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万見
- PDB-3ns4: Structure of a C-terminal fragment of its Vps53 subunit suggests ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ns4
タイトルStructure of a C-terminal fragment of its Vps53 subunit suggests similarity of GARP to a family of tethering complexes
要素Vacuolar protein sorting-associated protein 53
キーワードPROTEIN BINDING / GARP complex component / Helical bundle / Membrane tethering complex / membrane traffic / Vps51 / Vps52 / Vps54 / Arl1
機能・相同性
機能・相同性情報


GARP complex / intracellular sphingolipid homeostasis / Golgi to vacuole transport / retrograde transport, endosome to Golgi / protein transport / endosome membrane / Golgi apparatus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein 53, C-terminus / Vps53, N-terminal / Vps53, C-terminal / Vps53, C-terminal domain superfamily / Vacuolar protein sorting-associated protein 53 / Vps53, N-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 53 C-terminus / Tetracycline Repressor; domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Vacuolar protein sorting-associated protein 53
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Vasan, N. / Reinisch, K.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure of a C-terminal fragment of its Vps53 subunit suggests similarity of Golgi-associated retrograde protein (GARP) complex to a family of tethering complexes.
著者: Vasan, N. / Hutagalung, A. / Novick, P. / Reinisch, K.M.
履歴
登録2010年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3004
ポリマ－31,8881
非ポリマー4123
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 53
ヘテロ分子

A: Vacuolar protein sorting-associated protein 53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6018
ポリマ－63,7772
非ポリマー8246
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area23060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.236, 127.236, 81.658
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 53


分子量: 31888.346 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (unp RESIDUES 554-822) / 変異: I586(MSE), L722(MSE) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VPS53, YJL029C, J1258 / プラスミド: pCOLA-DUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47061
#2: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 50 mM Tris at pH 8.5, 10% PEG 4K, 200 mM BaCl2, and 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月24日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→25 Å / Num. all: 8608 / Num. obs: 8606 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→24.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 24.481 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.579 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22072 428 4.7 %RANDOM
Rwork0.18963 ---
obs0.19114 8606 99.98 %-
all-8608 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.519 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å2-0.34 Å20 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3---1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→24.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1711 0 3 19 1733
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221767
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7681.9492397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.2065207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.34324.49489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.82815322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.5351510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8621033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5231681
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.7334.5734
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.2976714
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.902→2.977 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 42 -
Rwork0.266 592 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.798-2.0219-5.59810.12371.46319.0861-0.5568-0.7630.06650.25030.1674-0.12041.18011.20060.38940.89180.0064-0.02270.5363-0.18950.5927-56.7692.89218.407
24.52612.31271.96884.98872.48264.7653-0.14890.2450.1151-0.26710.15530.107-0.0748-0.1435-0.00630.47650.0030.00590.290.04690.3461-67.848-10.555-7.477
329.3869-2.9096-0.01516.8422-0.15597.32951.3995-1.2431-0.54360.10970.9487-1.7825-0.96284.0075-2.34821.0013-0.5729-0.76841.7408-0.371.7116-44.819-3.4911.905
43.14061.0560.26173.90310.62591.7098-0.0475-0.1475-0.19330.27620.06740.15380.2835-0.3027-0.01990.4902-0.03280.0150.35820.00880.3653-72.32-22.121-1.246
510.70122.5423-2.83667.94131.494910.9918-0.2919-0.1614-0.17980.46320.59961.84520.0814-1.488-0.30780.3263-0.06270.04220.80790.090.8025-91.118-22.406-2.711
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A564 - 580
2X-RAY DIFFRACTION2A581 - 641
3X-RAY DIFFRACTION3A642 - 655
4X-RAY DIFFRACTION4A656 - 758
5X-RAY DIFFRACTION5A759 - 779

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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