PDB-3nqe: Crystal structure of the mutant L123N of orotidine 5'-monophospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nqe

タイトル

Crystal structure of the mutant L123N of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor BMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / Methanobacterium thermoautotrophicum / inhibitor BMP / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.421 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wood, B.M. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
著者: Iiams, V. / Desai, B.J. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2010年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年9月21日	Group: Database references
改定 1.3	2011年11月2日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nqe.cif.gz	107.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nqe.ent.gz	81.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nqe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/3nqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/3nqe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nqcC 3nqdC 3nqfC 3nqgC 3nqmC 3pbuC 3pbvC 3pbwC 3pbyC 3pc0C 3g18S 3nq6 3nq7 3nqa S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lv5-d 3lht-d 4o8r-1 3rlu-d 3nqc-d 3nq6-d 3sj3-d 3g1y-d 3lhy-d 4o8r-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.915, 63.982, 61.753
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24885.643 Da / 分子数: 2 / 変異: L123N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% PEG2000, 0.1M potassium thiocyanate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月22日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.421→32.426 Å / Num. all: 78628 / Num. obs: 78628 / % possible obs: 99.34 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.079

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3G18

3g18

解像度: 1.421→32.426 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2054	3956	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1801	-	-	-
all	0.1814	78628	-	-
obs	0.1814	78628	99.34 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.963 Å² / k_sol: 0.391 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2081 Å²	0 Å²	-0.6059 Å²
2-	-	2.1571 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.0509 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.421→32.426 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3315	0	56	432	3803

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3502
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.102	4746
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.871	1360
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	537
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	628

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4215-1.4388	0.1985	103	0.197	2378	X-RAY DIFFRACTION	89
1.4388-1.457	0.2229	168	0.1902	2611	X-RAY DIFFRACTION	99
1.457-1.4762	0.2114	159	0.1875	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4762-1.4964	0.2003	146	0.1782	2639	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4964-1.5178	0.1973	126	0.1759	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5178-1.5404	0.2069	140	0.1795	2682	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5404-1.5645	0.2115	134	0.1778	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5645-1.5902	0.2105	143	0.1804	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5902-1.6176	0.2077	155	0.1757	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6176-1.647	0.2092	127	0.1777	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.647-1.6787	0.2136	131	0.183	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6787-1.7129	0.2244	136	0.175	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7129-1.7502	0.1838	140	0.1771	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7502-1.7909	0.1932	151	0.1667	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7909-1.8357	0.1845	157	0.1647	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8357-1.8853	0.1985	134	0.1654	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8853-1.9408	0.1817	138	0.1653	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9408-2.0034	0.1841	118	0.1658	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0034-2.075	0.2068	142	0.1699	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.075-2.1581	0.2065	146	0.1738	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1581-2.2563	0.1812	142	0.1713	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2563-2.3752	0.2151	129	0.1746	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3752-2.5239	0.1915	141	0.1869	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5239-2.7187	0.232	165	0.1844	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7187-2.9921	0.2127	122	0.1985	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9921-3.4247	0.2135	150	0.1847	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4247-4.3132	0.1762	158	0.1534	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3132-32.4345	0.1953	155	0.174	2722	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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