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- PDB-3nn1: Structure of chlorite dismutase from Candidatus Nitrospira defluv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nn1
タイトルStructure of chlorite dismutase from Candidatus Nitrospira defluvii in complex with imidazole
要素Chlorite dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ferredoxin like fold / chlorite dismutation / periplasmatic
機能・相同性
機能・相同性情報


chlorite O2-lyase / chlorite O2-lyase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IMIDAZOLE / PHOSPHATE ION / Chlorite dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Nitrospira defluvii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kostan, J. / Sjoeblom, B. / Maixner, F. / Mlynek, G. / Furtmueller, P.G. / Obinger, C. / Wagner, M. / Daims, H. / Djinovic-Carugo, K.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and functional characterisation of the chlorite dismutase from the nitrite-oxidizing bacterium "Candidatus Nitrospira defluvii": Identification of a catalytically important amino acid residue
著者: Kostan, J. / Sjoeblom, B. / Maixner, F. / Mlynek, G. / Furtmueller, P.G. / Obinger, C. / Wagner, M. / Daims, H. / Djinovic-Carugo, K.
履歴
登録2010年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorite dismutase
B: Chlorite dismutase
C: Chlorite dismutase
D: Chlorite dismutase
E: Chlorite dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,80739
ポリマ－137,3965
非ポリマー5,41134
水16,448913
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14560 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area47870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.670, 145.670, 136.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-46-

GLN

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Chlorite dismutase


分子量: 27479.236 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Nitrospira defluvii (バクテリア)
プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3U4H7, chlorite O2-lyase

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非ポリマー , 5種, 947分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 913 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4M sodium/potassium phosphate, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月16日
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→126 Å / Num. all: 276446 / Num. obs: 268021 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN-HOUSE MODEL

解像度: 1.85→47.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.675 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20988 7117 5 %RANDOM
Rwork0.17998 ---
all0.18148 134596 --
obs0.18148 134596 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å2-0.19 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→47.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9595 0 351 913 10859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02110329
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3992.02214030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.187316982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8951208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.04723.072485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.412151740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3271581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7211.55975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1181.52446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25529619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98634354
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0234.54411
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 535 -
Rwork0.216 9891 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8365-0.7311-1.10790.97760.8031.1095-0.08190.0996-0.0355-0.0684-0.01520.1182-0.0046-0.16690.09710.03580.01820.00990.1212-0.01060.1274-13.18153.7522.617
21.3746-0.1707-0.53591.1630.0050.986-0.0221-0.25250.11570.23870.01820.11060.0262-0.03250.00390.0564-0.02560.04090.1464-0.08580.090720.37953.49634.339
31.4583-0.3591-0.47170.64810.42451.51610.1116-0.12070.3167-0.0640.022-0.0858-0.209-0.0631-0.13350.042-0.0020.06530.0223-0.04250.18947.67368.82514.083
41.63140.0605-0.5121.47860.84091.36030.0305-0.2667-0.07730.3938-0.07930.15990.3469-0.02520.04880.1996-0.04750.11640.08120.00760.13916.86928.82535.154
51.0076-0.2408-0.64081.3591-0.5652.32850.09290.0204-0.05330.16570.16550.4491-0.0739-0.3274-0.25840.0915-0.01890.15220.07370.00310.3324-13.55429.01815.913
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 238
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 238
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 238
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 238
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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