PDB-3nrq: Crystal structure of copper-reconstituted FetP from uropathogenic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nrq

タイトル

Crystal structure of copper-reconstituted FetP from uropathogenic Escherichia coli strain F11

要素

Periplasmic protein-probably involved in high-affinity Fe2+ transport

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Immunoglobulin-like fold / Iron transporter / Copper binding

機能・相同性

Periplasmic metal-binding protein Tp34-type / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / COPPER (II) ION / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Chan, A.C.K. / Murphy, M.E.P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Characterization of a Dipartite Iron Uptake System from Uropathogenic Escherichia coli Strain F11.
著者: Koch, D. / Chan, A.C. / Murphy, M.E. / Lilie, H. / Grass, G. / Nies, D.H.

履歴

登録	2010年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月10日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nrq.cif.gz	143 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nrq.ent.gz	113.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nrq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3nrq_validation.pdf.gz	438.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nrq_full_validation.pdf.gz	442.8 KB	表示
XML形式データ	3nrq_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	3nrq_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/3nrq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/3nrq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3nrpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wef-5 6wed-d 3nrp-2 6wee-3 3nrp-1 6wef-2 5i0v-d 3lzr-d 5i0w-d 6wef-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Periplasmic protein-probably involved in high-affinity Fe2+ transport

B: Periplasmic protein-probably involved in high-affinity Fe2+ transport

ヘテロ分子

35.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.410, 51.970, 146.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Periplasmic protein-probably involved in high-affinity Fe2+ transport 分子量: 17660.945 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-175 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: F11 / 遺伝子: EcF11_1994 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3HWD5
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BisTris pH 6.5, 25% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 25 mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97641 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月24日 / 詳細: Rh coated flat mirror

放射

モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97641 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→73.325 Å / Num. all: 31725 / Num. obs: 31725 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4.8 % / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 11.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7-1.79	4.2	0.394	1.7	18882	4445	0.394	93.5
1.79-1.9	5	0.246	2.7	22114	4430	0.246	98.9
1.9-2.03	5	0.143	4.6	20750	4185	0.143	98.9
2.03-2.19	5	0.101	6.4	19286	3890	0.101	98.8
2.19-2.4	5	0.088	7.3	17870	3571	0.088	97.5
2.4-2.69	5	0.076	7.9	15930	3189	0.076	97
2.69-3.1	4.9	0.065	8.8	13896	2816	0.065	96.3
3.1-3.8	4.9	0.065	8.7	11801	2404	0.065	96.5
3.8-5.38	4.7	0.066	8.9	8430	1811	0.066	93.8
5.38-38.41	4.9	0.071	8.3	4849	984	0.071	88.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2 Å	37.16 Å
Translation	2 Å	37.16 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.9	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→37.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.259 / WR_factor R_work: 0.217 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 5.449 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2352	1607	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1961	-	-	-
obs	0.1981	31663	95.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.77 Å² / B_iso mean: 32.0533 Å² / B_iso min: 10.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2326	0	2	223	2551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2497
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.394	1.951	3406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.716	5	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.722	24.867	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.496	15	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.834	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.768	1.5	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.377	2	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.32	3	954
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.685	4.5	907

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.287	109	0.277	2040	2430	88.436
1.744-1.792	0.359	104	0.264	2171	2343	97.098
1.792-1.844	0.296	103	0.236	2146	2296	97.953
1.844-1.9	0.307	110	0.214	2055	2205	98.186
1.9-1.963	0.218	118	0.213	1989	2153	97.863
1.963-2.031	0.267	116	0.2	1940	2097	98.045
2.031-2.108	0.22	91	0.209	1892	2027	97.829
2.108-2.194	0.225	85	0.202	1815	1941	97.888
2.194-2.291	0.235	112	0.192	1707	1879	96.807
2.291-2.403	0.265	86	0.212	1666	1821	96.211
2.403-2.532	0.271	74	0.234	1541	1683	95.96
2.532-2.686	0.281	65	0.209	1503	1638	95.726
2.686-2.87	0.253	75	0.215	1372	1526	94.823
2.87-3.1	0.251	82	0.205	1286	1451	94.28
3.1-3.394	0.245	70	0.176	1181	1321	94.701
3.394-3.793	0.193	65	0.17	1076	1213	94.064
3.793-4.375	0.185	51	0.162	946	1088	91.636
4.375-5.348	0.195	35	0.149	786	924	88.853
5.348-7.52	0.234	35	0.209	639	746	90.349
7.52-50	0.215	21	0.231	305	453	71.965

