ソフトウェア 名称 バージョン 分類 SBC-Collectデータ収集 SHELXD位相決定 MLPHARE位相決定 直接法モデル構築 ARPモデル構築 WARPモデル構築 HKL-3000位相決定 PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化 HKL-3000データ削減 HKL-3000データスケーリング 直接法位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.9→42.634 Å / SU ML : 0.23 / σ(F) : 0.02 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2203 2559 5.09 % random Rwork 0.1682 - - - all 0.1708 50313 - - obs 0.1708 50313 96.21 % -
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol : 60.423 Å2 / ksol : 0.4 e/Å3 原子変位パラメータ Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -1.4789 Å2 -0 Å2 4.1424 Å2 2- - -0.5285 Å2 -0 Å2 3- - - 2.0075 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.9→42.634 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4561 0 40 368 4969
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.008 4701 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.081 6342 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d16.992 1744 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.072 723 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.004 811
LS精密化 シェル 解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Refine-ID % reflection obs (%)1.9002-1.9682 0.2877 216 0.2105 4282 X-RAY DIFFRACTION 86 1.9682-2.047 0.2848 276 0.2002 4551 X-RAY DIFFRACTION 93 2.047-2.1401 0.2423 255 0.1816 4739 X-RAY DIFFRACTION 96 2.1401-2.2529 0.2355 250 0.1758 4841 X-RAY DIFFRACTION 97 2.2529-2.3941 0.2373 265 0.1654 4862 X-RAY DIFFRACTION 98 2.3941-2.5789 0.2194 256 0.1659 4923 X-RAY DIFFRACTION 99 2.5789-2.8384 0.2441 267 0.1741 4915 X-RAY DIFFRACTION 100 2.8384-3.249 0.2133 267 0.1754 4945 X-RAY DIFFRACTION 100 3.249-4.0929 0.2068 282 0.1593 4926 X-RAY DIFFRACTION 99 4.0929-42.645 0.1864 225 0.1508 4770 X-RAY DIFFRACTION 94
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 2.5837 0.07 0.1856 1.1398 0.2342 0.7881 -0.008 -0.2403 0.1106 0.0758 0.0054 -0.0874 0.0932 -0.0704 0 0.1683 -0.0133 -0.0133 0.1863 -0.0122 0.1512 46.395 48.5569 26.276 2 0.8629 0.1734 -0.555 1.1054 0.074 2.519 -0.0726 0.0268 0.0546 -0.1064 0.0227 0.0341 0.0959 -0.2354 -0 0.1484 -0.0065 -0.0187 0.1696 -0.0123 0.1501 28.834 54.1858 1.2782
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain A2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain B