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万見
- PDB-3n3g: 4-(3-Trifluoromethylphenyl)-pyrimidine-2-carbonitrile as cathepsi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n3g
タイトル4-(3-Trifluoromethylphenyl)-pyrimidine-2-carbonitrile as cathepsin S inhibitors: N3, not N1 is critically important
要素Cathepsin S
キーワードHYDROLASE / Cathepsin S / covalent inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin S / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures ...cathepsin S / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / toll-like receptor signaling pathway / antigen processing and presentation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / fibronectin binding / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / laminin binding / collagen binding / MHC class II antigen presentation / phagocytic vesicle / Degradation of the extracellular matrix / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein processing / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / late endosome / tertiary granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / adaptive immune response / ficolin-1-rich granule lumen / lysosome / immune response / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-935 / Chem-93N / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cathepsin S
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Fradera, X. / Uitdehaag, J.C.M. / van Zeeland, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: 4-(3-Trifluoromethylphenyl)-pyrimidine-2-carbonitrile as cathepsin S inhibitors: N3, not N1 is critically important.
著者: Cai, J. / Fradera, X. / van Zeeland, M. / Dempster, M. / Cameron, K.S. / Bennett, D.J. / Robinson, J. / Popplestone, L. / Baugh, M. / Westwood, P. / Bruin, J. / Hamilton, W. / Kinghorn, E. / ...著者: Cai, J. / Fradera, X. / van Zeeland, M. / Dempster, M. / Cameron, K.S. / Bennett, D.J. / Robinson, J. / Popplestone, L. / Baugh, M. / Westwood, P. / Bruin, J. / Hamilton, W. / Kinghorn, E. / Long, C. / Uitdehaag, J.C.
履歴
登録2010年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin S
B: Cathepsin S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,69610
ポリマ－48,0142
非ポリマー1,6828
水9,224512
1
A: Cathepsin S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0025
ポリマ－24,0071
非ポリマー9954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cathepsin S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6945
ポリマ－24,0071
非ポリマー6874
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.757, 85.757, 150.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-218-

SO4

21A-308-

HOH

31A-335-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cathepsin S


分子量: 24006.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSS / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4 (Hi-5) / 参照: UniProt: P25774, cathepsin S

-
非ポリマー , 7種, 520分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-935 / (E)-1-(6-{4-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]-3-(trifluoromethyl)phenyl}pyridin-2-yl)methanimine


分子量: 406.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25F3N4O
#5: 化合物 ChemComp-93N / 6-{4-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]-3-(trifluoromethyl)phenyl}pyridine-2-carbonitrile


分子量: 404.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23F3N4O
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: crystallisation solution: 50 mM NaAcetate, 0.25 M NaCl, 4 mM MMTS, 30% PEG 4K, 0.1 M NaCitrate, 0,2 M (NH4)2SO4, 10 mM DMSO, 10 mM DTT. Cryoprotectant composition: 30% PEG 4K, 0.1 M ...詳細: crystallisation solution: 50 mM NaAcetate, 0.25 M NaCl, 4 mM MMTS, 30% PEG 4K, 0.1 M NaCitrate, 0,2 M (NH4)2SO4, 10 mM DMSO, 10 mM DTT. Cryoprotectant composition: 30% PEG 4K, 0.1 M NaCitrate, 0.2 M (NH4)2SO4, 15% PEG 400 (+ 10% compound). Ligand was introduced by soaking crystals prepared with another compound, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→85.75 Å / Num. obs: 65361 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 5.28 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 5.3 / Scaling rejects: 2609
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 1.41 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. measured all: 2568 / Num. unique all: 1825 / Χ2: 0.84 / % possible all: 24.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.5Lデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→74.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.265 / WRfactor Rwork: 0.223 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.778 / SU B: 3.206 / SU ML: 0.101 / SU R Cruickshank DPI: 0.112 / SU Rfree: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 3289 5 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.225 65283 87.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.83 Å2 / Biso mean: 24.555 Å2 / Biso min: 11.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→74.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3372 0 100 512 3984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1451.9714873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8713.0055911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5915442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.38824.485165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.87315566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.1671514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02757
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.22630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21747
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21701
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.250.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1670.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5531.52244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1041.5901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83923442
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.34731642
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9714.51426
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.645 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.546 53 -
Rwork0.471 986 -
all-1039 -
obs--19.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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