PDB-3nqh: Crystal structure of a glycosyl hydrolase (BT_2959) from BACTEROI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nqh

タイトル

Crystal structure of a glycosyl hydrolase (BT_2959) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 2.11 A resolution

要素

Glycosyl hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a glycosyl hydrolase (BT_2959) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 2.11 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2010年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nqh.cif.gz	197.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nqh.ent.gz	157 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/3nqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/3nqh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5eb5-1 3vny-d 1xh0-d 4bmv-4 3red-2 4bmv-5 4qfu-8 6pvj-d 3mjs-2 3red-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 396210

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase

ヘテロ分子

50.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

A: Glycosyl hydrolase

ヘテロ分子

A: Glycosyl hydrolase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.923, 78.923, 166.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

詳細

ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

#1: タンパク質	Glycosyl hydrolase / Glycosyl hydrolase family 43 protein 分子量: 50351.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_2959 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8A3J5
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 22-460 OF THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 15.0000% Glycerol, 0.1700M NH4OAc, 25.5000% PEG-4000, 0.1M Citrate pH 5.6, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97852,0.97802

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月16日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97852	1
3	0.97802	1

反射

解像度: 2.11→29.801 Å / Num. obs: 31222 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 35.599 Å² / R_merge(I) obs: 0.119 / R_sym value: 0.119 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.11-2.16	6.4	0.923	1.8	14428	2248	0.923	100
2.16-2.22	6.4	0.749	2.3	14176	2207	0.749	100
2.22-2.29	6.4	0.653	2.6	13776	2148	0.653	100
2.29-2.36	6.4	0.557	3.1	13439	2089	0.557	100
2.36-2.44	6.4	0.481	3.5	12948	2026	0.481	100
2.44-2.52	6.4	0.401	4.2	12638	1970	0.401	100
2.52-2.62	6.4	0.36	4.8	12090	1885	0.36	100
2.62-2.72	6.4	0.271	6	11809	1853	0.271	100
2.72-2.85	6.4	0.198	7.7	11175	1749	0.198	100
2.85-2.98	6.4	0.164	9.4	10801	1692	0.164	100
2.98-3.15	6.4	0.13	11.9	10326	1620	0.13	100
3.15-3.34	6.3	0.103	15.1	9625	1523	0.103	100
3.34-3.57	6.3	0.085	19.2	9114	1445	0.085	100
3.57-3.85	6.3	0.072	22.8	8512	1358	0.072	100
3.85-4.22	6.3	0.06	25.9	7777	1244	0.06	100
4.22-4.72	6.2	0.055	29.2	7059	1146	0.055	100
4.72-5.45	6.1	0.065	29.4	6229	1026	0.065	100
5.45-6.67	6	0.06	27.9	5248	881	0.06	99.9
6.67-9.44	5.8	0.053	28.7	4055	701	0.053	99.3
9.44-29.8	5.2	0.047	29.9	2141	411	0.047	95.1

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.11→29.801 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.054 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.183
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	1564	5 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
obs	0.197	31147	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.28 Å² / B_iso mean: 47.063 Å² / B_iso min: 17.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.65 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→29.801 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3444	0	16	239	3699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3632
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2476
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.523	1.95	4940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.848	3	6027
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.69	5	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.437	23.774	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.865	15	592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.915	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	518
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4086
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.299	3	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.289	3	907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.293	5	3595
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.921	8	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.238	11	1338

LS精密化シェル

解像度: 2.11→2.165 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.405	87	-
R_work	0.346	2153	-
all	-	2240	-
obs	-	-	99.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2221	-0.1311	0.2449	0.929	-0.5585	4.2648	-0.0977	-0.046	-0.0178	0.0876	0.1094	-0.0512	-0.262	0.0018	-0.0118	0.0396	0.0283	-0.0073	0.1008	0.012	0.0171	7.091	19.557	49.348
2	0.78	-0.1371	-0.1938	1.0327	0.6518	5.0177	-0.1417	0.2575	-0.0312	-0.1301	0.1111	-0.1971	-0.1194	0.3007	0.0305	0.0568	-0.0816	0.0298	0.1832	-0.0053	0.0464	10.891	18.912	27.354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	22 - 212
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	213 - 460

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