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- PDB-3nao: A DNA Crystal Designed to Contain Two Molecules per Asymmetric Un... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nao
タイトルA DNA Crystal Designed to Contain Two Molecules per Asymmetric Unit Cell
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
キーワードDNA / Nanotechnology / DNA Crossover / Designed Crystal Lattice
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.03 Å
データ登録者Wang, T. / Sha, R. / Birktoft, J.J. / Zheng, J. / Mao, M. / Seeman, N.C.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: A DNA crystal designed to contain two molecules per asymmetric unit.
著者: Wang, T. / Sha, R. / Birktoft, J. / Zheng, J. / Mao, C. / Seeman, N.C.
履歴
登録2010年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Experimental preparation
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*GP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*GP*CP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5968
ポリマ－25,5968
非ポリマー00
水00
1
A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*GP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*GP*CP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*T)-3')

A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*GP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*GP*CP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*T)-3')

A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*GP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*GP*CP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,78724
ポリマ－76,78724
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.345, 105.345, 183.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細THE CRYSTAL IS AN INFINITE NETWORK MADE FROM SIX DNA STRANDS THAT SELF-ASSOCIATE. IN THIS ASSEMBLY THE ASYMMETRIC UNIT IS COMPRISED OF 8 CHAINS, 6 OF WHICH ARE FRAGMENTS OF LONGER DNA STRANDS. APPLYING THE SPACE GROUP H3 SYMMETRY OPERATORS (X, Y, Z,), (-Y, X-Y, Z), AND (-X+Y,-X,Z) TO CHAINS A, B, C AND D THE CONTENTS OF 1/2 THE ASYMMETRIC UNIT GENERATES ONE TRIMERIC UNIT OF THE SELF-ASSOCIATED DNA NETWORK APPLYING THE SPACE GROUP H3 SYMMETRY OPERATORS (X, Y, Z,), (-Y, X-Y, Z), AND (-X+Y,-X,Z) TO CHAINS E, F, G, AND H OF THE CONTENTS REMARK 300 OF 1/2 THE ASYMMETRIC UNIT GENERATES ONE TRIMERIC UNIT OF THE SELF-REMARK 300 ASSOCIATED NETWORK ADDITIONAL DETAILS ABOUT THE CHEMICAL COMPOSITION AND ASSOCIATION ARE INCLUDED IN A SPEARATE SECTION

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要素

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DNA鎖 , 8種, 8分子 ABCDEFGH

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量: 6457.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量: 2082.400 Da / 分子数: 1
Fragment: SYMMETRICALLY- AND SEQUENTIALLY REPEATING UNIT OF CIRCULAR DNA MOLECULES, SEE REMARK 400 FOR DETAILS
由来タイプ: 合成
詳細: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 1825.216 Da / 分子数: 1
Fragment: LAST 6 RESIDUES OF A DNA MOLECULE USED IN EXPERIMENT, SEE REMARK 400 FOR DETAILS
由来タイプ: 合成
詳細: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量: 2432.614 Da / 分子数: 1
Fragment: FIRST 8 RESIDUES OF A DNA MOLECULE USED IN EXPERIMENT, SEE REMARK 400 FOR DETAILS
由来タイプ: 合成
詳細: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*GP*AP*C)-3')


分子量: 6433.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE
#6: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 2067.389 Da / 分子数: 1
Fragment: SYMMETRICALLY- AND SEQUENTIALLY REPEATING UNIT OF A CIRCULAR DNA MOLECULES, SEE REMARK 400 FOR DETAILS
由来タイプ: 合成
詳細: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE
#7: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 1889.265 Da / 分子数: 1
Fragment: LAST 6 RESIDUES OF A DNA MOLECULE USED IN EXPERIMENT, SEE REMARK 400 FOR DETAILS
由来タイプ: 合成
詳細: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE
#8: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*T)-3')


分子量: 2408.589 Da / 分子数: 1
Fragment: FIRST 8 RESIDUES OF A DNA MOLECULE USED IN EXPERIMENT, SEE REMARK 400 FOR DETAILS
由来タイプ: 合成
詳細: DNA STRANDS WERE SYNTHESIZED BY STANDARD PHOSPHORAMIDITE TECHNIQUES ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 394 DNA SYNTHESIZER USING TRITYL-ON MODE

