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- PDB-3ni7: Crystal structure of the TetR transcriptional regulator from Nitr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ni7
タイトルCrystal structure of the TetR transcriptional regulator from Nitrosomonas europaea ATCC 19718
要素Bacterial regulatory proteins, TetR family
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / TetR / transcriptional regulator / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


COQ9 / COQ9 / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial regulatory proteins, TetR family
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosomonas europaea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Knapik, A. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the TetR transcriptional regulator from Nitrosomonas europaea ATCC 19718
著者: Knapik, A. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W.
履歴
登録2010年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年6月20日Group: Database references
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterial regulatory proteins, TetR family
B: Bacterial regulatory proteins, TetR family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2062
ポリマ－51,2062
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.222, 75.378, 98.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A6 - 190
2111B6 - 190

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要素

#1: タンパク質 Bacterial regulatory proteins, TetR family


分子量: 25602.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea (バクテリア)
遺伝子: NE0300 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 GOLD MAGIC / 参照: UniProt: Q82XH4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 0.65M MGFORMATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月13日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979371
20.9791
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 12269 / Num. obs: 12269 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 69.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 19.797
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.708 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.708 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXD位相決定
RESOLVEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
BUCCANEERモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.78→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 55.82 / SU ML: 0.466 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.319 / ESU R Free: 0.382 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 590 4.8 %RANDOM
Rwork0.249 ---
all0.25 12316 --
obs0.25 12223 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2727 0 0 0 2727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0212787
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6371.9313781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.16934408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6275343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.4422.377122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.87315468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2191526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023073
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02613
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6831.51735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9031.5691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33422763
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.83431052
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3494.51018
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2187 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.240.05
tight thermal0.30.5
LS精密化 シェル解像度: 2.78→2.86 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 45 -
Rwork0.361 797 -
obs--94.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.05371.7979-3.015811.8113-1.7158.38180.40260.30880.07890.7215-0.18850.7955-0.56760.3664-0.21411.52280.0167-0.16870.2404-0.03030.518839.53843.64347.395
20.34070.13930.282111.33782.3946.2745-0.1447-0.0142-0.07490.0042-0.0520.4358-0.06670.0760.19681.4670.0435-0.2290.21930.01870.71340.03823.49533.522
37.66730.385-1.112714.12763.118311.1391-0.08120.6464-0.02240.7394-0.25440.65590.2708-0.33810.33571.52260.0301-0.09080.25050.00730.57488.918-0.00831.401
44.68082.9765-2.379212.6013-1.48342.59820.07030.123-0.05510.85490.0858-0.2017-0.1911-0.1052-0.15611.68990.0295-0.26790.23360.0080.626719.94920.64423.336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2A51 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3B6 - 50
4X-RAY DIFFRACTION4B51 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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