[日本語] English
万見
- PDB-3n7n: Structure of Csm1/Lrs4 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n7n
タイトルStructure of Csm1/Lrs4 complex
要素
  • Monopolin complex subunit CSM1
  • Monopolin complex subunit LRS4
キーワードREPLICATION / meiosis / rDNA
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule site clamp / chromosome, centromeric core domain / monopolin complex / meiotic sister chromatid segregation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / protein localization to nucleolar rDNA repeats / meiotic chromosome segregation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / rDNA chromatin condensation / homologous chromosome segregation ...microtubule site clamp / chromosome, centromeric core domain / monopolin complex / meiotic sister chromatid segregation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / protein localization to nucleolar rDNA repeats / meiotic chromosome segregation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / rDNA chromatin condensation / homologous chromosome segregation / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / rDNA heterochromatin formation / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle / nuclear envelope / nucleolus / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Monopolin complex subunit Lrs4/Mde4 / Monopolin complex subunit LRS4 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #80 / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1, C-terminal / Csm1/Pcs1, C-terminal domain superfamily / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Chromosome segregation protein Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 ...Monopolin complex subunit Lrs4/Mde4 / Monopolin complex subunit LRS4 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #80 / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1, C-terminal / Csm1/Pcs1, C-terminal domain superfamily / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Chromosome segregation protein Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Monopolin complex subunit CSM1 / Monopolin complex subunit LRS4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Corbett, K.D. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: The Monopolin Complex Crosslinks Kinetochore Components to Regulate Chromosome-Microtubule Attachments.
著者: Corbett, K.D. / Yip, C.K. / Ee, L.S. / Walz, T. / Amon, A. / Harrison, S.C.
履歴
登録2010年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Monopolin complex subunit CSM1
B: Monopolin complex subunit CSM1
C: Monopolin complex subunit CSM1
D: Monopolin complex subunit CSM1
E: Monopolin complex subunit LRS4
F: Monopolin complex subunit LRS4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5876
ポリマ－109,5876
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)152.624, 152.624, 118.794
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

-
要素

#1: タンパク質
Monopolin complex subunit CSM1 / Chromosome segregation in meiosis protein 1


分子量: 21776.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CSM1, SPO86, YCR086W, YCR86W / プラスミド: pST39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: P25651
#2: タンパク質 Monopolin complex subunit LRS4 / Loss of rDNA silencing protein 4


分子量: 11240.796 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP Residues 1-102, delta 38-44 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: D9461.25, LRS4, YDR439W / プラスミド: pST39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: Q04087

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 120 mM MgCl2, 16% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: side-bounce cryogenically cooled 220 silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→50 Å / Num. all: 6644 / Num. obs: 6644 / % possible obs: 43.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 3.9→4.04 Å / 冗長度: 1.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.464 / % possible all: 5.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
ADSCQuantumデータ収集
精密化解像度: 3.9→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 321 2.2 %
Rwork0.333 6321 -
obs-6642 44.5 %
溶媒の処理Bsol: 318.578 Å2
原子変位パラメータBiso max: 500 Å2 / Biso mean: 358.075 Å2 / Biso min: 87.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-103.662 Å20 Å20 Å2
2--103.662 Å20 Å2
3----207.325 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5496 0 0 0 5496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.544
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it52.27875
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it61.339100
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it81.254100
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it87.737125
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9-4.040.264750.349391X-RAY DIFFRACTION6.5
4.04-4.20.486660.2919135X-RAY DIFFRACTION9.6
4.2-4.390.390350.3631183X-RAY DIFFRACTION12.8
4.39-4.620.4562140.4165243X-RAY DIFFRACTION17.5
4.62-4.910.3998180.3458336X-RAY DIFFRACTION24.2
4.91-5.290.3605240.3767474X-RAY DIFFRACTION33.6
5.29-5.820.4715380.4221723X-RAY DIFFRACTION51.2
5.82-6.660.4941730.42271312X-RAY DIFFRACTION92
6.66-8.390.4305730.381388X-RAY DIFFRACTION96.6
8.39-500.2953650.29781436X-RAY DIFFRACTION94.6
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る