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詳細

構成要素の詳細THE STRUCTURE IS COMPRISED OF TWO TRIANGLES ARRANGED IN A TANDEM MANNER. EACH TRIANGLE IS GENERATED ...THE STRUCTURE IS COMPRISED OF TWO TRIANGLES ARRANGED IN A TANDEM MANNER. EACH TRIANGLE IS GENERATED FROM THE STRUCTURE UNIT IS GENERATEDFROM 7 DNA STRANDS WHICH FORM A NETWORK UNIT WITH LOCAL INTERNAL 3-FOLD SYMMETRY. EXTENDING OF THE STRUCTURE UNIT IN 3-D SPACE RESULTS THE CRYSTAL AT R3 SPACE GROUP (REPRESENTED AS H3). (#1) 3 STRANDS 5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A) -3'); (#2) 1 STRAND 5'-d(*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A) -3' (#3) 3 STRANDS 5'-D(*CP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*C )-3' THE 1/2 OF THE ASYMMETRIC UNIT IS COMPRISED OF ONE FULL #1 STRAND (CHAIN A),7-RESIDUE REPEATING UNIT OF #2 STRAND (CHAIN B) AND TWO FRAGMENTS OF #3 STRAND (CHAINS C AND D). THE #2 STRAND SELF-ASSOICATES TO FORM A CIRCULAR DNA MOLECULE WITH INTERNAL 3-FOLD SYMMETRY. IT HAS 3 SYMMETRIC AND SEQUENTIAL REPEATING UNITS. CHAIN B IN THE ASYMMETRIC UNIT REPRESENTS ONE OF THESE REPEATING UNITS. CHAINS D (FIRST 8 RESIDUES OF STRAND #3) AND C (NEXT 6 RESIDUES OF STRAND #3) TOGETHER FORM THE THIRD DNA STRAND (#3) OF THE EXPERIMENT. THIS DNA STRAND SPANS TWO ASYMMETRIC UNITS - HENCE IT WAS DIVIDED INTO THE CURRENT CHAINS C AND D FOR CONVENIENT REPRESENTATION. CHAIN C (1_555) IS COVALENTLY LINKED TO CHAIN D OF ANOTHER ASYMMETRIC UNIT (3_555); AND CHAIN D (1_555) IS COVALENTLY LINKED TO CHAIN C OF ANOTHER ASYMMETRIC UNIT (2_555). THE SELECTION OF RESIDUES FROM THE DNA #2 AND #3 ARE DICTATED BY THEIR PROXIMITY (BASE PAIRING) TO CHAIN A. THE DNA SEQUENCES OF THE 7 STRANDS COMPRISING THE SECOND 1/2 OF THE ASYMMETRIC UNIT (TRIANGLE B) ARE: (#4) 3 STRANDS (5'-D(*AP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*GP*AP* AP*C)-3' (#5) 1 STRAND 5'-D(*TP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*TP* CP*TP*GP*T)-3' (#6) 3 STRANDS 5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3' THE ASYMMETRIC UNIT IS COMPRISED OF ONE FULL #4 STRAND (CHAIN E), 7-RESIDUE REPEATING UNIT OF #5 STRAND (CHAIN F) AND TWO FRAGMENTS OF #6 STRAND (CHAINS G AND H). THE #5 STRAND SELF-ASSOICATES TO FORM A CIRCULAR DNA MOLECULE WITH INTERNAL 3-FOLD SYMMETRY. IT HAS 3 SYMMETRIC AND SEQUENTIAL REPEATING UNITS. CHAIN F IN THE ASYMMETRIC UNIT REPRESENTS ONE OF THESE REPEATING UNITS. CHAINS H(FIRST 8 RESIDUES OF STRAND #6) AND G (NEXT 6 RESIDUES OF STRAND #6) TOGETHER FORM THE THIRD DNA STRAND (#6) OF THE EXPERIMENT. THIS DNA STRAND SPANS TWO ASYMMETRIC UNITS - HENCE IT WAS DIVIDED INTO THE CURRENT CHAINS G AND H FOR CONVENIENT REPRESENTATION. CHAIN G (1_555) IS COVALENTLY LINKED TO CHAIN H OF ANOTHER ASYMMETRIC UNIT (3_665); AND CHAIN H (1_555) IS COVALENTLY LINKED TO CHAIN G OF ANOTHER ASYMMETRIC UNIT (2_655). THE SELECTION OF RESIDUES FROM THE DNA #5 AND #6 ARE DICTATED BY THEIR PROXIMITY (BASE PAIRING) TO CHAIN E.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: slow cooling / pH: 7
詳細: 125 mM magnesium acetate, 50 mM HEPES (pH 7.0) and 10% MPD in a 100 L sitting drop, equilibrated against a 0.5 ml reservoir of 1.4 M ammonium sulphate for two weeks. SLOW COOLING, temperature ...詳細: 125 mM magnesium acetate, 50 mM HEPES (pH 7.0) and 10% MPD in a 100 L sitting drop, equilibrated against a 0.5 ml reservoir of 1.4 M ammonium sulphate for two weeks. SLOW COOLING, temperature changed from 363K to 293K.
Temp details: slow colling from 90C to 20C

