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- PDB-3n52: crystal Structure analysis of MIP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n52
タイトルcrystal Structure analysis of MIP2
要素C-X-C motif chemokine 2
キーワードCYTOKINE / MIP-2 Structure / macrophage inflammatory protein 2 / cxcl2
機能・相同性
機能・相同性情報


Chemokine receptors bind chemokines / G alpha (i) signalling events / CXCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / leukocyte chemotaxis / chemokine activity / cellular response to interleukin-1 / response to glucocorticoid / response to amphetamine / neutrophil chemotaxis ...Chemokine receptors bind chemokines / G alpha (i) signalling events / CXCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / leukocyte chemotaxis / chemokine activity / cellular response to interleukin-1 / response to glucocorticoid / response to amphetamine / neutrophil chemotaxis / response to gamma radiation / response to molecule of bacterial origin / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / response to estradiol / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to lipopolysaccharide / inflammatory response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-X-C motif chemokine 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rajasekaran, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: A Model of GAG/MIP-2/CXCR2 Interfaces and Its Functional Effects.
著者: Rajasekaran, D. / Keeler, C. / Syed, M.A. / Jones, M.C. / Harrison, J.K. / Wu, D. / Bhandari, V. / Hodsdon, M.E. / Lolis, E.J.
履歴
登録2010年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年8月1日Group: Database references
改定 1.32012年10月3日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-X-C motif chemokine 2
B: C-X-C motif chemokine 2
C: C-X-C motif chemokine 2
D: C-X-C motif chemokine 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4414
ポリマ－31,4414
非ポリマー00
水4,738263
1
A: C-X-C motif chemokine 2
B: C-X-C motif chemokine 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7212
ポリマ－15,7212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8490 Å2
手法PISA
2
C: C-X-C motif chemokine 2
D: C-X-C motif chemokine 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7212
ポリマ－15,7212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8040 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area13520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.755, 59.446, 99.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
C-X-C motif chemokine 2 / Macrophage inflammatory protein 2 / MIP2


分子量: 7860.309 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 28-100 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cxcl2, Mip-2, Mip2, Scyb2 / 発現宿主: Pichia Pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P10889
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 38% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 93.1 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 30727 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 41.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.62-1.682.10.38166.4
1.68-1.752.90.238187
1.75-1.824.40.178199.2
1.82-1.9250.1241100
1.92-2.0450.0921100
2.04-2.250.0741100
2.2-2.425.10.0611100
2.42-2.775.10.0491100
2.77-3.495.10.0411100
3.49-504.90.032199.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.654 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22553 1018 5.1 %RANDOM
Rwork0.18591 ---
obs0.18785 19059 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.37 Å20 Å20 Å2
2---2.35 Å20 Å2
3----2.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2038 0 0 263 2301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0222073
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4592.012817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.55271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.24226.76965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.15815386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.953157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0221465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6321.51379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.67922244
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4833694
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.5134.5573
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 77 -
Rwork0.178 1331 -
obs--98.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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