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- PDB-3ntk: Crystal structure of Tudor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ntk
タイトルCrystal structure of Tudor
要素Maternal protein tudor
キーワードTRANSCRIPTION / Tudor domain / OB-fold / germ cell formation
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial RNA localization / pole cell development / positive regulation of post-transcriptional gene silencing by RNA / P granule assembly / pole plasm / methylation-dependent protein binding / P granule organization / pole plasm assembly / pole cell formation / secondary piRNA processing ...mitochondrial RNA localization / pole cell development / positive regulation of post-transcriptional gene silencing by RNA / P granule assembly / pole plasm / methylation-dependent protein binding / P granule organization / pole plasm assembly / pole cell formation / secondary piRNA processing / intracellular mRNA localization / P granule / oogenesis / germ cell development / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #790 / : / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / SNase-like, OB-fold superfamily / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #790 / : / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / SNase-like, OB-fold superfamily / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Liu, H.P. / Huang, Y. / Li, Z.Z. / Gong, W.M. / Xu, R.M.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for methylarginine-dependent recognition of Aubergine by Tudor
著者: Liu, H.P. / Wang, J.Y. / Huang, Y. / Li, Z.Z. / Gong, W.M. / Lehmann, R. / Xu, R.M.
履歴
登録2010年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maternal protein tudor
B: Maternal protein tudor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3952
ポリマ－38,3952
非ポリマー00
水3,351186
1
A: Maternal protein tudor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1981
ポリマ－19,1981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Maternal protein tudor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1981
ポリマ－19,1981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.145, 47.262, 85.404
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Maternal protein tudor


分子量: 19197.617 Da / 分子数: 2 / 断片: the last extended Tudor domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: tud / プラスミド: pET-Smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P25823
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.19 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11.0809
シンクロトロンNSLS X12C20.9790, 0.9792, 0.9600
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.08091
20.9791
30.97921
40.961
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 35907 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2970 / % possible all: 80.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8535 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2378 3580 9.6 %
Rwork0.2101 --
obs-35864 96.2 %
溶媒の処理Bsol: 48.1193 Å2
原子変位パラメータBiso max: 61.88 Å2 / Biso mean: 31.2326 Å2 / Biso min: 16.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.763 Å20 Å2-4.699 Å2
2---1.814 Å20 Å2
3---7.577 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2666 0 0 186 2852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.382
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8-1.810.3419470.2729462509
1.81-1.820.2832520.2781521573
1.82-1.840.3081660.2692541607
1.84-1.850.2811580.2531565623
1.85-1.860.2968540.2802594648
1.86-1.880.2675650.2605613678
1.88-1.890.2895770.2368594671
1.89-1.910.2331710.2439669740
1.91-1.920.1952800.2165610690
1.92-1.940.2831620.2061660722
1.94-1.960.2267680.2234694762
1.96-1.970.2697750.2307656731
1.97-1.990.1975740.211641715
1.99-2.010.2612770.2046642719
2.01-2.030.2365700.2089666736
2.03-2.050.2232670.2126692759
2.05-2.070.1822840.1978636720
2.07-2.090.2112780.2066656734
2.09-2.110.2363670.1997664731
2.11-2.130.2669690.2038671740
2.13-2.160.2028680.1996665733
2.16-2.180.263700.2141663733
2.18-2.210.2404940.2083653747
2.21-2.240.2638910.2191647738
2.24-2.270.2663790.2151664743
2.27-2.30.2596740.2131660734
2.3-2.330.2283700.1887659729
2.33-2.370.3075710.2285694765
2.37-2.40.2464650.218642707
2.4-2.440.2466880.1982680768
2.44-2.490.2198710.2167679750
2.49-2.530.2497720.2298642714
2.53-2.580.2625660.2358669735
2.58-2.630.2637820.243680762
2.63-2.690.2543690.2248638707
2.69-2.750.2558670.2374695762
2.75-2.820.2429650.2278667732
2.82-2.90.2522910.2223652743
2.9-2.980.3034780.2157658736
2.98-3.080.2113630.2051675738
3.08-3.190.2383680.2255695763
3.19-3.320.2153770.2097640717
3.32-3.470.1883730.2007667740
3.47-3.650.2532720.1989670742
3.65-3.880.2299650.1904674739
3.88-4.180.2212750.1661633708
4.18-4.60.2068690.1704668737
4.6-5.260.202730.1742678751
5.26-6.630.2734810.2519671752
6.63-500.2456720.2618559631
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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