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- PDB-3nwg: The crystal structure of a microcomparments protein from Desulfit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nwg
タイトルThe crystal structure of a microcomparments protein from Desulfitobacterium hafniense DCB
要素Microcompartments protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / BMC domain
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial microcompartment
類似検索 - 分子機能
Bacterial microcompartment shell protein PduT / BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Bacterial microcompartment shell protein PduT / BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microcompartments protein
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Fan, Y. / Volkart, L. / Gu, M. / Axen, S. / Greenleaf, W.B. / Kerfeld, C. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a PduT homolog from a novel bacterial microcompartment
著者: Greenleaf, W.B. / Fan, Y. / Axen, S. / Volkart, L. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Kerfeld, C.
履歴
登録2010年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microcompartments protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2344
ポリマ－18,9571
非ポリマー2763
水64936
1
A: Microcompartments protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,40124
ポリマ－113,7446
非ポリマー1,65818
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
Buried area16220 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area39840 Å2
手法PISA
2
A: Microcompartments protein
ヘテロ分子

A: Microcompartments protein
ヘテロ分子

A: Microcompartments protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,70112
ポリマ－56,8723
非ポリマー8299
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area21920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.862, 104.862, 81.309
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
詳細Size exclusion chromatography confirms the presence of trimers. Two copies of trimer can potentially stack together and form a hexamer, as found in crystal lattice.

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要素

#1: タンパク質 Microcompartments protein


分子量: 18957.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
株: DCB / 遺伝子: Dhaf_0360 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: B8G1Q4
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% (w/v) PEG400, 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES at pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月5日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 7665 / Num. obs: 7665 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 54.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 53.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.72 Å / 冗長度: 19.4 % / Rmerge(I) obs: 0.713 / Mean I/σ(I) obs: 4.63 / Num. unique all: 193 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectcollectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
RESOLVEモデル構築
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 25.201 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.518 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28301 369 4.9 %RANDOM
Rwork0.2227 ---
all0.22586 7239 --
obs0.22586 7239 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.863 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.48 Å2-1.74 Å20 Å2
2---3.48 Å20 Å2
3---5.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1287 0 18 36 1341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.9951784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.215179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.12125.55636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.11715225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.906154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8461.5892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57121438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6223424
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9324.5346
LS精密化 シェル解像度: 2.702→2.772 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 35 -
Rwork0.253 497 -
obs--96.55 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.6729 Å / Origin y: 40.8598 Å / Origin z: 37.235 Å
111213212223313233
T0.0141 Å20.016 Å2-0.0107 Å2-0.0279 Å20.0049 Å2--0.0847 Å2
L5.8447 °2-0.0761 °20.229 °2-0.7022 °20.1379 °2--0.065 °2
S0.0283 Å °-0.0682 Å °-0.0186 Å °-0.0084 Å °-0.0079 Å °0.0321 Å °0.0078 Å °-0.0079 Å °-0.0204 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 79
2X-RAY DIFFRACTION1A95 - 171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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