PDB-3n74: Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n74

タイトル

Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase from Brucella melitensis

要素

3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / brucellosis / orchitis / epididymitis / mastitis / NADP

機能・相同性

Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DNA gyrase, subunit B:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase

機能・相同性情報

生物種

Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase from Brucella melitensis
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2010年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n74.cif.gz	343.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n74.ent.gz	281 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n74.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n74	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cgoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fwm-1 3gem-d 2ew8-d 3guy-1 5cej-1 5cg2-1 4nim-3 4iin-d 7krm-d 5xtf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BrabA.00010.g

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

B: 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

C: 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

D: 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

108 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.520, 96.500, 130.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 252 / Label seq-ID: 5 - 256

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

#1: タンパク質	3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase 分子量: 27124.154 Da / 分子数: 4 / 変異: R120S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌) 株: 2308 / 遺伝子: BAB2_0975 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q2YJS1, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase

分子量: 27124.154 Da / 分子数: 4 / 変異: R120S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌)
株: 2308 / 遺伝子: BAB2_0975 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q2YJS1, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.82 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 40.4 mg/mL protein against PACT screen condition d6, 0.1 M MMT buffer pH 9, 25% PEG 1500, 25% ethylene glycol used as cryo-protectant, crystal tracking ID 205370d6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 45900 / Num. obs: 45847 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.798 Å² / R_merge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 13.39
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. measured obs: 23550 / Num. unique all: 3367 / Num. unique obs: 3354 / % possible all: 99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 58.91 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	45.25 Å
Translation	3 Å	45.25 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1cgo

1cgo

解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / WR_factor R_free: 0.186 / WR_factor R_work: 0.141 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.858 / SU B: 11.988 / SU ML: 0.136 / SU R Cruickshank DPI: 0.266 / SU R_free: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	2301	5 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.173	45664	99.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.89 Å² / B_iso mean: 17.105 Å² / B_iso min: 3.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6531	0	0	593	7124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.356	1.975	9041
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.497	5	917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.158	25.148	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.063	15	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.826	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4976
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.613	1.5	4529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.138	2	7166
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.189	3	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.692	4.5	1870

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1569 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	LOOSE POSITIONAL	0.22	5
2	B	LOOSE POSITIONAL	0.2	5
3	C	LOOSE POSITIONAL	0.22	5
4	D	LOOSE POSITIONAL	0.33	5
1	A	LOOSE THERMAL	2.01	10
2	B	LOOSE THERMAL	1.37	10
3	C	LOOSE THERMAL	1.88	10
4	D	LOOSE THERMAL	1.88	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	159	-
R_work	0.204	3171	-
all	-	3330	-
obs	-	-	98.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1618	0.0045	0.0989	0.0596	0.0617	0.4178	0.011	-0.0477	0.0007	-0.019	0.0158	0.0175	-0.0025	0.0564	-0.0269	0.0162	-0.0016	-0.0094	0.0354	-0.0071	0.0121	-2.3948	13.4826	-19.5334
2	0.2146	0.0031	-0.1758	0.2498	0.0334	0.2704	0.0044	0.0349	-0.0185	-0.0028	0.0107	0.007	0.0016	0.0192	-0.0151	0.0187	0.0009	-0.0093	0.0237	-0.0141	0.0122	-5.5474	10.7132	-49.6674
3	0.2541	-0.0801	0.1967	0.1113	0.0286	0.5034	0.009	0.0144	0.0262	-0.0192	0.0312	-0.0085	0.0122	-0.0215	-0.0402	0.0127	-0.0127	-0.0024	0.0288	0.0163	0.0173	-37.5331	14.9755	-45.996
4	0.025	0.0327	-0.0222	0.1512	0.0184	0.5264	-0.0104	-0.0197	0.0005	-0.0109	0.0138	-0.0087	0.0323	-0.0192	-0.0034	0.0136	0.0023	-0.0052	0.0295	0.003	0.0174	-34.1707	14.0088	-15.6922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999

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関連情報:EMDBヘッダ

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