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- PDB-3np1: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF NITROPHORIN 1 FROM RHODNIUS P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3np1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF NITROPHORIN 1 FROM RHODNIUS PROLIXUS WITH CYANIDE
要素NITROPHORIN 1
キーワードNITRIC OXIDE TRANSPORT / FERRIC HEME / HISTAMINE / ANTIHISTAMINE / VASODILATOR / LIPOCALIN / CYANIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrophorin / Nitrophorin domain / Nitrophorin / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / Nitrophorin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodnius prolixus (カメムシ)
手法X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Weichsel, A. / Andersen, J.F. / Champagne, D.E. / Walker, F.A. / Montfort, W.R.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structures of a nitric oxide transport protein from a blood-sucking insect.
著者: Weichsel, A. / Andersen, J.F. / Champagne, D.E. / Walker, F.A. / Montfort, W.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Nitric Oxide Binding and Crystallization of Recombinant Nitrophorin I, a Nitric Oxide Transport Protein from the Blood-Sucking Bug Rhodnius Prolixus
著者: Andersen, J.F. / Champagne, D.E. / Weichsel, A. / Ribeiro, J.M. / Balfour, C.A. / Dress, V. / Montfort, W.R.
履歴
登録1998年1月22日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status / software
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site / _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITROPHORIN 1
B: NITROPHORIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4978
ポリマ－41,0222
非ポリマー1,4756
水2,162120
1
A: NITROPHORIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2484
ポリマ－20,5111
非ポリマー7373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NITROPHORIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2484
ポリマ－20,5111
非ポリマー7373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.390, 74.220, 66.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.697379, -0.038635, -0.715661), (-0.053702, -0.998556, 0.001578), (-0.714688, 0.037332, -0.698446)
ベクター: 42.167, 76.6498, 97.6618)

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要素

#1: タンパク質 NITROPHORIN 1 / NP1


分子量: 20510.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / 細胞株: BL21 / 器官: SALIVARY GLAND / プラスミド: PET17B-NP1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q26239
#2: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION


分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 2.8 M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1 M TRIS.HCL, PH 7.5, ROOM TEMPERATURE
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Andersen, J.F., (1997) Biochemistry, 36, 4423.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
210 mMpotassium phosphate1drop
32.6 Mammonium phosphate1reservoir
40.1 Mpotassium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1997年10月17日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→28 Å / Num. obs: 16620 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 97.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 46715 / Rmerge(I) obs: 0.053

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESデータ収集
AGROVATA/ROTAVATAデータ削減
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
MADNESデータ削減
Agrovataデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: PDB ENTRY 1NP1

1np1


解像度: 2.3→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION WITH K = 0.3435, B = 94.9.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 492 5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 14049 71.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2886 0 277 127 3290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d30.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.971.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.682
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.322
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.232.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: UNRESTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.081 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 26 5 %
Rwork0.277 1296 -
obs--69.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19X.HEMETOPH19X.HEME
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.PO4TOP.PO4
X-RAY DIFFRACTION4PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg30.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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