PDB-3nqo: Crystal structure of a MarR family transcriptional regulator (CD1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nqo

タイトル

Crystal structure of a MarR family transcriptional regulator (CD1569) from Clostridium difficile 630 at 2.20 A resolution

要素

MarR-family transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a MarR family transcriptional regulator (CD1569) from Clostridium difficile 630 at 2.20 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2010年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nqo.cif.gz	158.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nqo.ent.gz	130.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nqo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nqo_validation.pdf.gz	467.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nqo_full_validation.pdf.gz	471.1 KB	表示
XML形式データ	3nqo_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	3nqo_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/3nqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/3nqo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4c74-d 6n0v-2 3lm8-6 3hnh-1 6tbn-d 2ym2-d 4c77-d 4d04-d 4lll-2 5m96-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 399389

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MarR-family transcriptional regulator

B: MarR-family transcriptional regulator

ヘテロ分子

46.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.739, 72.672, 76.072
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	3
2	1	1	4	B	3
1	2	1	2	A	4 - 164
2	2	1	2	B	4 - 164
1	3	1	6	A	170 - 188
2	3	1	6	B	170 - 188

詳細

CRYSTAL PACKING AND SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY COUPLED WITH STATIC LIGHT SCATTERING ANALYSES SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

#1: タンパク質	MarR-family transcriptional regulator 分子量: 22458.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD1569 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q186C2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS CONSTRUCT (1-188) WAS EXPRESSED WITH THE PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THIS CONSTRUCT (1-188) WAS EXPRESSED WITH THE PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.68 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.47 詳細: 47.0000% polyethylene glycol 200, 0.1M HEPES pH 7.47, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97911

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月12日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97911 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→29.672 Å / Num. obs: 20101 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 42.65 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12.61

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.2-2.28	0.681	1.8	11021	3579	93.1
2.28-2.37	0.505	2.5	11870	3705	99.8
2.37-2.48	0.381	3.3	12421	3868	99.6
2.48-2.61	0.27	4.6	12055	3748	99.6
2.61-2.77	0.194	6.1	11933	3712	99.8
2.77-2.98	0.135	8.6	11959	3712	99.9
2.98-3.28	0.081	13.2	12383	3834	99.7
3.28-3.76	0.046	21	12374	3822	99.5
3.76-4.72	0.029	30.6	12082	3743	99.5
4.72-29.672	0.03	33.7	12033	3780	97.8

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
PHENIX		精密化
SOLVE		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.672 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 10.926 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.211
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. WATERS WERE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	1021	5.1 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.199	20052	99.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.76 Å² / B_iso mean: 48.924 Å² / B_iso min: 19.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.672 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2824	0	60	63	2947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2969
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.314	1.969	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.057	3	4933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.255	5	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.217	25.324	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.153	15	535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.312	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.755	1.5	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.2	1.5	733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.422	2	2916
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.595	3	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.088	4.5	1071

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
885	TIGHT POSITIONAL	0.16	0.05
1017	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
237	LOOSE POSITIONAL	1.11	5
885	TIGHT THERMAL	1.12	0.5
1017	MEDIUM THERMAL	1.47	2
237	LOOSE THERMAL	2.46	10

LS精密化シェル

解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	61	-
R_work	0.273	1318	-
all	-	1379	-
obs	-	-	95.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	14.6154	7.7251	0.1945	13.6158	-2.8218	10.6187	-0.0082	0.1067	-0.6413	0.1362	-0.2673	-1.4418	0.0953	0.8756	0.2756	0.0832	0.0032	-0.0157	0.1169	0.0608	0.197	92.436	35.648	53.687
2	4.085	2.0945	-0.9487	3.8109	-0.7967	1.2877	0.0355	0.1326	0.7952	-0.0093	0.2172	1.0556	-0.2105	-0.3201	-0.2526	0.1319	0.0262	-0.044	0.1126	0.0849	0.351	56.752	30.036	61.492
3	1.9534	0.5914	0.2436	4.0224	-0.4991	1.433	0.1473	-0.2441	-0.02	0.327	-0.0759	-0.116	-0.0735	0.0143	-0.0714	0.1402	-0.0336	0.0131	0.0696	-0.0041	0.0528	74.406	27.132	69.255
4	6.5831	14.6446	-11.8299	39.1131	-21.9872	15.3623	1.0037	0.1359	0.7188	2.5543	0.0886	2.1444	-1.494	-0.3622	-1.0923	0.5251	-0.1282	0.3087	0.2447	-0.0774	0.5249	62.131	29.356	77.266
5	5.5674	0.8967	-1.325	13.3071	1.8632	12.4146	-0.0462	-0.2171	-0.8834	0.6128	-0.3687	-0.0283	0.7824	0.3804	0.4148	0.193	-0.0123	-0.0003	0.1116	0.0736	0.1812	67.743	9.593	76.08
6	1.0592	0.4852	-0.4238	1.599	-0.6784	3.549	0.0502	0.0437	-0.0411	0.0775	0.084	0.1547	-0.0036	-0.0726	-0.1342	0.076	-0.0062	-0.0435	0.0474	0.0043	0.123	71.889	30.343	58.385
7	1.7882	1.5535	0.8048	3.0395	0.5514	4.5275	-0.0434	0.3463	-0.312	-0.372	0.1542	-0.0152	0.6075	-0.0527	-0.1108	0.1923	-0.0026	-0.0493	0.1001	-0.0811	0.1148	75.881	26.436	40.136
8	4.5448	2.3927	-0.1783	8.012	-0.2732	2.3579	0.0127	0.0622	-0.2876	0.4876	-0.0207	-0.4864	0.1139	0.2032	0.008	0.1028	-0.0041	-0.017	0.1076	0.0349	0.0742	83.138	26.286	63.535
9	11.4015	19.8538	-9.4729	31.219	-14.7239	7.6399	-1.4482	-0.013	-1.0711	-2.9046	0.0779	-1.4623	1.5211	0.5185	1.3703	0.731	0.0483	0.1627	0.2711	0.1065	0.5978	87.214	29.159	48.44
10	6.3823	-2.2564	-1.5489	10.0342	0.6947	2.9938	0.0656	-0.3697	0.3637	0.5481	-0.1558	-0.2481	-0.4482	0.2123	0.0901	0.1928	-0.0706	-0.027	0.0941	-0.0207	0.07	88.089	48.684	56.024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	116 - 149
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	150 - 168
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	169 - 188
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	3 - 52
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	53 - 126
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	127 - 147
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	148 - 172
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	173 - 188

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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