PDB-3nl3: The Crystal Structure of Candida glabrata THI6, a Bifunctional En...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nl3

タイトル

The Crystal Structure of Candida glabrata THI6, a Bifunctional Enzyme involved in Thiamin Biosyhthesis of Eukaryotes

要素

Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme

キーワード

TRANSFERASE / THI6 / Bifunctional Enzyme / Thiamin Biosynthesis / Eukaryoyes

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxyethylthiazole kinase activity / thiamine-phosphate diphosphorylase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida glabrata (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 3.007 Å

データ登録者

Paul, D. / Chatterjee, A. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Domain Organization in Candida glabrata THI6, a Bifunctional Enzyme Required for Thiamin Biosynthesis in Eukaryotes .
著者: Paul, D. / Chatterjee, A. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2010年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年5月29日	Group: Other
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nl3.cif.gz	561.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nl3.ent.gz	462.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nl3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/3nl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/3nl3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nl2C 3nl5C 3nl6C 3nm1C 3nm3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nm3-d 3nl2-d 3nl5-1 3nl6-1 3nm1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme

B: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme

C: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme

D: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme

E: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme

F: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme

ヘテロ分子

351 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.543, 154.292, 148.627
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.55, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 2:38 or resseq 42:45 or resseq...
2	1	1	chain B and (resseq 2:38 or resseq 42:45 or resseq...
3	1	1	chain C and (resseq 2:38 or resseq 42:45 or resseq...
4	1	1	chain D and (resseq 2:38 or resseq 42:45 or resseq...
5	1	1	chain E and (resseq 2:38 or resseq 42:45 or resseq...
6	1	1	chain F and (resseq 2:38 or resseq 42:45 or resseq...

#1: タンパク質	Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme 分子量: 58126.605 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0E05808g, THI6 / プラスミド: THT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star(DE3) 参照: UniProt: Q6FV03, thiamine phosphate synthase, hydroxyethylthiazole kinase
#2: 化合物	ChemComp-TPS / THIAMIN PHOSPHATE / チアミンホスファ-ト分子量: 345.334 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₈N₄O₄PS
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.34 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG400, 200 mM MgCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→48 Å / Num. obs: 84611

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 3.007→48 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.82 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2418	4210	4.99 %
R_work	0.2125	-	-
obs	0.214	84448	92.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 27.34 Å² / k_sol: 0.304 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.5766 Å²	-0 Å²	14.4955 Å²
2-	-	-10.9624 Å²	0 Å²
3-	-	-	-24.819 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.007→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22636	0	144	0	22780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	23172
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.112	31457
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.669	8337
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	3743
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4030

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3631	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3631	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	3	C	3628	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	4	D	3639	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	5	E	3622	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	6	F	3631	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0073-3.0414	0.3389	50	0.3168	1301	X-RAY DIFFRACTION	45
3.0414-3.0772	0.3876	86	0.2994	1732	X-RAY DIFFRACTION	59
3.0772-3.1147	0.3158	102	0.2967	1879	X-RAY DIFFRACTION	66
3.1147-3.1542	0.3368	110	0.2989	2096	X-RAY DIFFRACTION	72
3.1542-3.1957	0.3267	102	0.2772	2250	X-RAY DIFFRACTION	78
3.1957-3.2394	0.3481	115	0.2829	2425	X-RAY DIFFRACTION	83
3.2394-3.2857	0.3062	142	0.2749	2540	X-RAY DIFFRACTION	89
3.2857-3.3347	0.2702	140	0.2712	2622	X-RAY DIFFRACTION	92
3.3347-3.3868	0.2841	141	0.2643	2799	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3868-3.4423	0.2587	156	0.2542	2811	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4423-3.5017	0.263	151	0.2455	2855	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5017-3.5653	0.3004	141	0.2207	2857	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5653-3.6339	0.2586	140	0.2167	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6339-3.708	0.2664	153	0.2069	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
3.708-3.7886	0.2426	147	0.2097	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7886-3.8767	0.1953	156	0.2021	2897	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8767-3.9736	0.23	153	0.1978	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9736-4.081	0.2253	159	0.1964	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
4.081-4.201	0.2165	165	0.1819	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
4.201-4.3365	0.201	139	0.1655	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3365-4.4914	0.2099	130	0.162	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4914-4.6711	0.1853	184	0.1537	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6711-4.8835	0.1782	160	0.1643	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8835-5.1407	0.2275	152	0.1685	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1407-5.4624	0.2059	144	0.1772	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4624-5.8835	0.2552	168	0.1797	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8835-6.4743	0.2049	165	0.1887	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4743-7.4083	0.2118	158	0.187	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4083-9.3227	0.1679	149	0.1633	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
9.3227-48.365	0.2431	152	0.2301	2873	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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