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X6A11.1
シンクロトロンNSLS X2521
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
211
反射解像度: 5.03→34.12 Å / Num. all: 3237 / Num. obs: 3129 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX(phenix.automr)モデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 5.03→34.118 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 39.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2288 290 10.58 %
Rwork0.1907 --
obs0.1949 2742 84.94 %
all-3237 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 134.494 Å2 / ksol: 0.268 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-37.29 Å2-0 Å20 Å2
2--37.29 Å20 Å2
3---263.2329 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.03→34.118 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1710 0 0 1710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.262934
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d33.054812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
5.0302-6.33090.3471300.31431117X-RAY DIFFRACTION78
6.3309-34.1190.20191600.15961335X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.87-2.04590.83072.435-0.70510.568-1.437-0.9839-1.22550.587-0.64941.81180.4885-1.05071.27612.31730.12360.31444.09841.39845.2406-33.51340.14840.8518
20.05940.22030.11540.96750.20890.68460.03260.06420.53111.0751-0.34191.85380.2206-0.6055-1.44952.2206-0.34761.36132.6551.41484.045-24.852411.88482.1269
39.68278.87950.14528.15720.13120.003-2.8732-0.1524-0.2043-1.0659-0.0466-2.9908-1.5862-1.60260.94543.220.3622-0.72653.11161.15863.3692-7.84527.03140.4809
43.2651-1.257-0.89350.71520.22630.2908-0.67150.1973-0.31010.87730.59071.00442.6383-0.02660.15443.0462-0.5398-0.80331.27460.30462.8172-1.281214.8429-14.2893
50.14720.1906-0.47730.63710.07363.10960.05220.65390.12020.3875-0.15341.6631-1.8708-1.5263-0.10673.4852-0.6653-0.14571.6185-0.4762.868512.134425.0374-16.842
61.0807-1.19773.63871.2909-3.95922.00810.2411-0.762-2.4101-0.71143.4215-0.55450.5087-1.22563.51611.60730.02681.12461.8070.42233.7795-7.143612.1248-6.8464
70.53790.85991.16141.37811.86412.5449-0.24630.603-0.6537-2.2512.2683-3.708-0.11110.7433-1.40741.80140.32970.62361.8944-0.02693.2094-25.20315.00255.86
85.050.72340.25482.6485-0.02341.19561.67480.1385-0.1909-0.8728-0.36280.01890.57990.7079-0.82552.44890.78430.41064.19211.41872.31999.831928.9862-27.901
90.3327-0.04570.10780.0121-0.15281.4093-0.00690.2176-0.33680.5886-0.24060.20810.5584-0.3009-0.73922.0005-1.77650.40352.5050.76353.881110.40517.147-17.7671
100.08920.08320.330.07280.31431.30861.2170.27211.7092-1.06330.3733-1.3286-2.0884-0.042-0.63012.08170.44192.13581.9869-0.23565.30819.472930.0937-29.7356
111.02181.5086-0.69733.9856-0.96510.47790.12190.27820.14630.4816-0.03142.1525-0.3295-0.4639-0.37551.3277-0.73151.39542.94460.16673.016928.104442.4421-28.1829
120.13440.19930.04540.32510.20860.5069-0.30940.207-0.2545-0.11630.0199-0.4477-0.1647-0.0488-0.94282.5938-1.80050.9361.5445-1.23461.573345.089137.6194-30.5112
130.75940.33860.26360.24060.04840.11220.51430.56350.07270.6273-0.52880.20890.9589-0.66160.1031.6094-0.1420.26372.3787-0.27360.690350.873143.3587-44.9699
141.39660.2080.40740.6883-0.07590.1297-0.41091.0609-0.1376-0.44250.0248-0.25550.16061.1046-0.16332.4587-0.12231.94333.11010.79311.196263.179654.5963-46.5048
156.8265-1.66330.74995.52073.78283.69431.98820.92090.7469-1.620.9839-0.24370.38580.42237.10731.2827-0.0410.19561.66760.76170.644945.650942.7508-37.7734
160.00410.0314-0.04860.6909-1.15531.93271.3991.65070.06070.6194-0.1864-0.4264-0.00750.71381.76321.19710.34081.13172.5507-0.70743.597827.510735.3372-24.772
170.07440.1846-0.25930.6743-1.00781.49630.44510.62771.0798-0.1605-0.2930.134-0.7774-0.2424-0.94992.21830.06971.78923.9350.57932.931463.324659.6197-57.4135
180.93540.528-0.03420.45930.57322.2450.45240.91770.5013-0.0002-0.4502-0.13560.90280.6774-0.01361.65060.40081.79412.5852-0.96782.210163.330447.1875-47.7037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 101:104)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 105:108)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 109:112)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 113:117)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 118:121)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 119:125)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 109:114)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain D and resid 101:104)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain D and resid 105:108)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain E and resid 101:104)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain E and resid 105:108)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain E and resid 109:112)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain E and resid 113:116)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain E and resid 117:121)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain F and resid 119:125)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain G and resid 109:114)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain H and resid 101:104)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain H and resid 105:108)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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