PDB-3nez: mRojoA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nez

タイトル

mRojoA

要素

mRojoA

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / RFPs / mCherry / pi-stacking

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Discosoma Sp. (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Mayo, S.L. / Chica, R.A. / Moore, M.M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Generation of longer emission wavelength red fluorescent proteins using computationally designed libraries.
著者: Chica, R.A. / Moore, M.M. / Allen, B.D. / Mayo, S.L.

履歴

登録	2010年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年1月8日	Group: Database references
改定 1.3	2015年3月4日	Group: Derived calculations
改定 1.4	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.6	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nez.cif.gz	380.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nez.ent.gz	313 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3nez_validation.pdf.gz	463.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nez_full_validation.pdf.gz	491.3 KB	表示
XML形式データ	3nez_validation.xml.gz	41.9 KB	表示
CIF形式データ	3nez_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3nez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3nez	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nedC 2h5qS 3neb PDB 未公開エントリ 3nf0 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kcs-d 5h87-1 6myc-7 4zin-3 2h5q-d 7dmx-4 7dna-5 5h89-4 3ir8-1 5h87-3 4tza-3 3zul-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: mRojoA

B: mRojoA

C: mRojoA

D: mRojoA

111 kDa, 4 ポリマー
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1

A: mRojoA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: mRojoA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: mRojoA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: mRojoA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.240, 97.410, 84.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	mRojoA 分子量: 27703.131 Da / 分子数: 4 / 変異: V16T, R125H, Q163L, V195A, I197Y, A217C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Discosoma Sp. (イソギンチャク) プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: D1MPT3*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS SEQUENCE WAS BASED ON THE PAMCHERRY1 PROTEIN (UNP REFERENCE D1MPT3). RESIDUES MET 64, TYR 65, ...THIS SEQUENCE WAS BASED ON THE PAMCHERRY1 PROTEIN (UNP REFERENCE D1MPT3). RESIDUES MET 64, TYR 65, AND GLY 68 CIRCULARIZED INTO ONE CHROMOPHORE. BOTH THE TRANS-PEPTIDE AND CIS-PEPTIDE FORMS ARE PRESENT AS LIGANDS NRQ AND CH6 AND REPRESENTED AS ALTERNATE CONFORMATIONS A AND B RESPECTFULLY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 6.5 詳細: 200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, and 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月5日
放射	モノクロメーター: SYNCHROTRON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→38 Å / Num. obs: 102737 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0088	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H5Q

2h5q

解像度: 1.7→30.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 5.058 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	5129	5 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.184	97602	95.2 %	-
all	-	234983	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7032	0	0	489	7521

