PDB-3npe: Structure of VP14 in complex with oxygen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3npe

タイトル

Structure of VP14 in complex with oxygen

要素

9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase 1, chloroplastic

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dioxygenase / seven blade beta propeller / abscisic acid / non heme iron

機能・相同性

機能・相同性情報

9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase / abscisic acid biosynthetic process / carotenoid dioxygenase activity / 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / chloroplast stroma / chloroplast / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 /

多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Messing, S.A. / Gabelli, S.B. / Amzel, L.M.

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2010
タイトル: Structural insights into maize viviparous14, a key enzyme in the biosynthesis of the phytohormone abscisic acid.
著者: Messing, S.A. / Gabelli, S.B. / Echeverria, I. / Vogel, J.T. / Guan, J.C. / Tan, B.C. / Klee, H.J. / McCarty, D.R. / Amzel, L.M.

履歴

登録	2010年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3npe.cif.gz	223.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3npe.ent.gz	179 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3npe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3npe_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3npe_full_validation.pdf.gz	469 KB	表示
XML形式データ	3npe_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	3npe_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/3npe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/3npe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1k4y-d 2xmd-d 4dl1-10 6et2-1 2q72-d 5z6h-2 6lf7-d 1d2v-3 6xta-d 6wy5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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ロドプシン (Rhodopsin)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
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類似性 (1)
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グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
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胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.521, 161.521, 150.816
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase 1, chloroplastic / Protein VIVIPAROUS14 / VP-14 分子量: 57646.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: VP14 / プラスミド: pMal c2x hv / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: O24592, 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase

#1: タンパク質

9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase 1, chloroplastic / Protein VIVIPAROUS14 / VP-14

分子量: 57646.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: VP14 / プラスミド: pMal c2x hv / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: O24592, 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase

-
非ポリマー , 5種, 16分子

#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#4: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#5: 化合物	ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン分子量: 88.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, Li sulfate, dioxane, 1,6 hexandiol, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97989 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97989 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 21.1 % / Av σ(I) over netI: 27.1 / 数: 293520 / R_merge(I) obs: 0.103 / Χ²: 0.88 / D res high: 3.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 13892 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.75	50	99.7	1	0.047	1.772	18.9
6.15	7.75	100	1	0.068	0.988	20.6
5.38	6.15	100	1	0.091	0.829	21.1
4.89	5.38	100	1	0.095	0.789	21.3
4.54	4.89	100	1	0.097	0.771	21.4
4.27	4.54	100	1	0.133	0.766	21.6
4.05	4.27	100	1	0.219	0.729	21.7
3.88	4.05	100	1	0.35	0.747	21.7
3.73	3.88	100	1	0.455	0.718	21.6
3.6	3.73	100	1	0.564	0.747	21.8

反射

解像度: 3→50 Å / Num. obs: 23752 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.5 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 6.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	% possible all	R_merge(I) obs
3-3.11	10.3	99.7
3.11-3.23	14.5	99.9	0.944
3.23-3.38	18.2	99.9	0.573
3.38-3.56	20.4	99.9	0.397
3.56-3.78	20.7	100	0.24
3.78-4.07	20.7	100	0.152
4.07-4.48	20.6	100	0.08
4.48-5.13	20.5	100	0.054
5.13-6.46	20.2	100	0.047
6.46-50	18.4	99.6	0.027

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 3.8 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.58 / 反射: 11806

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9537	3.67	-3.24
1	3 wavelength	2	0.979	6.55	-10.24
1	3 wavelength	3	0.9792	3.9	-9.42

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.29	0.075	0.131	0.59
2	Se	60	0.576	0.301	0.071	0.393
3	Se	60	0.333	0.153	0.087	0.793
4	Se	60	0.431	0.326	0.151	0.582
5	Se	60	0.139	0.418	0.016	0.504
6	Se	60	0.417	0.273	0.036	0.558
7	Se	60	0.41	0.243	0.032	0.725
8	Se	60	0.218	0.088	0.086	0.39

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
13.55-50	0.67	640
8.6-13.55	0.71	1017
6.74-8.6	0.74	1268
5.72-6.74	0.7	1457
5.05-5.72	0.65	1637
4.58-5.05	0.61	1787
4.21-4.58	0.47	1930
3.92-4.21	0.36	2070

Phasing dm

FOM : 0.59 / FOM acentric: 0.6 / FOM centric: 0.59 / 反射: 13793 / Reflection acentric: 11437 / Reflection centric: 2356

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
10.3-46.633	0.92	0.95	0.87	686	405	281
6.4-10.3	0.85	0.88	0.78	1917	1449	468
5.1-6.4	0.77	0.79	0.67	2323	1905	418
4.5-5.1	0.71	0.72	0.63	2297	1953	344
3.9-4.5	0.51	0.52	0.42	4063	3521	542
3.6-3.9	0.19	0.19	0.16	2507	2204	303

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.03	位相決定
RESOLVE	2.03	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→47.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.97 / SU B: 46.123 / SU ML: 0.354 / SU R Cruickshank DPI: 1.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.004 / ESU R Free: 0.412 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27164	1016	5.2 %	RANDOM
R_work	0.24066	-	-	-
obs	0.2422	18636	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.45 Å²	0.73 Å²	0 Å²
2-	-	1.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→47.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4010	0	22	10	4042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4138
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.466	1.96	5618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.574	5	521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.003	23.283	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.84	15	614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.536	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	607
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.2	2719
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.221	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.117	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.411	1.5	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.671	2	4167
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.937	3	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.505	4.5	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	88	-
R_work	0.32	1318	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6645	-0.2026	-0.2339	5.8833	-1.8172	1.0869	-0.1031	0.7239	0.0206	-0.718	-0.2789	-0.098	-0.2189	0.2612	0.382	0.1584	-0.0037	0.2109	0.1454	-0.0944	-0.109	6.231	78.04	74.189
2	2.6331	-0.3954	-0.7038	3.1388	-0.6536	3.374	-0.3339	0.4275	-0.4439	-0.4204	-0.1294	0.1553	0.0542	-0.132	0.4633	-0.1753	-0.0205	0.4727	-0.0805	-0.2926	-0.0729	-0.12	53.716	88.305
3	8.858	-2.9202	0.1127	1.437	-2.2013	9.8745	-0.1494	-1.1902	0.9169	-2.6883	-1.4132	0.338	-2.0875	-0.3318	1.5626	0.3432	0.3048	0.2485	0.6509	0.2593	0.322	4.476	56.811	97.308

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	83 - 130
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	196 - 248
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	131 - 195
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	249 - 431
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	448 - 535
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	545 - 605
7	X-RAY DIFFRACTION	2	X	1 - 2
8	X-RAY DIFFRACTION	2		2946 - 2948
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	432 - 447
10	X-RAY DIFFRACTION	3	A	536 - 544

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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