PDB-3nn2: Structure of chlorite dismutase from Candidatus Nitrospira defluv...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nn2

タイトル

Structure of chlorite dismutase from Candidatus Nitrospira defluvii in complex with cyanide

要素

Chlorite dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ferredoxin like fold / chlorite dismutation / periplasmatic

機能・相同性

機能・相同性情報

chlorite O2-lyase / chlorite O2-lyase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Candidatus Nitrospira defluvii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Kostan, J. / Sjoeblom, B. / Maixner, F. / Mlynek, G. / Furtmueller, P.G. / Obinger, C. / Wagner, M. / Daims, H. / Djinovic-Carugo, K.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and functional characterisation of the chlorite dismutase from the nitrite-oxidizing bacterium "Candidatus Nitrospira defluvii": Identification of a catalytically important amino acid residue
著者: Kostan, J. / Sjoeblom, B. / Maixner, F. / Mlynek, G. / Furtmueller, P.G. / Obinger, C. / Wagner, M. / Daims, H. / Djinovic-Carugo, K.

履歴

登録	2010年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nn2.cif.gz	521.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nn2.ent.gz	431 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nn2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/3nn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/3nn2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nn1C 3nn3C 3nn4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nn1-d 3nn4-d 4m06-d 4m08-d 4m05-d 4m09-d 4m07-d 3q09-3 5a13-1 3nn3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chlorite dismutase

B: Chlorite dismutase

C: Chlorite dismutase

D: Chlorite dismutase

E: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

144 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.490, 145.490, 136.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質	Chlorite dismutase 分子量: 27479.236 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Nitrospira defluvii (バクテリア) プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3U4H7, chlorite O2-lyase

-
非ポリマー , 5種, 972分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド分子量: 26.017 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 931 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.33 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.4M sodium/potassium phosphate, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月26日
放射	モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→125 Å / Num. all: 122022 / Num. obs: 121046 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.94→1.99 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: IN-HOUSE MODEL

解像度: 1.94→32.836 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 6.585 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21152	6084	5 %	RANDOM
R_work	0.1769	-	-	-
all	0.17866	114958	-	-
obs	0.17866	114958	98.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.845 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.78 Å²	-0.39 Å²	0 Å²
2-	-	-0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→32.836 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9620	0	393	931	10944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	10323
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6994
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.322	2.025	14009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.844	3	16892
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.105	5	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.165	23.202	481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.69	15	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.728	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11245
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.647	1.5	5955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.174	1.5	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.19	2	9577
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.79	3	4368
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.856	4.5	4432
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	972	medium positional	0.1	0.5
B	972	medium positional	0.29	0.5
C	972	medium positional	0.16	0.5
D	972	medium positional	0.15	0.5
E	972	medium positional	0.16	0.5
A	1264	loose positional	0.51	5
B	1264	loose positional	0.63	5
C	1264	loose positional	0.57	5
D	1264	loose positional	0.61	5
E	1264	loose positional	0.59	5
A	972	medium thermal	0.73	2
B	972	medium thermal	0.84	2
C	972	medium thermal	0.54	2
D	972	medium thermal	0.51	2
E	972	medium thermal	0.53	2
A	1264	loose thermal	0.74	10
B	1264	loose thermal	0.7	10
C	1264	loose thermal	0.62	10
D	1264	loose thermal	0.58	10
E	1264	loose thermal	0.56	10

LS精密化シェル

解像度: 1.942→1.992 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	483	-
R_work	0.284	8445	-
obs	-	-	99.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7975	-0.7095	-1.1391	1.0824	0.8476	1.2668	-0.07	0.1093	-0.0325	-0.1086	-0.0269	0.105	-0.035	-0.1682	0.0969	0.0537	0.0364	0.0118	0.1354	-0.0064	0.1543	-13.311	53.771	2.722
2	1.7082	-0.1467	-0.5535	1.1993	-0.01	0.9084	-0.0055	-0.2763	0.1159	0.2602	-0.0015	0.0702	0.0308	-0.0184	0.007	0.0746	-0.057	0.04	0.2046	-0.1055	0.1122	20.301	53.48	34.344
3	1.7754	-0.373	-0.3737	0.8753	0.5056	1.8225	0.1232	-0.1655	0.4029	-0.0742	0.0324	-0.1013	-0.2593	-0.0625	-0.1555	0.069	-0.0107	0.0798	0.0586	-0.0637	0.2387	7.625	69.053	14.146
4	1.8768	0.1376	-0.6085	1.897	1.0682	1.7082	0.0763	-0.3596	-0.0695	0.4357	-0.1088	0.1288	0.3643	0.012	0.0326	0.223	-0.0799	0.1312	0.1872	0.0082	0.1636	6.686	28.771	35.251
5	1.2047	-0.1444	-0.655	1.3728	-0.7343	2.4606	0.1126	0.0489	-0.0682	0.1512	0.1577	0.4016	-0.063	-0.3311	-0.2702	0.1087	-0.0433	0.1542	0.1202	0.012	0.3834	-13.617	28.883	15.696

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 238
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 238
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 238
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 238
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	0 - 238

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