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- PDB-3no9: Crystal Structure of apo fumarate hydratase from Mycobacterium tu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3no9
タイトルCrystal Structure of apo fumarate hydratase from Mycobacterium tuberculosis
要素Fumarate hydratase class II
キーワードLYASE / apo / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / fumarate hydratase / tricarboxylic acid cycle / lyase class I / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


tricarboxylic acid cycle heteromeric enzyme complex / fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / peptidoglycan-based cell wall / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fumarate hydratase, class II / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) ...Fumarate hydratase, class II / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Fumarate hydratase class II / Fumarate hydratase class II
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Li, H. / Swanson, S. / Yu, M. / Hung, L.-W. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of apo fumarate hydratase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Li, H. / Swanson, S. / Yu, M. / Hung, L.-H. / Sacchettini, J.S.
履歴
登録2010年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fumarate hydratase class II
B: Fumarate hydratase class II
C: Fumarate hydratase class II
D: Fumarate hydratase class II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,1164
ポリマ－201,1164
非ポリマー00
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25090 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area57520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)271.224, 96.555, 89.889
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 21:232 OR RESSEQ 241: 313 OR...
211CHAIN B AND (RESSEQ 21:232 OR RESSEQ 241: 313 OR...
311CHAIN C AND (RESSEQ 21:232 OR RESSEQ 241: 313 OR...
411CHAIN D AND (RESSEQ 21:232 OR RESSEQ 241: 313 OR...

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要素

#1: タンパク質
Fumarate hydratase class II / Fumarase C


分子量: 50278.883 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: fum, fumC, MT1130, MTV017.51c, Rv1098c / プラスミド: pVP16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O53446, UniProt: P9WN93*PLUS, fumarate hydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4.5
詳細: 18% PEG 400, 0.1M sodium acetate pH 4.5, 0.2M calcium chloride, drop ratio 1:1, protein concentration 8mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月17日
詳細: VERTICALLY COLLIMATING PREMIRROR, LN2 COOLED DOUBLE- CRYSTAL SILICON (111) MONOCHROMATOR, TOROIDAL FOCUSING M2 MIRROR
放射モノクロメーター: LIQUID NITROGEN COOLED DUAL CRYSTAL, SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→48.523 Å / Num. obs: 70730 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 40.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.48→2.59 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Rsym value: 0.414 / % possible all: 71.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YFE

1yfe


解像度: 2.48→48.52 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 25.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 3533 5 %
Rwork0.206 --
obs0.208 70709 88.4 %
all-70773 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.56 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4885 Å2-0 Å2-2.1327 Å2
2---5.8135 Å20 Å2
3---6.302 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→48.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13421 0 0 178 13599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05818528
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3644958
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0722214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042451
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2787X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2787X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
13C2787X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
14D2787X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4826-2.51660.3138570.24981066X-RAY DIFFRACTION36
2.5166-2.55250.30731150.23872163X-RAY DIFFRACTION71
2.5525-2.59060.31531320.24972228X-RAY DIFFRACTION74
2.5906-2.63110.31221420.24042227X-RAY DIFFRACTION74
2.6311-2.67430.27611160.22992284X-RAY DIFFRACTION76
2.6743-2.72040.24681140.21852387X-RAY DIFFRACTION78
2.7204-2.76980.2761530.222428X-RAY DIFFRACTION81
2.7698-2.82310.24641140.22672460X-RAY DIFFRACTION81
2.8231-2.88070.29661100.21692583X-RAY DIFFRACTION84
2.8807-2.94330.24361360.222605X-RAY DIFFRACTION86
2.9433-3.01180.27471190.21072701X-RAY DIFFRACTION88
3.0118-3.08710.22871390.21382766X-RAY DIFFRACTION92
3.0871-3.17060.2641660.21922841X-RAY DIFFRACTION95
3.1706-3.26380.25041420.22192968X-RAY DIFFRACTION97
3.2638-3.36920.25261600.22563007X-RAY DIFFRACTION99
3.3692-3.48960.25961430.20443021X-RAY DIFFRACTION99
3.4896-3.62920.2411690.193014X-RAY DIFFRACTION99
3.6292-3.79430.21221530.1943047X-RAY DIFFRACTION100
3.7943-3.99430.20321610.17863035X-RAY DIFFRACTION100
3.9943-4.24440.2281620.17643044X-RAY DIFFRACTION100
4.2444-4.57190.20311900.16382983X-RAY DIFFRACTION100
4.5719-5.03160.20391730.1693048X-RAY DIFFRACTION99
5.0316-5.75860.21771550.19063058X-RAY DIFFRACTION100
5.7586-7.25140.23421350.21093096X-RAY DIFFRACTION100
7.2514-48.53260.26111770.23373116X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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