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.021	7045
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6034
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.017	1.967	9523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.972	3	14131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.714	5	883
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.131	24.902	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.824	15	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.135	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	7950
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.183	1.5	4300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.408	1.5	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.942	2	6886
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.09	3	2745
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.781	4.5	2613
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	369	-
R_work	0.303	7309	-
obs	-	-	96.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1394	0.8473	-1.8369	0.5158	-1.2647	4.0232	-0.0859	-0.2952	0.2422	0.1103	-0.019	-0.121	-0.0592	0.2474	0.1049	0.1235	0.0343	-0.0768	0.109	-0.0775	0.1693	-8.3586	4.1395	-0.9278
2	5.1885	2.2295	1.3601	3.4379	1.008	0.5999	0.0299	-0.6506	0.0623	0.2115	-0.1872	0.2001	0.0881	-0.1494	0.1574	0.2276	0.0208	0.028	0.1905	-0.0203	0.1481	-28.6766	-11.5713	2.7808
3	9.8199	4.5118	-4.5563	2.1876	-2.2877	3.7569	0.2241	-0.5493	0.0802	0.232	-0.1783	-0.0066	-0.1533	0.2238	-0.0458	0.1881	0.0669	-0.0234	0.1406	-0.0255	0.1525	-13.2607	-5.1404	1.8587
4	2.1267	0.7471	0.2403	1.9393	-0.666	0.5377	-0.0057	-0.0352	0.0655	0.1019	-0.071	-0.0998	-0.0474	0.1906	0.0767	0.1547	0.0305	-0.045	0.184	-0.0346	0.1571	-7.4328	-3.3431	-5.2119
5	1.8791	0.6601	-0.0249	0.999	-0.0054	1.6432	-0.0477	-0.1533	-0.1053	0.1812	0.0171	-0.1014	0.1935	0.0293	0.0306	0.1569	0.0546	-0.0161	0.1109	-0.0357	0.124	-20.7963	-13.5605	-0.6023
6	2.5232	-0.7648	-0.3212	0.7622	0.0797	2.6045	-0.0417	0.2099	0.2906	-0.0105	0.0014	-0.1515	-0.2173	0.236	0.0402	0.0987	-0.005	-0.0492	0.1403	0.0035	0.161	-12.031	7.6308	-13.8449
7	6.4416	6.298	1.7374	11.1151	3.007	3.4527	-0.0404	-0.2496	0.3648	0.1242	-0.0825	0.1102	-0.2479	-0.0884	0.1229	0.1491	0.0182	-0.0074	0.1334	-0.0036	0.1225	-22.4363	6.0563	-6.5131
8	1.0373	0.5557	0.2281	3.9387	0.4031	0.8645	0.0226	0.1558	-0.1555	0.1079	-0.0227	-0.0451	0.1046	-0.0548	0.0001	0.1185	0.0153	0.0128	0.1159	-0.0526	0.1244	-29.5337	-10.7797	-11.2892
9	15.2677	8.0301	6.391	6.0551	3.6997	2.8685	0.0312	-0.4505	0.4191	0.3187	-0.128	-0.0477	-0.0314	-0.061	0.0968	0.1905	-0.0058	-0.0105	0.1658	-0.028	0.1594	-17.8113	6.4092	-0.1155
10	2.7333	1.4329	0.089	2.3367	0.4177	0.6115	-0.0416	-0.1994	0.0336	0.1352	-0.0693	0.0422	0.0732	0.0133	0.1108	0.1404	0.0398	-0.0133	0.1026	-0.0328	0.088	-24.2553	-6.1773	-2.3176
11	9.7775	-2.492	-0.9844	4.7065	-0.4336	3.701	-0.0792	-0.284	-0.6222	0.2571	-0.0206	0.1347	0.4804	-0.0458	0.0998	0.1818	0.0246	0.0101	0.0974	-0.0257	0.1717	-25.9464	-24.3204	-6.4303
12	5.0774	1.2096	-2.1558	2.3094	-1.7764	5.0076	-0.1135	0.2385	-0.2519	0.0824	0.0179	-0.3272	0.2615	0.0102	0.0956	0.145	0.0358	-0.0146	0.129	-0.0903	0.1441	-16.3093	-17.9329	-13.0859
13	0.7033	-0.7759	0.0255	6.1213	0.9623	2.876	-0.0486	0.1739	0.0258	0.0636	-0.0914	0.1456	-0.1531	-0.1585	0.1401	0.1066	0.0225	-0.0148	0.1614	0.0007	0.1462	-22.9126	3.2413	-19.9717
14	2.9349	-4.291	2.0072	28.265	-3.1655	2.0282	0.2636	0.3354	-0.1804	-0.7308	-0.2738	0.0049	0.1818	0.0282	0.0101	0.1151	0.0035	0.0282	0.164	-0.0182	0.1149	-22.299	-9.2333	-19.1693
15	2.7413	-1.9767	-0.8129	7.7536	-0.2822	3.2651	-0.1069	-0.1767	-0.0074	0.1538	0.0247	-0.2073	0.1118	0.1128	0.0822	0.1282	0.0241	-0.0017	0.1005	-0.0911	0.1567	-20.3413	-22.6057	-15.5942
16	1.0903	0.6898	0.3537	16.4149	1.8142	0.9323	-0.0543	0.2459	-0.0724	-0.4306	0.0251	0.1594	-0.0484	0.0109	0.0293	0.1021	0.0074	0.015	0.1214	-0.0093	0.0919	-25.7005	-3.9387	-15.5128
17	0.8589	0.2593	0.8844	2.1414	0.6591	4.2946	-0.0434	0.1781	0.2346	-0.0198	-0.1073	0.0082	-0.4737	-0.0948	0.1507	0.1182	0.0177	-0.0482	0.1091	0.0198	0.1528	-18.9053	9.8236	-16.3509
