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- PDB-3nz4: Crystal Structure of a Taxus Phenylalanine Aminomutase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nz4
タイトルCrystal Structure of a Taxus Phenylalanine Aminomutase
要素Phenylalanine ammonia-lyase
キーワードLYASE / Aminomutase / Taxol biosynthetic pathway / MIO / phenylalanine
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine aminomutase (L-beta-phenylalanine forming) / intramolecular aminotransferase activity / paclitaxel biosynthetic process / phenylalanine ammonia-lyase / L-phenylalanine metabolic process / cinnamic acid biosynthetic process / alkaloid biosynthetic process / phenylalanine ammonia-lyase activity / L-phenylalanine catabolic process / protein homotetramerization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine aminomutase (L-beta-phenylalanine forming) / Phenylalanine ammonia-lyase 1; domain 3 / Phenylalanine ammonia-lyase / Phenylalanine ammonia-lyase, shielding domain superfamily / Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) ...Phenylalanine aminomutase (L-beta-phenylalanine forming) / Phenylalanine ammonia-lyase 1; domain 3 / Phenylalanine ammonia-lyase / Phenylalanine ammonia-lyase, shielding domain superfamily / Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLETHYLENECARBOXYLIC ACID / Phenylalanine aminomutase (L-beta-phenylalanine forming)
類似検索 - 構成要素
生物種Taxus canadensis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Feng, L. / Geiger, J.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Mechanistic, mutational, and structural evaluation of a taxus phenylalanine aminomutase.
著者: Feng, L. / Wanninayake, U. / Strom, S. / Geiger, J. / Walker, K.D.
履歴
登録2010年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanine ammonia-lyase
B: Phenylalanine ammonia-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,4854
ポリマ－153,1892
非ポリマー2962
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7680 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area47820 Å2
手法PISA
2
A: Phenylalanine ammonia-lyase
B: Phenylalanine ammonia-lyase
ヘテロ分子

A: Phenylalanine ammonia-lyase
B: Phenylalanine ammonia-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)306,9718
ポリマ－306,3784
非ポリマー5934
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area36190 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area74820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.733, 76.113, 120.392
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-728-

HOH

21B-806-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Phenylalanine ammonia-lyase


分子量: 76594.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Taxus canadensis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GZ04, phenylalanine ammonia-lyase
#2: 化合物 ChemComp-TCA / PHENYLETHYLENECARBOXYLIC ACID / けい皮酸


分子量: 148.159 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES, pH 7.0, 1.0M LiCl, 15% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0782 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→103.81 Å / Num. all: 55249 / Num. obs: 49662 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.38→2.42 Å / % possible all: 79.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.38→103.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 17.906 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 5 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23926 5580 10.1 %RANDOM
Rwork0.18301 ---
all0.1887 55249 --
obs0.1887 49662 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.117 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å22.18 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3---1.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→103.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10147 0 22 276 10445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02210377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.311.98314076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.55951306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00523.81441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.021151801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1371578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4951.56542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.958210550
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.53333835
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5624.53526
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.442 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 369 -
Rwork0.236 3035 -
obs--81.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3801-0.4158-1.09411.02870.42250.9790.0618-0.0993-0.02170.0958-0.07620.1868-0.0148-0.13280.01430.10570.0029-0.0560.09680.00450.1146-59.593642.769244.3214
20.7431-0.0623-0.30650.22360.00620.49630.0310.09680.0484-0.076-0.015-0.0114-0.04260.0453-0.0160.15250.0067-0.03790.11040.00480.1009-27.516936.705932.2176
31.1594-0.1999-0.3390.68450.19160.66960.01640.1873-0.1811-0.1155-0.0203-0.02910.05280.00960.00390.1542-0.0053-0.06260.0997-0.02770.1589-40.0155.082634.603
40.97290.1204-0.42030.37050.02420.7550.041-0.1087-0.08520.0887-0.05180.10010.0275-0.13120.01080.1164-0.011-0.04480.0860.01780.1366-57.42999.444563.0378
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2A103 - 678
3X-RAY DIFFRACTION3B7 - 355
4X-RAY DIFFRACTION4B356 - 678

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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