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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nrh | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of protein BF1032 from Bacteroides fragilis, Northeast Structural Genomics Consortium Target BfR309 | ||||||
![]() | uncharacterized protein BF1032 | ||||||
![]() | structural genomics / unknown function / Predominantly alpha-helical protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF5063 / Protein of unknown function DUF5063 / DUF5063 superfamily / Domain of unknown function (DUF5063) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seetharaman, J. / Lew, S. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. ...Seetharaman, J. / Lew, S. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target BfR309 著者: Seetharaman, J. / Lew, S. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21476.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: YCH46 / 遺伝子: BF1032 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.5 詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 0.1M HEPES (pH 7.5), 12% PEG 20K, and 0.1M NH4H2PO4. , Microbatch under oil, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月4日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97907 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 64045 / Num. obs: 63917 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 34.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 3216 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.842 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.06 Å2 / Biso mean: 22.677 Å2 / Biso min: 5.46 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.93 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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