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- PDB-3nrp: Crystal structure of 'as isolated' uropathogenic E. coli strain F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nrp
タイトルCrystal structure of 'as isolated' uropathogenic E. coli strain F11 FetP recombinantly expressed in the periplasm of E. coli BL21(DE3)
要素Periplasmic protein-probably involved in high-affinity Fe2+ transport
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Immunoglobulin-like fold / Iron transporter / Copper binding
機能・相同性Periplasmic metal-binding protein Tp34-type / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chan, A.C.K. / Murphy, M.E.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Characterization of a Dipartite Iron Uptake System from Uropathogenic Escherichia coli Strain F11.
著者: Koch, D. / Chan, A.C. / Murphy, M.E. / Lilie, H. / Grass, G. / Nies, D.H.
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic protein-probably involved in high-affinity Fe2+ transport
B: Periplasmic protein-probably involved in high-affinity Fe2+ transport
C: Periplasmic protein-probably involved in high-affinity Fe2+ transport
D: Periplasmic protein-probably involved in high-affinity Fe2+ transport


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6444
ポリマ－70,6444
非ポリマー00
水6,395355
1
A: Periplasmic protein-probably involved in high-affinity Fe2+ transport
B: Periplasmic protein-probably involved in high-affinity Fe2+ transport


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3222
ポリマ－35,3222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13980 Å2
手法PISA
2
C: Periplasmic protein-probably involved in high-affinity Fe2+ transport
D: Periplasmic protein-probably involved in high-affinity Fe2+ transport


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3222
ポリマ－35,3222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.852, 134.852, 45.422
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
Periplasmic protein-probably involved in high-affinity Fe2+ transport


分子量: 17660.945 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-175 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: F11 / 遺伝子: EcF11_1994 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3HWD5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97964 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月23日 / 詳細: Rh coated mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97964 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.408
11h+k,-k,-l20.088
11K, H, -L30.089
11-h,-k,l40.415
反射解像度: 1.6→116.786 Å / Num. all: 114166 / Num. obs: 114166 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.6-1.693.60.3931.956301157020.39388.1
1.69-1.793.50.2672.850828147150.26787.3
1.79-1.913.40.2023.446548138360.20287.3
1.91-2.073.30.1454.444553136550.14592.5
2.07-2.263.50.1343.946765132930.13497.9
2.26-2.534.30.1195.252466122480.11999.9
2.53-2.925.30.1065.856820107500.106100
2.92-3.585.60.08285153591450.082100
3.58-5.065.70.05711.94003370590.05799.6
5.06-42.3335.60.05511.82124437630.05597.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å42.33 Å
Translation2.5 Å42.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 2.572 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.016 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2075 5760 5.1 %RANDOM
Rwork0.1707 ---
obs0.1726 114016 93.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 49.98 Å2 / Biso mean: 21.067 Å2 / Biso min: 7.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.53 Å20 Å20 Å2
2--6.53 Å20 Å2
3----13.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4704 0 0 355 5059
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.9486792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4445629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.36424.693228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.83215794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0021514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2677
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6671.53081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08324959
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.89731912
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6284.51833
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 449 -
Rwork0.295 7387 -
all-7836 -
obs--86.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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