[日本語] English
万見
- PDB-3nhb: Nucleotide Binding Domain of Human ABCB6 (ADP bound structure) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nhb
タイトルNucleotide Binding Domain of Human ABCB6 (ADP bound structure)
要素ATP-binding cassette sub-family B member 6, mitochondrial
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC-transporter / ABCB6 / Nucleotide Binding Domain / heme biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective ABCB6 causes MCOPCB7 / cellular detoxification of cadmium ion / Mitochondrial ABC transporters / tetrapyrrole metabolic process / ABC-type heme transporter / porphyrin-containing compound metabolic process / tetrapyrrole binding / heme metabolic process / heme transport / porphyrin-containing compound biosynthetic process ...Defective ABCB6 causes MCOPCB7 / cellular detoxification of cadmium ion / Mitochondrial ABC transporters / tetrapyrrole metabolic process / ABC-type heme transporter / porphyrin-containing compound metabolic process / tetrapyrrole binding / heme metabolic process / heme transport / porphyrin-containing compound biosynthetic process / melanosome assembly / heme transmembrane transport / ABC-type heme transporter activity / melanosome membrane / multivesicular body membrane / endolysosome membrane / mitochondrial envelope / vacuolar membrane / skin development / efflux transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / brain development / transmembrane transport / early endosome membrane / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial outer membrane / endosome / lysosomal membrane / Golgi membrane / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial ABC-transporter, N-terminal five TM domain / Mitochondrial ABC-transporter N-terminal five TM region / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Mitochondrial ABC-transporter, N-terminal five TM domain / Mitochondrial ABC-transporter N-terminal five TM region / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BETA-MERCAPTOETHANOL / PHOSPHATE ION / ATP-binding cassette sub-family B member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Haffke, M. / Menzel, A. / Carius, Y. / Jahn, D. / Heinz, D.W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Structures of the nucleotide-binding domain of the human ABCB6 transporter and its complexes with nucleotides.
著者: Haffke, M. / Menzel, A. / Carius, Y. / Jahn, D. / Heinz, D.W.
履歴
登録2010年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-binding cassette sub-family B member 6, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0884
ポリマ－33,4881
非ポリマー6003
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.180, 70.810, 70.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 ATP-binding cassette sub-family B member 6, mitochondrial / Mitochondrial ABC transporter 3 / Mt-ABC transporter 3 / Ubiquitously-expressed mammalian ABC half ...Mitochondrial ABC transporter 3 / Mt-ABC transporter 3 / Ubiquitously-expressed mammalian ABC half transporter / P-glycoprotein-related protein


分子量: 33487.766 Da / 分子数: 1 / 断片: Nucleotide Binding Domain (UNP residues 558-842) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCB6, MTABC3, PRP, UMAT / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner (DE3) / 参照: UniProt: Q9NP58
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 40% (v/v) PEG400, 3mM ADP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月28日
放射モノクロメーター: Osmic VariMax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→24.5 Å / Num. all: 15885 / Num. obs: 15793 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 28.567 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 12.33
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. measured obs: 5773 / Num. unique all: 1154 / Num. unique obs: 1145 / % possible all: 99.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.27 Å24.49 Å
Translation2.27 Å24.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3NH6

3nh6


解像度: 2.15→24.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / WRfactor Rfree: 0.207 / WRfactor Rwork: 0.152 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.84 / SU B: 11.352 / SU ML: 0.141 / SU R Cruickshank DPI: 0.252 / SU Rfree: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 790 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.184 15792 100 %-
all-15885 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.7 Å2 / Biso mean: 25.208 Å2 / Biso min: 4.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→24.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2114 0 36 142 2292
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7521.9743002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0115287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.08323.93999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.84115375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8151519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8351.51394
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48422237
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7493818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2484.5761
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.205 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 57 -
Rwork0.223 1079 -
all-1136 -
obs-1140 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.85123.5724-1.062512.70753.09072.47140.1382-0.4229-0.31380.6698-0.2504-0.28360.133-0.04810.11220.0551-0.0056-0.050.1515-0.06140.0602-14.522651.6312-28.6577
22.25120.5594-0.64152.83910.00444.349-0.0080.25560.1602-0.20510.048-0.002-0.2698-0.0756-0.040.03870.0022-0.01490.02510.02860.04950.294728.1258-14.6983
310.3972-0.96730.08836.61851.09516.24360.05410.24040.0376-0.3812-0.29040.6125-0.3905-0.76980.23630.12830.0504-0.0540.1379-0.08520.102-18.1869.3424-25.0398
42.26080.2683-0.13970.887-0.30572.1625-0.0512-0.2272-0.30750.01840.02740.06720.2211-0.05920.02380.05940.01310.00720.05160.03590.0904-5.139815.3323-2.522
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A550 - 574
2X-RAY DIFFRACTION2A575 - 672
3X-RAY DIFFRACTION3A673 - 742
4X-RAY DIFFRACTION4A743 - 828

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る