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- PDB-3nph: Crystal structure of the pfam00427 domain from Synechocystis sp. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nph
タイトルCrystal structure of the pfam00427 domain from Synechocystis sp. PCC 6803
要素Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 2
キーワードPHOTOSYNTHESIS / pfam00427 domain / Linker protein / phycobiliprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycobilisome linker domain / serine acetyltransferase, domain 1 / Phycobilisome linker protein / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. ...Phycobilisome linker domain / serine acetyltransferase, domain 1 / Phycobilisome linker protein / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 2
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.849 Å
データ登録者Gao, X. / Chen, L. / Wu, J.-W. / Zhang, Y.-Z.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of linker L(R) and the assembly of cyanobacterial phycobilisome rods
著者: Gao, X. / Zhang, N. / Wei, T.-D. / Su, H.-N. / Xie, B.-B. / Dong, C.-C. / Zhang, X.-Y. / Chen, X.-L. / Zhou, B.-C. / Wang, Z.-X. / Wu, J.-W. / Zhang, Y.-Z.
履歴
登録2010年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月19日Group: Database references
改定 1.32011年12月14日Group: Database references
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4581
ポリマ－17,4581
非ポリマー00
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.675, 55.675, 79.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-185-

HOH

21B-208-

HOH

31B-231-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 2


分子量: 17458.365 Da / 分子数: 1 / 断片: pfam00427 domain, PBS-linker, UNP residues 19-157 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DH3) / 参照: UniProt: P73204
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG 3000, 0.1M Bis-Tris buffer (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.498 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.849→39.43 Å / Num. obs: 11164 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 21.03 Å2
反射 シェル解像度: 1.849→1.91 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.849→22.772 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8205 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2343 1117 10.01 %RANDOM
Rwork0.2025 10047 --
obs0.204 11164 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.699 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 83.49 Å2 / Biso mean: 25.7342 Å2 / Biso min: 13.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.8544 Å2-0 Å20 Å2
2---5.8544 Å2-0 Å2
3---2.4044 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.849→22.772 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1091 0 0 141 1232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9881510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.479402
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8487-1.93280.2721360.21991218X-RAY DIFFRACTION99
1.9328-2.03470.31421350.21261221X-RAY DIFFRACTION100
2.0347-2.16210.28941360.21221229X-RAY DIFFRACTION100
2.1621-2.32880.26511390.21291246X-RAY DIFFRACTION100
2.3288-2.56290.24151380.22111237X-RAY DIFFRACTION100
2.5629-2.93310.3091400.2261262X-RAY DIFFRACTION100
2.9331-3.69290.25511410.20361273X-RAY DIFFRACTION100
3.6929-22.77410.24621520.2091361X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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