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万見
- PDB-3nrh: Crystal Structure of protein BF1032 from Bacteroides fragilis, No... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nrh
タイトルCrystal Structure of protein BF1032 from Bacteroides fragilis, Northeast Structural Genomics Consortium Target BfR309
要素uncharacterized protein BF1032
キーワードstructural genomics / unknown function / Predominantly alpha-helical protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Protein of unknown function DUF5063 / Protein of unknown function DUF5063 / DUF5063 superfamily / Domain of unknown function (DUF5063) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / DUF5063 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Lew, S. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. ...Seetharaman, J. / Lew, S. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2010
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target BfR309
著者: Seetharaman, J. / Lew, S. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein BF1032
B: uncharacterized protein BF1032


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9532
ポリマ－42,9532
非ポリマー00
水4,216234
1
A: uncharacterized protein BF1032

B: uncharacterized protein BF1032


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9532
ポリマ－42,9532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z+1/41
Buried area1860 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15180 Å2
手法PISA
2
A: uncharacterized protein BF1032

A: uncharacterized protein BF1032

B: uncharacterized protein BF1032

B: uncharacterized protein BF1032


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9064
ポリマ－85,9064
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z+1/41
crystal symmetry operation6_555x+1/2,-y+1/2,-z+1/41
Buried area5750 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area28320 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area15240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.442, 67.442, 157.063
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein BF1032


分子量: 21476.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: YCH46 / 遺伝子: BF1032 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q64XJ4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 0.1M HEPES (pH 7.5), 12% PEG 20K, and 0.1M NH4H2PO4. , Microbatch under oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 64045 / Num. obs: 63917 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 34.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 3216 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXthen SOLVE/RESOLVE位相決定
CNS1.2精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→33.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 152203 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 3012 4.9 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all0.2 64052 --
obs0.198 61042 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.842 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 64.06 Å2 / Biso mean: 22.677 Å2 / Biso min: 5.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.82 Å20 Å20 Å2
2--2.82 Å20 Å2
3----5.64 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2484 0 0 234 2718
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 497 5.5 %
Rwork0.273 8605 -
all-9102 -
obs-8605 85.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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