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- PDB-3ncm: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE, MODULE 2, NMR, 20 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ncm
タイトルNEURAL CELL ADHESION MOLECULE, MODULE 2, NMR, 20 STRUCTURES
要素PROTEIN (NEURAL CELL ADHESION MOLECULE, LARGE ISOFORM)
キーワードCELL ADHESION PROTEIN / CELL ADHESION / GLYCOPROTEIN / HEPARIN-BINDING / GPI-ANCHOR / NEURAL ADHESION MOLECULE / IMMUNOGLOBULIN FOLD / HOMOPHILIC BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of exocyst assembly / NCAM1 interactions / Signal transduction by L1 / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / NCAM signaling for neurite out-growth / homotypic cell-cell adhesion / RAF/MAP kinase cascade / commissural neuron axon guidance / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of calcium-mediated signaling ...regulation of exocyst assembly / NCAM1 interactions / Signal transduction by L1 / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / NCAM signaling for neurite out-growth / homotypic cell-cell adhesion / RAF/MAP kinase cascade / commissural neuron axon guidance / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of calcium-mediated signaling / calcium-mediated signaling / neuron projection development / cell-cell junction / myelin sheath / heparin binding / growth cone / cell surface receptor signaling pathway / axon / external side of plasma membrane / neuronal cell body / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neural cell adhesion molecule 1 / Neural cell adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Jensen, P.H. / Soroka, V. / Thomsen, N.K. / Berezin, V. / Bock, E. / Poulsen, F.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure and interactions of NCAM modules 1 and 2, basic elements in neural cell adhesion
著者: Jensen, P.H. / Soroka, V. / Thomsen, N.K. / Ralets, I. / Berezin, V. / Bock, E. / Poulsen, F.M.
履歴
登録1998年9月21日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NEURAL CELL ADHESION MOLECULE, LARGE ISOFORM)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5811
ポリマ－10,5811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (NEURAL CELL ADHESION MOLECULE, LARGE ISOFORM) / NCAM MODULE 2


分子量: 10581.343 Da / 分子数: 1 / 断片: MODULE 2 / 変異: K1Y, L2V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: ESCHERICHIA COLI STRAIN TOP 10 F' / プラスミド: PHIL-S1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): HIS 4 GS-115 / 参照: UniProt: P13594, UniProt: P13595*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131TOCSY
141NOESYHSQC
151TOCSYHSQC
161HSQC

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試料調製

詳細内容: 10% H2O/90% D2O
試料状態イオン強度: 70 mM / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.815BRUNGER精密化
UXNMR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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