18	1.7026	-2.1096	2.7646	9.5261	-12.0843	17.3433	-0.0774	0.0705	-0.0024	-0.0393	0.0333	-0.0055	0.0833	0.0487	0.0442	0.1208	0.0023	-0.0129	0.1356	-0.0334	0.1516	-10.7878	-11.0033	-11.2617
19	5.7826	0.574	-4.3688	5.823	-4.589	9.8199	-0.3276	-0.4357	-0.5731	0.0536	-0.0706	-0.2477	0.4073	0.4957	0.3982	0.1434	0.0888	-0.0388	0.149	0.0205	0.1568	-11.9451	-16.0671	0.1362
20	3.2996	-3.3348	5.5029	7.1481	-10.159	18.2582	0.0613	0.3515	0.0884	-0.2346	-0.0827	-0.0434	0.2832	0.2864	0.0214	0.1293	-0.0035	-0.0115	0.1552	-0.0188	0.1614	-9.8917	-1.5691	-19.8706
21	3.7024	0.9892	-0.8003	5.2492	3.0615	2.3476	0.1035	-0.7541	-0.4441	0.4221	-0.2897	-0.0077	0.2763	0.0441	0.1861	0.2161	-0.0419	0.0268	0.3397	0.0679	0.122	-56.3678	-10.4668	16.1945
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67	2.2074	0.4707	1.5229	2.0605	1.7151	4.3507	0.0623	0.0644	0.0016	-0.1473	-0.182	-0.0034	0.2647	0.22	0.1197	0.1517	0.0384	0.0473	0.1067	0.0463	0.1306	-26.8997	10.6803	-53.5686
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75	1.2268	0.1733	-1.7818	0.8055	1.5808	12.6798	0.0281	0.0612	0.1491	-0.0294	-0.0595	-0.0349	-0.2196	-0.0717	0.0314	0.1249	-0.0091	-0.0018	0.1413	0.0366	0.1873	-27.2972	24.4617	-55.9668
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77	2.2008	0.2918	0.0538	2.5378	-1.6125	2.7476	-0.1484	-0.3453	0.4158	0.2805	0.0427	-0.0982	-0.3556	-0.0099	0.1057	0.124	0.0091	-0.0526	0.0943	-0.0712	0.2138	-25.809	25.4972	-33.0275
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79	8.5885	5.1111	2.7205	7.0527	3.4735	8.3526	-0.1533	0.7037	-0.3359	-0.2869	0.1483	-0.5843	0.5374	0.8739	0.005	0.2325	0.1371	0.115	0.2281	0.0602	0.1461	-19.014	5.7393	-56.1934
80	2.14	-5.8035	-3.5889	19.7421	11.393	6.8161	0.0589	-0.1713	0.3752	-0.2613	0.2241	-0.4388	-0.2031	0.3151	-0.2829	0.2204	-0.0359	-0.0214	0.2321	0.0323	0.2904	-15.5015	26.1476	-43.9213

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 26
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	27 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	37 - 47
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	48 - 69
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	70 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	89 - 94
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	95 - 107
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	108 - 115
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	116 - 131
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	132 - 139
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	140 - 145
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	146 - 158
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	159 - 164
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	165 - 173
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	174 - 181
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	182 - 195
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	196 - 203
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	204 - 214
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	215 - 222
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	6 - 12
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	13 - 24
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	25 - 35
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25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	44 - 54
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	55 - 72
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28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	85 - 96
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46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	72 - 86
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	87 - 94
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	95 - 107
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	108 - 114
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	115 - 126
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	127 - 136
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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