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- PDB-3ndb: Crystal structure of a signal sequence bound to the signal recogn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ndb
タイトルCrystal structure of a signal sequence bound to the signal recognition particle
要素
  • SRP RNA
  • Signal recognition 54 kDa protein
  • Signal recognition particle 19 kDa protein
キーワードSIGNALING PROTEIN/RNA / protein-RNA complex / signal recognition particle / signal sequence / ribonucleoprotein / SIGNALING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / molecular adaptor activity / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle, SRP19 subunit, archaeal-type / Signal recognition particle, SRP19-like subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP19 subunit / Signal recognition particle, subunit SRP19-like superfamily / SRP19 protein / SRP54, nucleotide-binding domain / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit ...Signal recognition particle, SRP19 subunit, archaeal-type / Signal recognition particle, SRP19-like subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP19 subunit / Signal recognition particle, subunit SRP19-like superfamily / SRP19 protein / SRP54, nucleotide-binding domain / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Signal recognition particle 54 kDa protein / Signal recognition particle 19 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hainzl, T. / Huang, S. / Sauer-Eriksson, E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of signal-sequence recognition by the signal recognition particle.
著者: Hainzl, T. / Huang, S. / Merilainen, G. / Brannstrom, K. / Sauer-Eriksson, A.E.
履歴
登録2010年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年3月13日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / ndb_struct_conf_na ...atom_site / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 / _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.pair_name / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair.stretch / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal recognition particle 19 kDa protein
B: Signal recognition 54 kDa protein
M: SRP RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6314
ポリマ－104,5363
非ポリマー951
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area46730 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)108.835, 126.275, 201.758
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Signal recognition particle 19 kDa protein / SRP19


分子量: 10376.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ1034, srp19 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q58440
#2: タンパク質 Signal recognition 54 kDa protein / SRP54


分子量: 50014.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0101, srp54 / プラスミド: pNZ8048 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: Q57565
#3: RNA鎖 SRP RNA


分子量: 44145.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
参照: GenBank: L77117.1
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6
詳細: 30% MPD, 200 mM NH4PO4 (pH 5.6), EVAPORATION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月9日
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→63.8 Å / Num. obs: 27778 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 9.2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.091

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V3C

2v3c


解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 46.48 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.42 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26652 1385 5 %RANDOM
Rwork0.22799 ---
all0.23003 27778 --
obs0.23003 26284 98.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 99.513 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.78 Å20 Å20 Å2
2--7.16 Å20 Å2
3----4.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4000 2921 5 0 6926
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0682.49410517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4165504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.84925.29155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.24315890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.981524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6821.52521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32524061
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.46734799
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3924.56456
LS精密化 シェル解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 98 -
Rwork0.359 1835 -
obs--95.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1351-0.1091-1.19754.00230.68962.92890.1832-0.67520.6740.0353-0.0146-0.3703-0.60690.4249-0.16860.1955-0.0974-0.06480.2399-0.19930.4302-43.426936.5438-22.8187
21.9443-0.86750.23542.906-2.40365.185-0.0792-0.48190.12620.00680.23860.0198-0.1337-0.1114-0.15930.1712-0.03570.03550.1419-0.060.1846-40.0841-12.4073-25.2984
33.37641.90270.74041.9637-0.11751.3712-0.22470.3059-0.4289-0.17940.0607-0.97590.26040.30080.1640.2810.02750.13290.21040.0330.7768-14.527310.3111-40.9646
48.9857-6.2864-0.06877.51063.46764.3124-1.1596-0.312-1.64732.0024-0.19681.6541.76330.08431.35641.06810.26210.890.61460.76551.7547-38.541520.8479-129.8507
51.9410.96587.746116.5728-18.35463.10460.0184-0.315-0.0328-0.5755-0.7329-0.27531.6135-1.79340.71450.3953-0.37250.30471.391-0.29290.2396-37.901729.0636-111.5272
62.42941.5955-3.53351.1947-1.450412.5721-0.22270.3462-0.3439-0.23460.2935-0.32840.9191-0.5093-0.07080.5982-0.1680.06050.5758-0.10770.2439-32.63427.2343-91.0864
70.36884.3294-0.854251.0125-10.06262.0284-0.1016-0.0633-0.1516-2.6681-0.3775-1.71990.4692-0.18750.47910.8454-0.129-0.0832.2451-0.18250.1256-40.845926.7629-77.2297
81.94840.95021.15271.04212.9912.8783-0.09750.71220.23540.00910.2732-0.0860.28210.3187-0.17570.3518-0.09740.10120.33960.15990.2744-31.364723.8559-64.7906
92.98390.1086-1.45640.21290.43891.93510.08480.83720.16360.0663-0.0745-0.00410.0172-0.7208-0.01030.32450.02850.01760.35-0.01720.2898-52.174129.5736-49.8185
103.549-0.2428-2.20751.21810.20622.1238-0.1901-0.1280.0271-0.07840.087-0.13010.2963-0.07320.10310.2475-0.0560.05330.05490.01770.3207-37.483617.5852-38.245
1153.0293-26.1425-30.015537.500924.291620.6525-1.6566-4.9778-1.76660.32031.3514-0.9540.74832.37580.30520.2160.07640.1160.87810.26610.3699-30.871730.927-128.4771
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 290
3X-RAY DIFFRACTION3B291 - 455
4X-RAY DIFFRACTION4M123 - 129
5X-RAY DIFFRACTION4M252 - 258
6X-RAY DIFFRACTION5M130 - 137
7X-RAY DIFFRACTION5M241 - 248
8X-RAY DIFFRACTION6M138 - 145
9X-RAY DIFFRACTION6M233 - 240
10X-RAY DIFFRACTION7M146 - 147
11X-RAY DIFFRACTION7M232
12X-RAY DIFFRACTION8M187 - 197
13X-RAY DIFFRACTION8M224 - 231
14X-RAY DIFFRACTION9M148 - 186
15X-RAY DIFFRACTION10M198 - 223
16X-RAY DIFFRACTION11M249 - 251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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