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- PDB-3nrg: Crystal structure of a TetR family transcriptional regulator (Cau... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nrg
タイトルCrystal structure of a TetR family transcriptional regulator (Caur_2714) from CHLOROFLEXUS AURANTIACUS J-10-FL at 2.56 A resolution
要素TetR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily ...: / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein TetR
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a TetR family transcriptional regulator (Caur_2714) from CHLOROFLEXUS AURANTIACUS J-10-FL at 2.56 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator
B: TetR family transcriptional regulator
C: TetR family transcriptional regulator
D: TetR family transcriptional regulator
E: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,67710
ポリマ－125,5005
非ポリマー1775
水2,198122
1
A: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1352
ポリマ－25,1001
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1352
ポリマ－25,1001
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1352
ポリマ－25,1001
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1352
ポリマ－25,1001
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1352
ポリマ－25,1001
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
A: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2714
ポリマ－50,2002
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21570 Å2
手法PISA
7
B: TetR family transcriptional regulator
C: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2714
ポリマ－50,2002
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area21620 Å2
手法PISA
8
D: TetR family transcriptional regulator
E: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2714
ポリマ－50,2002
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.933, 204.933, 57.218
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUGGESTS THAT A MONOMER IS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. CRYSTAL PACKING ANALYSIS INDICATES THAT, IN ADDITION TO THE MONOMER, A DIMER MAY BE STABLE.

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要素

#1: タンパク質
TetR family transcriptional regulator


分子量: 25099.926 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)
株: J-10-fl / 遺伝子: Caur_2714 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A9WJL5
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 1-216) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 1-216) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.71
詳細: 25.6% 2-propanol, 0.1M sodium acetate pH 4.71, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97951
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月8日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979511
反射解像度: 2.56→48.536 Å / Num. obs: 38398 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 48.267 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 9.24
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.56-2.650.6022.213977375499.8
2.65-2.760.5022.713888385496.4
2.76-2.880.3523.713839367899.9
2.88-3.030.2654.614274379799.9
3.03-3.220.26.214651390699.9
3.22-3.470.1458.213909379398.1
3.47-3.820.09112.114132384698.5
3.82-4.370.06515.614101383198.8
4.37-5.480.05217.9144133876100
5.480.03918.114814406999.2

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNT精密化
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.56→48.536 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. CHLORIDE IONA (CL) FROM THE PROTEIN BUFFER SOLUTION ARE MODELED INTO THE STRUCTURE. 3. PHENIX.XTRIAGE ANALYSIS OF THE DIFFRACTION DATA REVEALS A SIGNIFICANT OFF-ORIGIN PATTERSON PEAK THAT IS 55.4% OF THE ORIGIN PEAK INDICATING PSEUDO-TRANSLATIONAL SYMMETRY RELATING PAIRS OF MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT. 4. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 5. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1919 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.209 38373 --
原子変位パラメータBiso max: 110.93 Å2 / Biso mean: 46.666 Å2 / Biso min: 15.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.933 Å20 Å20 Å2
2---2.933 Å20 Å2
3---5.866 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→48.536 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8582 0 5 122 8709
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3134SINUSOIDAL5
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes241HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1344HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8959HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1178SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10327SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8959HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12209HARMONIC4.50.56
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.78
LS精密化 シェル解像度: 2.56→2.63 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 153 5.12 %
Rwork0.214 2836 -
all0.215 2989 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.18440.03330.83980.71750.46872.51390.0116-0.11840.05670.07360.0378-0.0231-0.11370.0251-0.0494-0.0636-0.03630.0464-0.01330.0103-0.119111.25656.064729.2622
20.4121-0.19540.35021.3084-1.23774.0781-0.0335-0.0824-0.00090.09260.0061-0.04080.05450.20280.0274-0.03640.03580.0055-0.0602-0.0418-0.134447.0049-31.8563-14.3336
30.9210.0907-0.61930.91950.72642.87250-0.0609-0.00380.0529-0.02180.0508-0.178-0.02090.0219-0.04250.0247-0.0473-0.06870.0528-0.094135.7869-8.7926-14.1358
40.78450.14710.63051.6058-0.73912.87750.0127-0.1075-0.02820.15640.0398-0.14320.11890.0323-0.0526-0.04080.03920.0087-0.0688-0.0097-0.142625.69730.016915.7704
50.7064-0.4046-0.39632.05570.25662.8614-0.0087-0.2021-0.19260.05590.25680.0519-0.134-0.1842-0.248-0.11770.0483-0.0058-0.02320.113-0.14214.446353.059115.9561
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A0 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B0 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C0 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D0 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E0 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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