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- PDB-3n79: PduT C38S Mutant from Salmonella enterica Typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n79
タイトルPduT C38S Mutant from Salmonella enterica Typhimurium
要素PduT
キーワードELECTRON TRANSPORT / FeS Cluster / BMC shell protein / Pdu / Carboxysome
機能・相同性
機能・相同性情報


propanediol degradation polyhedral organelle / 1,2-propanediol catabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial microcompartment shell protein PduT / BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Bacterial microcompartment shell protein PduT / BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial microcompartment shell protein PduT
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Crowley, C.S. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural Insight into the Mechanisms of Transport across the Salmonella enterica Pdu Microcompartment Shell.
著者: Crowley, C.S. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Kopstein, J.S. / Bobik, T.A. / Yeates, T.O.
履歴
登録2010年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PduT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3774
ポリマ－20,2221
非ポリマー1553
水2,000111
1
A: PduT
ヘテロ分子

A: PduT
ヘテロ分子

A: PduT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,13112
ポリマ－60,6673
非ポリマー4649
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area20630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.680, 67.680, 61.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 PduT / Propanediol utilization protein


分子量: 20222.355 Da / 分子数: 1 / 変異: C38S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: pduT, STM2054 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9XDM8
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.3M LiSO4, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 25637 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.251 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.93
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.5-1.540.783.1204301896100
1.54-1.580.5784.2201821836100
1.58-1.630.4395.619746178999.9
1.63-1.680.356.9193011747100
1.68-1.730.2668.9188741704100
1.73-1.790.1912181631639100
1.79-1.860.14815.2176011579100
1.86-1.940.10620.8169121522100
1.94-2.020.07926.8161911454100
2.02-2.120.06134.4157271410100
2.12-2.240.05438.3147991331100
2.24-2.370.04742.1139531253100
2.37-2.540.04447.413091118199.9
2.54-2.740.04151.6122241104100
2.74-30.03756.4112121022100
3-3.350.03562.49920925100
3.35-3.870.03464.3847281399.6
3.87-4.740.0365.8720368498.1
4.74-6.710.02964.9551753398
6.71-33.840.03158.6183921568.5

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.1_357精密化
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 21.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 1286 5.16 %
Rwork0.189 --
obs0.191 24922 96.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.175 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 80.88 Å2 / Biso mean: 24.438 Å2 / Biso min: 8.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.012 Å20 Å20 Å2
2---2.012 Å20 Å2
3---4.025 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1326 0 7 111 1444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061418
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0251940
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003249
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.266533
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.560.2911290.2552427255690
1.56-1.6310.2481470.2262507265493
1.631-1.7170.2711320.2082593272596
1.717-1.8250.2371480.22649279797
1.825-1.9660.2351420.1962658280099
1.966-2.1630.2371510.18727042855100
2.163-2.4760.2261450.18727142859100
2.476-3.1190.2081690.19126972866100
3.119-29.6670.1661230.1692687281096
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.6806 Å / Origin y: 39.1018 Å / Origin z: 12.8509 Å
111213212223313233
T0.0661 Å20.0064 Å20.0078 Å2-0.1155 Å2-0.0099 Å2--0.0926 Å2
L0.5739 °2-0.7964 °20.2966 °2-1.5602 °2-0.412 °2--0.3062 °2
S-0.065 Å °-0.1122 Å °0.095 Å °-0.0014 Å °0.1205 Å °-0.1439 Å °-0.02 Å °-0.033 Å °-0.04 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 184
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 306
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 193
4X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 194
5X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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