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- PDB-3n1f: Crystal Structure of IhhN bound to CDOFn3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n1f
タイトルCrystal Structure of IhhN bound to CDOFn3
要素
  • Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes
  • Indian hedgehog protein
キーワードPROTEIN BINDING / Binding Sites / Cell Adhesion Molecules / Cell Cycle Proteins / Cell Line / Conserved Sequence / Fibronectins / Hedgehog Proteins / Immunoglobulin G / Membrane Glycoproteins / Membrane Proteins / Tertiary / Receptors / Cell Surface / Sequence Homology / Signal Transduction / Tumor Suppressor Proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


vitelline membrane formation / negative regulation of eye pigmentation / camera-type eye photoreceptor cell fate commitment / chondrocyte differentiation involved in endochondral bone morphogenesis / skeletal muscle satellite cell differentiation / embryonic skeletal joint development / embryonic body morphogenesis / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / Formation of lateral plate mesoderm / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation ...vitelline membrane formation / negative regulation of eye pigmentation / camera-type eye photoreceptor cell fate commitment / chondrocyte differentiation involved in endochondral bone morphogenesis / skeletal muscle satellite cell differentiation / embryonic skeletal joint development / embryonic body morphogenesis / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / Formation of lateral plate mesoderm / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / embryonic camera-type eye morphogenesis / cholesterol-protein transferase activity / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / Ligand-receptor interactions / chondrocyte proliferation / negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / negative regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of T cell differentiation in thymus / epithelial cell-cell adhesion / retinal pigment epithelium development / proteoglycan metabolic process / Activation of SMO / patched binding / embryonic digestive tract morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue development / somite development / epithelial cell morphogenesis / self proteolysis / smooth muscle tissue development / Release of Hh-Np from the secreting cell / embryonic pattern specification / head morphogenesis / intein-mediated protein splicing / myoblast fusion / positive regulation of smoothened signaling pathway / pancreas development / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Class B/2 (Secretin family receptors) / regulation of growth / negative regulation of chondrocyte differentiation / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / cell fate specification / anterior/posterior pattern specification / lens development in camera-type eye / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / embryonic digit morphogenesis / smoothened signaling pathway / branching involved in blood vessel morphogenesis / Myogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / heart looping / protein autoprocessing / positive regulation of collagen biosynthetic process / neuroblast proliferation / neuron development / bone resorption / maternal process involved in female pregnancy / response to mechanical stimulus / cell maturation / extracellular matrix / positive regulation of neuron differentiation / positive regulation of epithelial cell proliferation / liver regeneration / skeletal system development / Hedgehog ligand biogenesis / Hedgehog 'on' state / multicellular organism growth / cerebral cortex development / cell-cell adhesion / neuron differentiation / osteoblast differentiation / nervous system development / cell-cell signaling / response to estradiol / peptidase activity / regulation of gene expression / in utero embryonic development / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / positive regulation of MAPK cascade / cell adhesion / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal ...Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Indian hedgehog protein / Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kavran, J.M. / Leahy, D.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: All mammalian Hedgehog proteins interact with cell adhesion molecule, down-regulated by oncogenes (CDO) and brother of CDO (BOC) in a conserved manner.
著者: Kavran, J.M. / Ward, M.D. / Oladosu, O.O. / Mulepati, S. / Leahy, D.J.
履歴
登録2010年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indian hedgehog protein
B: Indian hedgehog protein
C: Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes
D: Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,93812
ポリマ－61,5664
非ポリマー3718
水13,619756
1
A: Indian hedgehog protein
D: Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9696
ポリマ－30,7832
非ポリマー1864
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Indian hedgehog protein
C: Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9696
ポリマ－30,7832
非ポリマー1864
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.758, 98.198, 144.105
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Indian hedgehog protein / IHH / HHG-2 / Indian hedgehog protein N-product / Indian hedgehog protein C-product


分子量: 19122.406 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IHH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14623
#2: タンパク質 Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes


分子量: 11660.819 Da / 分子数: 2 / 断片: Third FN3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDON, CDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4KMG0
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 756 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20% PEG 3350, 200mM Ca(OAc), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.6→100 Å / Num. obs: 67040 / Observed criterion σ(F): 1.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3D1M

3d1m


解像度: 1.6→25.311 Å / SU ML: 1.39 / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Hydrogens were added to the model but not refined as suggested in the Phenix Refinement Program. Reference: Afonine, P.V., Grosse-Kunstleve, R.W. & Adams, P.D. (2005). CCP4 Newsl. 42, contribution 8.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1894 3090 5.05 %
Rwork0.153 --
obs0.1548 61182 90.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.6854 Å2-0 Å2-0 Å2
2---9.1715 Å20 Å2
3----8.6921 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→25.311 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4008 0 8 756 4772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097467
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24513165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2971935
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051192
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.62440.25741110.23252175X-RAY DIFFRACTION77
1.6244-1.65110.26231510.20332262X-RAY DIFFRACTION80
1.6511-1.67950.21951460.19572325X-RAY DIFFRACTION82
1.6795-1.71010.25951250.18032403X-RAY DIFFRACTION83
1.7101-1.74290.21271210.16612464X-RAY DIFFRACTION85
1.7429-1.77850.20661400.16532431X-RAY DIFFRACTION85
1.7785-1.81720.23231270.1622511X-RAY DIFFRACTION87
1.8172-1.85940.19121290.16032478X-RAY DIFFRACTION86
1.8594-1.90590.21781140.15222569X-RAY DIFFRACTION88
1.9059-1.95740.2131410.14372625X-RAY DIFFRACTION91
1.9574-2.0150.19671470.1452688X-RAY DIFFRACTION94
2.015-2.080.18291470.14222796X-RAY DIFFRACTION96
2.08-2.15430.16781620.1392785X-RAY DIFFRACTION97
2.1543-2.24050.18011580.1362834X-RAY DIFFRACTION97
2.2405-2.34240.1581480.12992757X-RAY DIFFRACTION96
2.3424-2.46580.18161380.13622754X-RAY DIFFRACTION95
2.4658-2.62020.17611480.13792742X-RAY DIFFRACTION94
2.6202-2.82220.21091470.14952747X-RAY DIFFRACTION94
2.8222-3.10580.19181390.14662800X-RAY DIFFRACTION95
3.1058-3.55420.16581450.13072946X-RAY DIFFRACTION99
3.5542-4.47380.14161450.12562956X-RAY DIFFRACTION99
4.4738-25.31410.17751610.16463044X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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