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- PDB-3nix: Crystal structure of flavoprotein/dehydrogenase from Cytophaga hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nix
タイトルCrystal structure of flavoprotein/dehydrogenase from Cytophaga hutchinsonii. Northeast Structural Genomics Consortium Target ChR43.
要素Flavoprotein/dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / dehydrogenase / Structural Genomics / PSI-2 / NESG / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


: / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Flavoprotein/dehydrogenase / Flavoprotein/dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cytophaga hutchinsonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of flavoprotein/dehydrogenase from Cytophaga hutchinsonii.
著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavoprotein/dehydrogenase
B: Flavoprotein/dehydrogenase
C: Flavoprotein/dehydrogenase
D: Flavoprotein/dehydrogenase
E: Flavoprotein/dehydrogenase
F: Flavoprotein/dehydrogenase
G: Flavoprotein/dehydrogenase
H: Flavoprotein/dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)389,76016
ポリマ－383,4768
非ポリマー6,2848
水16,448913
1
A: Flavoprotein/dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7202
ポリマ－47,9341
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Flavoprotein/dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7202
ポリマ－47,9341
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Flavoprotein/dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7202
ポリマ－47,9341
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Flavoprotein/dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7202
ポリマ－47,9341
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Flavoprotein/dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7202
ポリマ－47,9341
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Flavoprotein/dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7202
ポリマ－47,9341
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Flavoprotein/dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7202
ポリマ－47,9341
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Flavoprotein/dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7202
ポリマ－47,9341
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.224, 244.046, 100.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Flavoprotein/dehydrogenase


分子量: 47934.473 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii (バクテリア)
株: ATCC 33406/NCIMB 9469 / 遺伝子: CHU_2822, fixC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q11R94, UniProt: A0A6N4SUC0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 913 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 13% PEG 2000, 0.01M magnesium chloride, 0.005M FAD, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 245330 / Num. obs: 238952 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 24588 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
Web-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
PHENIX位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換, 単波長異常分散
開始モデル: 3I3L

3i3l


解像度: 2.6→29.331 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 11867 5.03 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.238 235949 96.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.848 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.8782 Å20 Å21.9981 Å2
2---2.8767 Å2-0 Å2
3----3.0016 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.331 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25515 0 424 913 26852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.377
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0144-0.0318-0.07290.25860.05150.2747-0.06150.0149-0.00090.0052-0.00830.04290.0130.01070.0423-0.0003-0.0008-0.01190.04990.01040.040155.7817115.47627.8487
20.07230.1357-0.02680.6273-0.06190.52070.01070.015-0.01320.0755-0.1061-0.0248-0.060.00640.06970.059-0.0364-0.02160.05490.02420.033544.2392117.587255.1977
30.05970.1005-0.00110.5995-0.02570.38340.0830.01420.0010.0753-0.1059-0.0051-0.03720.02110.01960.0588-0.065-0.00130.05610.00780.0386.8842121.267555.1727
40.02940.11-0.05780.60390.10940.26720.03850.01050.03560.01950.00390.00730.0089-0.0147-0.02170.047-0.0170.00090.08870.02670.110132.3477174.24321.6866
50.0086-0.050.04040.24020.00610.2371-0.05550.00460.0087-0.0161-0.0153-0.07680.0172-0.09750.04730.0802-0.04130.01790.112-0.01590.135662.7846179.847151.1539
60.009-0.0083-0.04870.2109-0.03440.2653-0.0195-0.00330.00570.02210.0030.02310.01790.01040.01320.0528-0.04410.00410.05890.00680.052998.4902119.26927.7963
70.0555-0.1464-0.07940.37830.06960.65050.01380.01610.0332-0.01830.0536-0.05050.034-0.0976-0.0520.0755-0.0526-0.01630.08040.04020.0921106.0898176.052451.3497
80.08370.1055-0.07540.50130.05820.1715-0.02010.0285-0.00490.0388-0.03120.04090.0131-0.04960.04050.0677-0.03340.00610.0815-0.02150.099175.4271177.7511.3401
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA4 - 414
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB7 - 411
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC4 - 412
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD5 - 412
5X-RAY DIFFRACTION5chain FF6 - 412
6X-RAY DIFFRACTION6chain EE3 - 413
7X-RAY DIFFRACTION7chain GG3 - 413
8X-RAY DIFFRACTION8chain HH5 - 412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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