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.181	-1.1105	-0.4095	1.4662	-0.3034	1.3924	0.0525	-0.0634	-0.2086	-0.1347	-0.0148	0.1637	0.1368	0.3357	-0.0377	0.0544	0.0168	0.0305	0.2701	-0.2193	0.3036	17.6431	-1.0973	24.0063
2	11.5918	0.2204	-13.6671	0.9595	-1.7519	18.452	0.0429	-0.0546	-0.2672	-0.0723	0.0962	0.2679	0.0398	-0.0786	-0.1391	0.0755	-0.0686	0.017	0.0916	0.0224	0.194	-1.3722	-4.9399	25.9917
3	1.6505	-0.1031	1.2364	1.5498	0.5891	2.8959	-0.0568	0.0197	-0.2372	0.0011	0.069	0.2671	-0.1046	-0.2456	-0.0122	0.1369	-0.0035	0.0178	0.0823	0.0184	0.1443	0.4836	-0.205	23.9071
4	0.8085	0.1473	-0.0983	0.6796	0.1661	1.8482	-0.0051	0.07	-0.0167	0.0256	0.0474	-0.1156	-0.1034	-0.0198	-0.0423	0.102	-0.011	0.0422	0.0652	-0.0156	0.1257	13.4923	5.4219	28.9173
5	0.987	0.1795	-0.1339	0.31	-0.2487	1.5441	0.0174	0.0098	-0.0247	0.0145	0.0517	-0.0601	-0.1504	0.0681	-0.0691	0.1161	0.0037	0.0412	0.0637	0.0033	0.1326	12.308	5.7547	33.4105
6	1.256	1.2625	1.5879	3.1865	3.1702	6.6072	0.0731	0.2927	0.0221	-0.0731	-0.0156	-0.0906	0.0769	0.0027	-0.0575	0.1044	0.0054	0.0507	0.1457	-0.0119	0.068	15.1102	5.3709	19.7891
7	26.8063	-12.0809	9.5647	5.4517	-4.3094	3.4131	0.973	2.4159	1.1753	-0.4569	-1.2444	-0.587	0.4021	0.8616	0.2715	0.2891	-0.0187	-0.3156	0.3555	0.185	0.7144	17.5969	-3.2431	60.6414
8	0.5295	0.9889	0.5142	2.2713	1.4343	1.4631	0.1098	-0.0517	-0.1125	0.149	0.0006	-0.2657	0.0172	0.1584	-0.1104	0.1379	-0.0131	-0.0011	0.1497	0.0421	0.1387	10.1613	-4.1218	56.7543
9	0.8566	0.5382	0.4443	0.4039	-0.1833	4.0434	0.1487	-0.1654	-0.121	0.142	-0.1243	-0.1121	-0.4999	-0.0962	-0.0244	0.2103	-0.0175	0.0641	0.1395	0.0314	0.1651	12.281	8.5312	58.8946
10	0.1253	0.159	-0.1619	2.7177	0.0497	0.4852	0.0063	0.0012	-0.0823	-0.0385	0.021	-0.0567	0.0402	0.0297	-0.0273	0.1039	0.0095	0.0003	0.0947	0.015	0.1547	7.7932	-8.1035	43.4807
11	0.5407	0.2186	0.4084	0.5222	-0.1678	6.0219	0.0658	-0.2582	-0.0203	0.0893	-0.0059	0.0957	-0.3284	-0.3214	-0.0598	0.162	0.014	0.0416	0.2005	0.0372	0.0784	0.3024	2.9898	65.7913
12	8.5416	-2.2094	-4.411	2.3266	1.4682	3.1478	0.0394	-0.224	-0.1422	0.2569	-0.0035	-0.1352	-0.1005	0.0627	-0.0359	0.1567	-0.0009	-0.0096	0.1017	0.0253	0.0875	10.9335	4.5186	52.0127
13	0.6158	0.3265	0.1482	0.6882	0.1459	2.1404	0.0405	-0.054	-0.0593	0.0354	0.0266	0.0287	-0.0625	-0.1113	-0.0671	0.066	0.0092	0.0134	0.0551	0.0327	0.0854	2.2951	-1.6452	49.0828
14	1.4146	0.3456	2.6147	0.9897	1.0777	6.8988	0.054	-0.101	-0.1605	0.1553	0.0607	-0.0311	0.0386	0.0073	-0.1147	0.129	-0.0036	0.0302	0.129	0.0734	0.0814	3.4332	-4.4189	58.9309

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	31 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	50 - 88
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	89 - 138
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	139 - 152
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	3 - 7
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	8 - 29
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	30 - 48
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	49 - 68
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	69 - 83
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	84 - 96
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	97 - 136
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	137 - 152

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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