stabilize proteins uncovers a chaperone called Spy.
著者: Quan, S. / Koldewey, P. / Tapley, T. / Kirsch, N. / Ruane, K.M. / Pfizenmaier, J. / Shi, R. / Hofmann, S. / Foit, L. / Ren, G. / Jakob, U. / Xu, Z. / Cygler, M. / Bardwell, J.C.
履歴
登録2010年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Periplasmic protein related to spheroblast formation
B: Periplasmic protein related to spheroblast formation
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,18911
ポリマ－26,1782
非ポリマー1,0129
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.971, 68.971, 124.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

-
要素

#1: タンパク質 Periplasmic protein related to spheroblast formation / Spheroplast protein Y


分子量: 13088.823 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 52-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 EDL933 / 遺伝子: ECs2449, spy, Z2775 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8XDZ4
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.3M CdCl2, 2.4M Ammonium Sulphate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日
放射プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 19671 / 冗長度: 9.3 % / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 37.07

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6_289精密化
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.599→43.063 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.887 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 30.1 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2808 949 4.86 %
Rwork0.2431 --
obs0.245 19513 95.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.47 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5639 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.5639 Å20 Å2
3----1.1277 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.599→43.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1479 0 9 21 1509
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141542
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3242070
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.732602
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005274
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.599-2.7360.2854840.27082209X-RAY DIFFRACTION79
2.736-2.90740.30671200.26212681X-RAY DIFFRACTION96
2.9074-3.13180.28531520.24212766X-RAY DIFFRACTION100
3.1318-3.44680.27481510.22572772X-RAY DIFFRACTION100
3.4468-3.94530.25461420.20362627X-RAY DIFFRACTION97
3.9453-4.96950.21191670.19892738X-RAY DIFFRACTION100
4.9695-43.06860.31471330.27062771X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4814-0.65011.18513.51521.78682.8360.64210.0557-0.2202-0.1774-0.5093-0.25830.38890.6448-0.01750.4228-0.0007-0.15780.28610.02150.21573.7331-9.138218.7795
24.2426-2.3501-2.87984.0424-0.11423.68640.2004-0.3003-0.2428-0.2776-0.17720.3621.40450.4628-0.00060.90160.36-0.24810.2331-0.06990.29865.3584-21.1245-8.5423
33.37030.5639-1.58964.66111.17652.66150.29260.387-0.49950.3272-0.005-0.73681.3665-0.08570.00340.9569-0.3573-0.28210.22910.10980.3837-5.5427-21.18223.874
42.11991.22611.17184.1428-2.35273.20020.79880.1758-0.53660.1792-0.14870.3841-0.1309-0.39860.0010.49430.0372-0.2040.28060.00980.2661-3.4845-8.8404-3.4959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain X and resid 79:115)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain X and (resid 52:78 or resid 116:147))
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and (resid 52:78 or resid 116:147))
4X-RAY DIFFRACTION4(chain C and resid 79:115)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る