[日本語] English
万見
- PDB-3nws: Crystal structure of the N-terminal domain of the yeast telomere-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nws
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of the yeast telomere-binding and telomerase regulatory protein Cdc13
要素Cell division control protein 13
キーワードCELL CYCLE / OB fold / oligonucleotide/oligosaccharide binding fold - OB fold / single stranded telomeric DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


CST complex / ribonucleoprotein complex localization / telomerase inhibitor activity / translation elongation factor binding / regulation of telomere maintenance via telomerase / single-stranded telomeric DNA binding / nuclear telomere cap complex / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / telomere maintenance via telomerase ...CST complex / ribonucleoprotein complex localization / telomerase inhibitor activity / translation elongation factor binding / regulation of telomere maintenance via telomerase / single-stranded telomeric DNA binding / nuclear telomere cap complex / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance / chromosome, telomeric region / cell division / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2380 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #800 / Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, N-terminal / Cdc13, OB4 dimerization domain / Cell division control protein 13 N-terminus / Cdc13 OB4 dimerization domain / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2380 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #800 / Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, N-terminal / Cdc13, OB4 dimerization domain / Cell division control protein 13 N-terminus / Cdc13 OB4 dimerization domain / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 13
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mitchell, M.T. / Smith, J.S. / Mason, M. / Harper, S. / Speicher, D.W. / Johnson, F.B. / Skordalakes, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2010
タイトル: Cdc13 N-terminal dimerization, DNA binding, and telomere length regulation.
著者: Mitchell, M.T. / Smith, J.S. / Mason, M. / Harper, S. / Speicher, D.W. / Johnson, F.B. / Skordalakes, E.
履歴
登録2010年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cell division control protein 13
B: Cell division control protein 13
C: Cell division control protein 13
D: Cell division control protein 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6354
ポリマ－100,6354
非ポリマー00
水46826
1
A: Cell division control protein 13
C: Cell division control protein 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3182
ポリマ－50,3182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20610 Å2
手法PISA
2
B: Cell division control protein 13
D: Cell division control protein 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3182
ポリマ－50,3182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.964, 66.866, 68.138
Angle α, β, γ (deg.)116.22, 90.29, 94.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Cell division control protein 13


分子量: 25158.828 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 13-227) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC13, YDL220C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32797
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG 3,350K, 0.01 M magnesium chloride hexahydrate and 50 mM Hepes (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月21日
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 31832 / Num. obs: 29636 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.396 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 22.317 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28788 1574 5 %RANDOM
Rwork0.24522 ---
obs0.25244 29636 92.94 %-
all-31832 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.163 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.47 Å2-0.91 Å2-1.06 Å2
2--4.46 Å22.41 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6380 0 0 26 6406
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2951.9788700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2255768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.8324.487312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.997151264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8581540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2530.22720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.24383
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2990.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0730.23
LS精密化 シェル解像度: 2.503→2.567 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 110 -
Rwork0.338 2136 -
obs--92.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.467-0.22810.41471.84120.04762.37160.07640.3607-0.0048-0.3499-0.0371-0.08550.17670.1847-0.03930.0229-0.01630.0183-0.1087-0.0434-0.03810.187312.7235-47.7076
22.4340.89970.13721.89950.08421.78230.1319-0.0875-0.11620.306-0.13710.0203-0.1256-0.08630.005200.00850.0287-0.1041-0.0326-0.0502-30.790531.646-42.9929
31.95060.70780.49071.91760.12232.16640.1056-0.18280.00170.1369-0.06-0.10080.368-0.0363-0.04560.01320.00570.0026-0.0608-0.0437-0.0674-3.89370.0732-20.5127
43.20430.4792-0.72282.0178-0.1962.95010.09470.17530.1707-0.1519-0.00050.1362-0.5349-0.1648-0.09420.04330.01390.0059-0.082-0.0733-0.0889-34.983615.3296-8.4116
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 224
2X-RAY DIFFRACTION2B13 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3C13 - 224
4X-RAY DIFFRACTION4D13 - 224

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る