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万見
- PDB-3nr4: Pyrabactin-bound PYL2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nr4
タイトルPyrabactin-bound PYL2
要素Abscisic acid receptor PYL2
キーワードHORMONE RECEPTOR / Abscisic acid signaling pathway / Receptor / Pyrabactin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PYV / Abscisic acid receptor PYL2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.006 Å
データ登録者Yan, N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Single amino acid alteration between Valine and Isoleucine determines the distinct pyrabactin selectivity by PYL1 and PYL2
著者: Yuan, X. / Yin, P. / Hao, Q. / Yan, C. / Wang, J. / Yan, N.
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abscisic acid receptor PYL2
B: Abscisic acid receptor PYL2
C: Abscisic acid receptor PYL2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0626
ポリマ－63,9303
非ポリマー1,1323
水6,179343
1
A: Abscisic acid receptor PYL2
B: Abscisic acid receptor PYL2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3744
ポリマ－42,6202
非ポリマー7552
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18260 Å2
手法PISA
2
C: Abscisic acid receptor PYL2
ヘテロ分子

C: Abscisic acid receptor PYL2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3744
ポリマ－42,6202
非ポリマー7552
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area1710 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.950, 106.120, 187.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-249-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Abscisic acid receptor PYL2 / PYL2 / PYR1-like protein 2 / Regulatory components of ABA receptor 14


分子量: 21309.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O80992
#2: 化合物 ChemComp-PYV / 4-bromo-N-(pyridin-2-ylmethyl)naphthalene-1-sulfonamide / Pyrabactin / ピラバクチン


分子量: 377.256 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13BrN2O2S / コメント: ホルモン*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1M sodium citrate tribasic, 100mM Tris, pH8.5, 79mM MEGA-8 (Octanoyl-N-methylglucamide), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.90635 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月1日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.90635 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.006→46.998 Å / Num. obs: 81451 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 1.93 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 28.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル解像度: 2.006→2.13 Å / Rmerge(I) obs: 44.9 / Num. unique all: 11920 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KDH

3kdh


解像度: 2.006→46.998 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.69 / FOM work R set: 0.8344 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 24.12 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2367 3621 4.9 %Thin Shell
Rwork0.1894 70215 --
obs0.1918 73836 90.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.251 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 146.78 Å2 / Biso mean: 36.8357 Å2 / Biso min: 12.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1135 Å20 Å20 Å2
2--0.2872 Å2-0 Å2
3---1.8264 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.006→46.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4131 0 66 343 4540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084281
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0335824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9111540
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004738
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0064-2.0328000.27622509X-RAY DIFFRACTION81
2.0328-2.0607000.27762975X-RAY DIFFRACTION94
2.0607-2.09010.31374450.27822376X-RAY DIFFRACTION91
2.0901-2.1213000.23442982X-RAY DIFFRACTION94
2.1213-2.1545000.22263042X-RAY DIFFRACTION98
2.1545-2.18980.26364910.20732580X-RAY DIFFRACTION99
2.1898-2.2275000.23212319X-RAY DIFFRACTION97
2.2275-2.2681000.33871572X-RAY DIFFRACTION50
2.2681-2.31170.2893660.27541945X-RAY DIFFRACTION74
2.3117-2.3589000.19953129X-RAY DIFFRACTION98
2.3589-2.4102000.19283093X-RAY DIFFRACTION99
2.4102-2.46620.27443850.18992755X-RAY DIFFRACTION99
2.4662-2.5279000.19913047X-RAY DIFFRACTION99
2.5279-2.59620.25443790.18172698X-RAY DIFFRACTION99
2.5962-2.6726000.19763036X-RAY DIFFRACTION96
2.6726-2.7589000.19632976X-RAY DIFFRACTION96
2.7589-2.85750.25033370.20332719X-RAY DIFFRACTION97
2.8575-2.9719000.19723048X-RAY DIFFRACTION98
2.9719-3.10710.24292970.19152760X-RAY DIFFRACTION96
3.1071-3.2709000.18922972X-RAY DIFFRACTION96
3.2709-3.47570.24162670.17052596X-RAY DIFFRACTION91
3.4757-3.744000.17072461X-RAY DIFFRACTION79
3.744-4.12060.16682220.15172381X-RAY DIFFRACTION82
4.1206-4.71630.16382030.12912749X-RAY DIFFRACTION94
4.7163-5.94020.26341510.14992828X-RAY DIFFRACTION96
5.9402-47.01040.1823780.18672667X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95620.0179-0.11771.98940.15011.66950.01260.06180.0531-0.0730.07260.06330.0302-0.0049-0.05120.14730.00280.00380.1203-0.00770.14250.2163-1.736121.5174
21.64750.0536-0.52261.08390.12911.18880.0776-0.1154-0.04870.07520.0139-0.10330.02890.0579-0.05950.12940.0223-0.03820.145-0.0360.158312.2124-25.25919.9524
31.57480.2972-0.40711.75140.18530.38560.109-0.30090.03730.16970.0386-0.1910.01050.2124-0.09790.1829-0.0618-0.00870.2933-0.0740.1622-18.289-25.942141.2036
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA8 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB9 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC9 - 187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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