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- PDB-3nfy: The Structure of Human Bisphosphoglycerate Mutase to 1.94A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nfy
タイトルThe Structure of Human Bisphosphoglycerate Mutase to 1.94A
要素Bisphosphoglycerate mutase
キーワードISOMERASE / homodimer / synthase / phosphatase / mutase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate derivative catabolic process / bisphosphoglycerate mutase / bisphosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / neuroinflammatory response / establishment of blood-brain barrier / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Glycolysis / defense response to protozoan ...carbohydrate derivative catabolic process / bisphosphoglycerate mutase / bisphosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / neuroinflammatory response / establishment of blood-brain barrier / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Glycolysis / defense response to protozoan / oxygen transport / erythrocyte development / glycolytic process / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase 1 / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bisphosphoglycerate mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Patterson, A.F. / Price, N.C. / Nairn, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Unliganded structure of human bisphosphoglycerate mutase reveals side-chain movements induced by ligand binding.
著者: Patterson, A. / Price, N.C. / Nairn, J.
履歴
登録2010年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bisphosphoglycerate mutase
B: Bisphosphoglycerate mutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2372
ポリマ－62,2372
非ポリマー00
水18,2851015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Bisphosphoglycerate mutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1181
ポリマ－31,1181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Bisphosphoglycerate mutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1181
ポリマ－31,1181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.472, 61.345, 122.696
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Bisphosphoglycerate mutase / BPGM / 2 / 3-bisphosphoglycerate mutase / erythrocyte / 2 / 3-bisphosphoglycerate synthase / BPG- ...BPGM / 2 / 3-bisphosphoglycerate mutase / erythrocyte / 2 / 3-bisphosphoglycerate synthase / BPG-dependent PGAM


分子量: 31118.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: erythrocyte specific / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BPGM / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: P07738, bisphosphoglycerate mutase, EC: 5.4.2.1, EC: 3.1.3.13
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1015 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.85 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 6K, 100mM Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.4 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月3日
放射モノクロメーター: Si (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→122.169 Å / Num. all: 40132 / Num. obs: 40132 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0.047 / Observed criterion σ(I): 0.047 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.94-2.043.40.28121770452210.28184.9
2.04-2.173.60.2181.51933554280.21894
2.17-2.323.60.1471.91856852150.14795.4
2.32-2.53.60.1066.21772448980.10696.3
2.5-2.743.70.0815.51666345360.08196.6
2.74-3.073.80.0639.71570241550.06398
3.07-3.543.80.0549.81404036740.05498
3.54-4.343.80.04610.91200931550.04698.8
4.34-6.133.80.04212.4938424720.04299.4
6.13-54.833.60.03216.5501613780.03298.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.17データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T8P.pdb

1t8p


解像度: 1.94→54.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / WRfactor Rfree: 0.293 / WRfactor Rwork: 0.189 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.798 / SU B: 4.706 / SU ML: 0.139 / SU R Cruickshank DPI: 0.191 / SU Rfree: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 2001 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.182 42295 --
obs0.183 40076 94.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 500 Å2 / Biso mean: 32.698 Å2 / Biso min: 10.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20.1 Å2
2--1.82 Å20 Å2
3----1.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→54.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4074 0 0 1015 5089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0224166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8821.9585646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5545496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.20924.128218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.18415746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6231536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1861.52484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9224012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.08531682
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5834.51634
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 125 -
Rwork0.222 2279 -
all-2404 -
obs--77.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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