PDB-3no1: Crystal Structure of Mandelate racemase/muconate lactonizing enzy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3no1

タイトル

Crystal Structure of Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme from a Marine actinobacterium in complex with magnesium

要素

Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

キーワード

ISOMERASE / ENOLASE / METAL-BINDING / PSI-II / NYSGXRC / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

hydro-lyase activity / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

marine actinobacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme from a Marine actinobacterium in complex with magnesium
著者: Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.

履歴

登録	2010年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3no1.cif.gz	421.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3no1.ent.gz	345.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3no1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3no1_validation.pdf.gz	496.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3no1_full_validation.pdf.gz	560.9 KB	表示
XML形式データ	3no1_validation.xml.gz	84.1 KB	表示
CIF形式データ	3no1_validation.cif.gz	115.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/3no1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/3no1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3msyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4h83-d 3msy-d 3kjs-d 3hbb-d 3cl9-3 20447 3clb-d 5t7o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-9813b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

272 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.961, 90.103, 94.660
Angle α, β, γ (deg.)	115.80, 109.75, 97.58
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme / ISOMERASE 分子量: 45269.855 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TOP10 (Invitrogen) 由来: (組換発現) marine actinobacterium (バクテリア) 株: PHSC20C1 / 遺伝子: A20C1_08358 / プラスミド: BC-pSGX3 (BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) CODON + RIL / 参照: UniProt: A4AFX2
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.38 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Magnesium Chloride 0.1M Hepes pH 7.5, 20% PEG 3350, 0.025M ethylenediamine-tetraacetic disodium salt, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月18日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→50 Å / Num. all: 117788 / Num. obs: 117788 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 0.9 % / B_iso Wilson estimate: 11.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2.16→2.24 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 10.8 / Num. unique all: 11562 / R_sym value: 0.19 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
MOLREP		位相決定
CNS	1.1	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID: 3MSY

3msy

解像度: 2.16→42.51 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	4670	-	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
all	0.212	115558	-	-
obs	0.207	115558	96 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.55 Å²	0.19 Å²	3.19 Å²
2-	-	-2.89 Å²	-0.43 Å²
3-	-	-	-1.66 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.3 Å	0.25 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.23 Å	0.16 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→42.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16538	0	6	626	17170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_degree	22.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.82

LS精密化シェル

解像度: 2.16→2.3 Å / R_factor R_free error: 0.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	708	-
R_work	0.223	-	-
obs	-	17451	90.5 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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