PDB-3nn4: Structure of chlorite dismutase from Candidatus Nitrospira defluv...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nn4

タイトル

Structure of chlorite dismutase from Candidatus Nitrospira defluvii R173K mutant

要素

Chlorite dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ferredoxin like fold / chlorite dismutation / periplasmatic

機能・相同性

chlorite O2-lyase / chlorite O2-lyase activity / Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / heme binding / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chlorite dismutase

機能・相同性情報

生物種

Candidatus Nitrospira defluvii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Kostan, J. / Sjoeblom, B. / Maixner, F. / Mlynek, G. / Furtmueller, P.G. / Obinger, C. / Wagner, M. / Daims, H. / Djinovic-Carugo, K.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and functional characterisation of the chlorite dismutase from the nitrite-oxidizing bacterium "Candidatus Nitrospira defluvii": Identification of a catalytically important amino acid residue
著者: Kostan, J. / Sjoeblom, B. / Maixner, F. / Mlynek, G. / Furtmueller, P.G. / Obinger, C. / Wagner, M. / Daims, H. / Djinovic-Carugo, K.

履歴

登録	2010年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nn4.cif.gz	499.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nn4.ent.gz	418.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nn4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nn4_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nn4_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	3nn4_validation.xml.gz	49.6 KB	表示
CIF形式データ	3nn4_validation.cif.gz	66 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/3nn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/3nn4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nn1C 3nn2C 3nn3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nn2-d 4m06-d 4m05-d 4m09-d 3nn3-d 3nn1-d 4m08-d 3q09-3 5a13-1 3q09-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chlorite dismutase

B: Chlorite dismutase

C: Chlorite dismutase

D: Chlorite dismutase

E: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

142 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.410, 113.880, 119.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.02, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	C
2	1	A
3	1	B
4	1	D
5	1	E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 238 / Label seq-ID: 4 - 241

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	C	C
2	A	A
3	B	B
4	D	D
5	E	E

#1: タンパク質	Chlorite dismutase 分子量: 27451.223 Da / 分子数: 5 / 変異: R173K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Nitrospira defluvii (バクテリア) プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3U4H7, chlorite O2-lyase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.22 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.4-0.6M ammonium sulphate, 0.1M citric acid, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月24日
放射	モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→106 Å / Num. obs: 44825 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / % possible all: 80.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: IN-HOUSE MODEL

解像度: 2.7→43.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 29.372 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25798	2256	5 %	RANDOM
R_work	0.21609	-	-	-
all	0.21831	42510	-	-
obs	0.21831	42510	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.041 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	0 Å²	-8.42 Å²
2-	-	-2.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9585	0	320	195	10100

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	10149
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6830
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.325	2.025	13806
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.909	3	16530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.568	5	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.342	23.404	470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.062	15	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.801	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11075
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	6689
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	4612
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	5369
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.144	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.254	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.253	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.4	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.457	1.5	7675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.21	1.5	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.574	2	9485
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.162	3	5042
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.694	4.5	4311
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	C	1402	tight positional	0.05	0.05
2	A	1402	tight positional	0.03	0.05
3	B	1402	tight positional	0.04	0.05
4	D	1402	tight positional	0.03	0.05
5	E	1402	tight positional	0.04	0.05
1	C	1863	medium positional	0.57	0.5
2	A	1863	medium positional	0.52	0.5
3	B	1863	medium positional	0.5	0.5
4	D	1863	medium positional	0.52	0.5
5	E	1863	medium positional	0.56	0.5
1	C	1402	tight thermal	0.08	0.5
2	A	1402	tight thermal	0.06	0.5
3	B	1402	tight thermal	0.06	0.5
4	D	1402	tight thermal	0.06	0.5
5	E	1402	tight thermal	0.06	0.5
1	C	1863	medium thermal	0.41	2
2	A	1863	medium thermal	0.33	2
3	B	1863	medium thermal	0.39	2
4	D	1863	medium thermal	0.38	2
5	E	1863	medium thermal	0.37	2

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	163	-
R_work	0.315	3105	-
obs	-	-	99.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1585	0.9937	0.5527	2.2083	0.7503	3.3343	-0.411	0.0743	0.6119	-0.3024	0.0042	0.2816	-0.8736	-0.1854	0.4068	0.0782	0.0878	-0.1112	0.1011	0.0288	0.2368	-14.972	23.479	-27.549
2	1.6946	-0.6604	0.3661	1.3909	-0.1138	4.8034	0.1851	-0.0353	-0.3427	-0.2906	-0.1623	0.2363	0.7274	-0.4302	-0.0228	0.0999	-0.0269	0.0539	0.0629	-0.1364	0.0534	-16.694	-23.049	-27.042
3	1.0256	0.2878	1.1109	1.0588	-0.5605	3.1868	-0.0427	-0.2346	0.1769	0.0535	0.0151	0.4025	-0.0821	-0.6893	0.0276	-0.1245	0.0508	0.0548	0.3567	-0.1154	0.1226	-31.542	0.972	-22.823
4	1.3752	0.6224	1.0533	2.731	-0.552	3.3826	0.0165	0.1788	-0.2567	-0.7387	-0.1903	-0.3586	0.3392	0.6011	0.1737	0.14	0.2202	0.2473	0.2105	0.0399	0.0359	9.377	-15.169	-34.742
5	0.9825	-0.5371	0.9423	2.4002	-0.5092	3.6477	-0.1072	0.1539	0.1695	-0.4055	-0.2208	-0.2411	-0.2002	0.7981	0.328	0.0276	-0.1326	0.1167	0.2382	0.2402	0.0758	10.525	13.391	-35.12

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 238
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 238
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 238
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 238
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 238

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