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- PDB-3o0d: Crystal structure of Lip2 lipase from Yarrowia lipolytica at 1.7 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o0d
タイトルCrystal structure of Lip2 lipase from Yarrowia lipolytica at 1.7 A resolution
要素Triacylglycerol lipase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta-Hydrolase / lipase / lipids binding / glycosylation / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
Mono-/di-acylglycerol lipase, N-terminal / Lipase 3 N-terminal region / : / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / triacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Yarrowia lipolytica (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Bordes, F. / Tranier, S. / Mourey, L. / Marty, A.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2010
タイトル: Exploring the conformational states and rearrangements of Yarrowia lipolytica Lipase.
著者: Bordes, F. / Barbe, S. / Escalier, P. / Mourey, L. / Andre, I. / Marty, A. / Tranier, S.
履歴
登録2010年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triacylglycerol lipase
B: Triacylglycerol lipase
C: Triacylglycerol lipase
D: Triacylglycerol lipase
E: Triacylglycerol lipase
F: Triacylglycerol lipase
G: Triacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,28945
ポリマ－233,9097
非ポリマー5,38038
水29,7791653
1
A: Triacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3708
ポリマ－33,4161
非ポリマー9547
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Triacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2527
ポリマ－33,4161
非ポリマー8366
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Triacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2527
ポリマ－33,4161
非ポリマー8366
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Triacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2527
ポリマ－33,4161
非ポリマー8366
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Triacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1336
ポリマ－33,4161
非ポリマー7185
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Triacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1336
ポリマ－33,4161
非ポリマー7185
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Triacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8974
ポリマ－33,4161
非ポリマー4823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.354, 132.141, 137.255
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 21分子 ABCDEFG

#1: タンパク質
Triacylglycerol lipase / YALI0A20350p


分子量: 33415.621 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: lip2, YALI0A20350g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9P8F7, triacylglycerol lipase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1677分子

#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.99 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 30% MPD, 0.1M MES, 0.02M CaCl2, 0.2M NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月17日
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 229642 / Num. obs: 228540 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 33221 / Rsym value: 0.343 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 1.962 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21096 11428 5 %RANDOM
Rwork0.17062 ---
all0.17264 229642 --
obs0.17264 216938 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.943 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16269 0 339 1653 18261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.02217431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1091.95523882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.66852191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.62324.951816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.74152597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2061554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1690.22666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02113547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4111.510637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.244217301
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.22136794
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8244.56552
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 805 -
Rwork0.262 15885 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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