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万見
- PDB-3ndp: Crystal structure of human AK4(L171P) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ndp
タイトルCrystal structure of human AK4(L171P)
要素Adenylate kinase isoenzyme 4
キーワードTRANSFERASE / PARALLEL BETA-SHEET / ALPHA-HELICES
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside diphosphate biosynthetic process / nucleoside monophosphate kinase activity / nucleoside-triphosphate-adenylate kinase / nucleoside triphosphate adenylate kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / adenylate kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / nucleoside-diphosphate kinase ...ribonucleoside diphosphate biosynthetic process / nucleoside monophosphate kinase activity / nucleoside-triphosphate-adenylate kinase / nucleoside triphosphate adenylate kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / adenylate kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / nucleoside-diphosphate kinase / regulation of oxidative phosphorylation / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / GTP metabolic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP metabolic process / cellular response to hypoxia / mitochondrial matrix / GTP binding / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase 4, mitochondrial / Adenylate kinase 3/4, mitochondrial / Adenylate kinase, active site lid domain superfamily / Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase ...Adenylate kinase 4, mitochondrial / Adenylate kinase 3/4, mitochondrial / Adenylate kinase, active site lid domain superfamily / Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenylate kinase 4, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liu, R. / Wang, Y. / Wei, Z. / Gong, W.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of human adenylate kinase 4 (L171P) suggests the role of hinge region in protein domain motion
著者: Liu, R. / Xu, H. / Wei, Z. / Wang, Y. / Lin, Y. / Gong, W.
履歴
登録2010年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase isoenzyme 4
B: Adenylate kinase isoenzyme 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,48710
ポリマ－52,7182
非ポリマー7698
水5,080282
1
A: Adenylate kinase isoenzyme 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7435
ポリマ－26,3591
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Adenylate kinase isoenzyme 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7435
ポリマ－26,3591
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Adenylate kinase isoenzyme 4
B: Adenylate kinase isoenzyme 4
ヘテロ分子

A: Adenylate kinase isoenzyme 4
B: Adenylate kinase isoenzyme 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,97420
ポリマ－105,4374
非ポリマー1,53716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area6640 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area36710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.790, 77.790, 144.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Adenylate kinase isoenzyme 4 / Adenylate kinase 3-like / ATP-AMP transphosphorylase


分子量: 26359.139 Da / 分子数: 2 / 変異: L171P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AK4 / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27144, adenylate kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.22-1.28M (NH4)2SO4, 0.1M TRISHCL, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.95
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 20375 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.111
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Solved Model by SAD

解像度: 2.3→28.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2710518 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 1037 5.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 20311 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.87 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å20 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----1.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3290 0 40 282 3612
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.23
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.03
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.89
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.78
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 173 5.3 %
Rwork0.272 3090 -
obs--98.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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