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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3neh
タイトルCrystal structure of the protein LMO2462 from Listeria monocytogenes complexed with ZN and phosphonate mimic of dipeptide L-Leu-D-Ala
要素Renal dipeptidase family protein
キーワードLYASE / Structural genomics / NYSGRC / dipeptide L-Leu-D-Ala / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性Metal-dependent hydrolases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / Chem-L3A / :
機能・相同性情報
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.642 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Cummings, J. / Raushel, F.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the protein LMO2462 from Listeria monocytogenes complexed with ZN and phosphonate mimic of dipeptide L-Leu-D-Ala
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Cummings, J. / Raushel, F.M. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Renal dipeptidase family protein
B: Renal dipeptidase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0088
ポリマ－72,2722
非ポリマー7366
水6,377354
1
A: Renal dipeptidase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5044
ポリマ－36,1361
非ポリマー3683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Renal dipeptidase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5044
ポリマ－36,1361
非ポリマー3683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.834, 79.453, 152.014
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Renal dipeptidase family protein


分子量: 36136.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: 4b F2365 / 遺伝子: LMOf2365_2435 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71WW4, protoporphyrin ferrochelatase
#2: 化合物 ChemComp-L3A / (2R)-3-[(R)-[(1R)-1-amino-3-methylbutyl](hydroxy)phosphoryl]-2-methylpropanoic acid / L-LEU-D-ALA PHOSPHINATE PSEUDODIPEPTIDE


タイプ: peptide-like / 分子量: 237.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20NO4P
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月4日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.642→39.727 Å / Num. all: 75524 / Num. obs: 75524 / % possible obs: 93.95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.094

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LU2

3lu2


解像度: 1.642→39.727 Å / SU ML: 0.21 / SU R Cruickshank DPI: 0.9 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2193 3802 5.03 %
Rwork0.1967 --
all0.1979 75524 -
obs0.1979 75524 93.95 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.708 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータBiso min: 24.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7282 Å20 Å2-0 Å2
2--5.7448 Å2-0 Å2
3----3.0166 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.642→39.727 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4928 0 34 354 5316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0736854
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7081872
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074755
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004885
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6424-1.66320.3546490.33821130X-RAY DIFFRACTION40
1.6632-1.68510.3818750.32151611X-RAY DIFFRACTION57
1.6851-1.70810.362990.32791902X-RAY DIFFRACTION69
1.7081-1.73250.33171260.30222322X-RAY DIFFRACTION82
1.7325-1.75840.35771280.28592534X-RAY DIFFRACTION91
1.7584-1.78590.2921290.27452702X-RAY DIFFRACTION96
1.7859-1.81520.281390.25812787X-RAY DIFFRACTION100
1.8152-1.84650.2871330.23442811X-RAY DIFFRACTION100
1.8465-1.880.29021490.22112796X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.91620.24871480.21682801X-RAY DIFFRACTION100
1.9162-1.95530.25681490.20932780X-RAY DIFFRACTION100
1.9553-1.99780.23651490.20452851X-RAY DIFFRACTION100
1.9978-2.04430.24321630.19512778X-RAY DIFFRACTION100
2.0443-2.09540.20391500.18642800X-RAY DIFFRACTION100
2.0954-2.15210.22121530.18242813X-RAY DIFFRACTION100
2.1521-2.21540.19591660.1792780X-RAY DIFFRACTION100
2.2154-2.28690.21321400.18782815X-RAY DIFFRACTION100
2.2869-2.36860.23391550.18262796X-RAY DIFFRACTION100
2.3686-2.46340.20971230.18682891X-RAY DIFFRACTION100
2.4634-2.57550.21881750.18872809X-RAY DIFFRACTION100
2.5755-2.71130.21811530.19382814X-RAY DIFFRACTION100
2.7113-2.88110.24031530.21082832X-RAY DIFFRACTION100
2.8811-3.10350.24171690.20612862X-RAY DIFFRACTION100
3.1035-3.41560.20431510.20322845X-RAY DIFFRACTION100
3.4156-3.90950.20941630.17292883X-RAY DIFFRACTION100
3.9095-4.92410.17571580.15362921X-RAY DIFFRACTION100
4.9241-39.73810.18061570.19273056X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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