PDB-3n2a: Crystal structure of bifunctional folylpolyglutamate synthase/dih...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n2a

タイトル

Crystal structure of bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase from Yersinia pestis CO92

要素

Bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase

キーワード

LIGASE / tetrahydrofolate synthase / ATP binding / magnesium banding / NIAID / Structural Genomics / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrofolate synthase activity / tetrahydrofolylpolyglutamate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Nocek, B. / Maltseva, N. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase from Yersinia pestis CO92
著者: Nocek, B. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n2a.cif.gz	181 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n2a.ent.gz	143.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n2a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1w7kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qcz-d 4m2m-d 3t5b-d 3pyz-d 1w78-d 5zrn-1 6ch4-3 3nrs-d 5iqh-1 3qya-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90784

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase

ヘテロ分子

48.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.853, 78.791, 124.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase / FolC bifunctional protein 分子量: 47550.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: folC, YPN_2178, YP516_2438 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q1CHM3, UniProt: A0A0H2YK03*PLUS, dihydrofolate synthase, tetrahydrofolate synthase

#1: タンパク質

Bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase / FolC bifunctional protein

分子量: 47550.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: folC, YPN_2178, YP516_2438 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q1CHM3, UniProt: A0A0H2YK03*PLUS, dihydrofolate synthase, tetrahydrofolate synthase

-
非ポリマー , 5種, 229分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Magnesium formate 20% Peg 3350 15 % glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 48106 / Num. obs: 48106 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 33.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1W7K

1w7k

解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 4.963 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20238	2423	5.1 %	RANDOM
R_work	0.176	-	-	-
obs	0.17736	45277	99.45 %	-
all	-	47700	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.091 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3086	0	42	224	3352

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	3226
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.447	1.968	4398
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.917	3	5192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.637	5	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.959	23.873	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.403	15	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.989	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3621
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	642
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.836	1.5	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.245	1.5	830
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.428	2	3244
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.236	3	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.513	4.5	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	170	-
R_work	0.215	3273	-
obs	-	-	99.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8329	-0.7229	0.8617	2.2975	-2.3443	6.7748	-0.055	0.1306	-0.2944	-0.3906	0.024	0.0895	1.1002	-0.2513	0.031	0.3531	-0.0284	0.0157	0.0574	-0.0326	0.1346	65.723	41.8621	3.3556
2	1.7799	0.6824	-0.505	2.3146	-0.6114	2.8163	-0.0507	-0.1409	-0.0916	0.3146	-0.0568	-0.4063	0.3046	0.3824	0.1075	0.1482	0.0568	0.0107	0.2031	0.0296	0.183	75.7901	45.2884	18.3113
3	0.2104	-0.3125	-0.3645	0.7813	0.03	1.5571	0.0164	-0.0254	0.0444	-0.0335	0.0313	-0.0846	-0.1452	0.1127	-0.0477	0.1737	-0.0417	-0.0041	0.1598	-0.0035	0.1703	64.613	64.8758	18.5935
4	2.0104	-0.9057	-0.875	0.8793	-0.0077	2.5052	0.073	0.0804	-0.1471	-0.1895	-0.1429	0.0983	0.016	-0.0966	0.0699	0.1619	-0.0118	-0.0152	0.1734	-0.0165	0.1526	63.2987	56.1138	5.7454
5	1.0294	-0.1893	-0.5265	4.203	-1.4313	2.6579	-0.016	0.0277	-0.0494	-0.1092	-0.0708	-0.2651	0.2847	0.3201	0.0868	0.1497	0.0228	0.0165	0.1926	0.008	0.1737	72.9119	48.5893	10.73
6	1.5399	0.3261	-0.5162	1.282	-0.7794	1.5603	-0.0557	-0.1131	-0.034	-0.0569	0.0896	-0.049	0.174	0.0838	-0.0338	0.1776	-0.0062	-0.0153	0.1449	0.001	0.1263	63.6252	54.0578	24.9313
7	1.4624	0.6183	-0.3843	2.6797	-0.5291	1.181	-0.048	-0.298	-0.1381	0.2234	0.0208	-0.0506	0.0622	0.1915	0.0271	0.2005	0.0091	-0.0188	0.1693	0.007	0.1007	63.3769	54.6851	35.8196
8	7.4457	-1.2355	-1.2986	3.0516	0.2765	1.5667	-0.0245	-0.1391	-0.0091	0.3948	0.0867	0.0955	-0.1032	0.0551	-0.0622	0.2263	-0.0233	0.002	0.1338	-0.0646	0.1213	59.2784	69.1394	36.1825
9	0.8182	0.0876	-0.5828	1.2386	-0.0488	0.8731	0.0416	-0.159	0.067	0.0853	0.047	0.0001	-0.2222	0.0525	-0.0886	0.1994	-0.0273	0.0084	0.1332	-0.0441	0.1644	60.1354	74.8974	27.5567
10	4.5659	3.0579	1.9913	2.687	2.1925	2.0717	-0.078	0.2405	0.2428	-0.1818	0.1086	0.0972	-0.2966	0.0122	-0.0306	0.2554	0.0098	0.0115	0.1792	0.019	0.1802	52.7308	71.1658	15.4746
11	3.6612	-0.6985	2.4772	0.5877	-1.849	7.1116	-0.0571	-0.2614	0.188	0.2205	0.2139	0.1248	-0.5834	-0.6272	-0.1568	0.1584	0.0243	0.0226	0.2285	0.055	0.2136	41.4827	62.3224	20.8894
12	4.8594	-3.4526	0.5972	5.2811	-1.8646	4.2749	0.1592	-0.228	-0.5537	0.0945	0.2447	0.7199	-0.0258	-0.6444	-0.4039	0.0355	-0.0542	0.0164	0.2419	0.0441	0.2623	35.7415	55.885	17.883
13	9.5883	-3.1156	3.4283	3.9222	-1.1811	2.7091	0.2228	-0.5433	-0.2491	0.2719	-0.116	-0.0598	-0.0144	-0.4717	-0.1068	0.0959	-0.0741	0.0228	0.2785	0.1014	0.2395	37.8145	52.9527	25.6743
14	3.4069	-0.2927	0.7543	5.047	-2.099	4.7808	0.1194	0.1211	-0.4009	-0.0681	0.053	0.3632	0.2564	-0.6044	-0.1724	0.0245	-0.0647	-0.0171	0.2528	0.0181	0.3277	33.2895	51.6034	13.7034
15	2.0778	-0.3131	-0.199	2.2639	-1.0764	4.9772	0.1058	0.1875	-0.2601	-0.2009	0.041	0.103	0.3197	-0.1362	-0.1468	0.1201	-0.0461	-0.0461	0.1998	-0.0023	0.2237	44.7661	54.9113	9.6989

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	26 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	48 - 82
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	83 - 110
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	111 - 139
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	140 - 176
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	177 - 218
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	219 - 231
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	247 - 286
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	287 - 306
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	307 - 331
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	332 - 352
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	353 - 368
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	369 - 416
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	417 - 434

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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