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- PDB-3o2k: Crystal Structure of Brevianamide F Prenyltransferase Complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o2k
タイトルCrystal Structure of Brevianamide F Prenyltransferase Complexed with Brevianamide F and Dimethylallyl S-thiolodiphosphate
要素Brevianamide F prenyltransferase
キーワードTRANSFERASE / PT Barrel / Brevianamide F Prenyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


tryprostatin B synthase / tryptophanyl aminopeptidase / verruculogen biosynthetic process / prenyltransferase activity / aminopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Aromatic prenyltransferase DMATS-type, fungi / Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / Chem-QRP / Tryprostatin B synthase ftmPT1 / Tryprostatin B synthase ftmPT1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jost, M. / Zocher, G.E. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Structure-function analysis of an enzymatic prenyl transfer reaction identifies a reaction chamber with modifiable specificity.
著者: Jost, M. / Zocher, G. / Tarcz, S. / Matuschek, M. / Xie, X. / Li, S.M. / Stehle, T.
履歴
登録2010年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年10月2日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Brevianamide F prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7106
ポリマ－53,8991
非ポリマー8125
水82946
1
A: Brevianamide F prenyltransferase
ヘテロ分子

A: Brevianamide F prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,42112
ポリマ－107,7982
非ポリマー1,62310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area31940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.770, 82.770, 124.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Brevianamide F prenyltransferase


分子量: 53898.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 遺伝子: ftmPT1 / プラスミド: pQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 Blue MRF / 参照: UniProt: Q4G2I1, UniProt: Q4WAW7*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 51分子

#2: 化合物 ChemComp-DST / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate / りん酸3-メチル-2-ブテニルチオホスホニル


分子量: 262.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O6P2S
#3: 化合物 ChemComp-QRP / (3S,8aS)-3-(1H-indol-3-ylmethyl)hexahydropyrrolo[1,2-a]pyrazine-1,4-dione / Brevianamide F / cyclo-L-Trp-L-Pro / ブレビアナミドF


分子量: 283.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N3O2 / コメント: 抗真菌剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.3M ammonium sulfate, 0.2M lithium sulfate, 0.1M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. Stepwise transferred to 1.3M lithium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 2.5mM brevianamide F, 10mM dimethylallyl S- ...詳細: 1.3M ammonium sulfate, 0.2M lithium sulfate, 0.1M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. Stepwise transferred to 1.3M lithium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 2.5mM brevianamide F, 10mM dimethylallyl S-thiolodiphosphate for soaking, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 17531 / Num. obs: 17518 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 23.6 % / Biso Wilson estimate: 50.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 29.95
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 27 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 8.61 / Num. unique all: 1258 / Rsym value: 0.407 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3O24

3o24


解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 19.944 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.574 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23451 874 5 %imported from native structure, random extension to full resolution
Rwork0.20534 ---
all0.209 17531 --
obs0.20681 16613 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.51 Å20 Å20 Å2
2---4.51 Å2-0 Å2
3---9.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3393 0 49 46 3488
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0223541
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8251.9674827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74635782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.735426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.1822.945163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.02415527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2091525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.59742154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1314856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0514.53472
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.97461387
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4986.51355
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 62 -
Rwork0.258 1176 -
obs-1259 100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.5448 Å / Origin y: 17.4432 Å / Origin z: 0.9004 Å
111213212223313233
T0.1439 Å2-0.0255 Å2-0.045 Å2-0.1665 Å20.0359 Å2--0.038 Å2
L2.1674 °2-0.862 °20.1801 °2-1.7567 °2-0.3994 °2--0.7715 °2
S-0.0202 Å °-0.1499 Å °0.0297 Å °-0.0953 Å °0.1062 Å °0.1389 Å °-0.1041 Å °-0.1275 Å °-0.086 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 456
2X-RAY DIFFRACTION1A475 - 477
3X-RAY DIFFRACTION1A478 - 525

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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