PDB-3nb2: Crystal structure of E. coli O157:H7 effector protein NleL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nb2

タイトル

Crystal structure of E. coli O157:H7 effector protein NleL

要素

secreted effector protein

キーワード

LIGASE / secreted effector protein / pentapeptide / HECT domain / HECT E3 ubiquitin ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

HECT-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / host cell / protein ubiquitination / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lin, D.Y. / Chen, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Biochemical and Structural Studies of a HECT-like Ubiquitin Ligase from Escherichia coli O157:H7.
著者: Lin, D.Y. / Diao, J. / Zhou, D. / Chen, J.

履歴

登録	2010年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nb2.cif.gz	998.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nb2.ent.gz	831.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nb2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nb2_validation.pdf.gz	534.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nb2_full_validation.pdf.gz	589 KB	表示
XML形式データ	3nb2_validation.xml.gz	100.9 KB	表示
CIF形式データ	3nb2_validation.cif.gz	141.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/3nb2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/3nb2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nawSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3naw-1 1yx6-d 2ahx-1 3u9u-4 5eo7-d 2ahx-2 2fmo-d 4ofd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: secreted effector protein

B: secreted effector protein

C: secreted effector protein

D: secreted effector protein

ヘテロ分子

283 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: secreted effector protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: secreted effector protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
70.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: secreted effector protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: secreted effector protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
70.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.013, 124.203, 154.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.60, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	secreted effector protein 分子量: 69427.969 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 171-782 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: ECs1560, GI:13361024 / プラスミド: pMCSG20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q8X5G6, UniProt: A0A0H3JDV8*PLUS

#1: タンパク質

secreted effector protein

分子量: 69427.969 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 171-782 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: ECs1560, GI:13361024 / プラスミド: pMCSG20 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q8X5G6, UniProt: A0A0H3JDV8*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 1150分子

#2: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1098 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M Mes, 1.6M LiSO4, 16% Glyerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.07223 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月28日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07223 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 186206 / Num. obs: 185647 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / R_sym value: 0.547 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NAW

3naw

解像度: 2.1→44.738 Å / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: Anisotropic / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 24.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2314	9326	5.03 %
R_work	0.1836	-	-
obs	0.186	185585	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.199 Å² / k_sol: 0.344 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4398 Å²	-0 Å²	1.0757 Å²
2-	-	1.9649 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.5251 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.738 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19382	0	330	1098	20810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	20105
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.02	27176
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.884	7221
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	2922
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.121	0.3349	277	0.2683	5540	X-RAY DIFFRACTION	93
2.121-2.1459	0.2999	318	0.2453	5831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1459-2.1721	0.3077	305	0.2323	5873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1721-2.1996	0.2808	326	0.2272	5871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1996-2.2285	0.2874	304	0.2324	5877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2285-2.259	0.3078	320	0.2287	5905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.259-2.2913	0.2933	328	0.2126	5845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2913-2.3255	0.2487	306	0.2079	5867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3255-2.3619	0.2828	323	0.2128	5889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3619-2.4006	0.2671	314	0.2056	5962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4006-2.442	0.2735	307	0.1993	5833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.442-2.4864	0.3053	315	0.2104	5862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4864-2.5342	0.2662	303	0.2081	5916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5342-2.5859	0.2637	286	0.2035	5950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5859-2.6421	0.2809	312	0.2126	5888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6421-2.7036	0.2725	292	0.2088	5909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7036-2.7712	0.2844	341	0.2188	5868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7712-2.8461	0.2845	328	0.214	5887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8461-2.9298	0.2463	308	0.2072	5873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9298-3.0244	0.2466	324	0.1998	5888	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0244-3.1324	0.243	345	0.197	5850	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1324-3.2578	0.2596	319	0.1989	5919	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2578-3.406	0.2114	294	0.1852	5916	X-RAY DIFFRACTION	100
3.406-3.5855	0.2163	298	0.1704	5913	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5855-3.8101	0.1911	304	0.1585	5914	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8101-4.1041	0.1815	278	0.1468	5929	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1041-4.5167	0.1652	326	0.1274	5907	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5167-5.1695	0.1595	310	0.1341	5922	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1695-6.5098	0.2065	298	0.1672	5884	X-RAY DIFFRACTION	99
6.5098-44.7478	0.2171	317	0.1731	5771	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -42.3929 Å / Origin y: 33.0393 Å / Origin z: 36.0663 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1817 Å²	-0.0463 Å²	0.0031 Å²	-	0.1286 Å²	-0.0054 Å²	-	-	0.1336 Å²
L	0.5173 °²	-0.038 °²	-0.0297 °²	-	0.0615 °²	0.0087 °²	-	-	0.038 °²
S	0.0044 Å °	-0.0889 Å °	-0.0198 Å °	0.0053 Å °	-0.0021 Å °	0.0139 Å °	0.0168 Å °	0.0077 Å °	-0.004 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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