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- PDB-3n0s: Crystal structure of BA2930 mutant (H183A) in complex with AcCoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n0s
タイトルCrystal structure of BA2930 mutant (H183A) in complex with AcCoA
要素Aminoglycoside N3-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ACCOA / 2 ACYLTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID
機能・相同性aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / ACETYL COENZYME *A / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Klimecka, M.M. / Chruszcz, M. / Porebski, P.J. / Cymborowski, M. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Analysis of a Putative Aminoglycoside N-Acetyltransferase from Bacillus anthracis.
著者: Klimecka, M.M. / Chruszcz, M. / Font, J. / Skarina, T. / Shumilin, I. / Onopryienko, O. / Porebski, P.J. / Cymborowski, M. / Zimmerman, M.D. / Hasseman, J. / Glomski, I.J. / Lebioda, L. / ...著者: Klimecka, M.M. / Chruszcz, M. / Font, J. / Skarina, T. / Shumilin, I. / Onopryienko, O. / Porebski, P.J. / Cymborowski, M. / Zimmerman, M.D. / Hasseman, J. / Glomski, I.J. / Lebioda, L. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W.
履歴
登録2010年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年8月3日Group: Database references
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside N3-acetyltransferase
D: Aminoglycoside N3-acetyltransferase
C: Aminoglycoside N3-acetyltransferase
B: Aminoglycoside N3-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,60611
ポリマ－121,0804
非ポリマー3,5257
水6,738374
1
A: Aminoglycoside N3-acetyltransferase
B: Aminoglycoside N3-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4226
ポリマ－60,5402
非ポリマー1,8824
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area22730 Å2
手法PISA
2
D: Aminoglycoside N3-acetyltransferase
C: Aminoglycoside N3-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1845
ポリマ－60,5402
非ポリマー1,6433
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area22600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.036, 109.441, 74.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 263 / Label seq-ID: 4 - 266

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BD
3CC
4DB

-
要素

#1: タンパク質
Aminoglycoside N3-acetyltransferase


分子量: 30270.102 Da / 分子数: 4 / 変異: H183A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: aacC7, BA_2930, GBAA2930, GBAA_2930 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)
参照: UniProt: Q81P86, UniProt: A0A3P1UCA6*PLUS, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES-Na, 17%w/v PEG 3350, 0.18Molal MgCl2, 1%w/v CHAPS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月19日 / 詳細: Be Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 57925 / Num. obs: 57925 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.487 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3KZL

3kzl


解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 10.689 / SU ML: 0.146 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22794 2907 5.1 %RANDOM
Rwork0.17299 ---
obs0.17583 54459 99.04 %-
all-54459 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.489 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.31 Å20 Å21.07 Å2
2---1.82 Å20 Å2
3---1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8260 0 221 374 8855
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0228705
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7141.97911827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4123.00314161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.15951062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.48624.29359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.612151477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6521552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021651
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9841.55306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1971.52154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8128607
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.08833399
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7354.53220
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1526medium positional0.290.5
B1526medium positional0.30.5
C1526medium positional0.240.5
D1526medium positional0.250.5
A1894loose positional0.725
B1894loose positional0.735
C1894loose positional0.675
D1894loose positional0.665
A1526medium thermal0.772
B1526medium thermal0.782
C1526medium thermal0.872
D1526medium thermal0.792
A1894loose thermal0.9810
B1894loose thermal1.0110
C1894loose thermal0.9710
D1894loose thermal0.9210
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 205 -
Rwork0.223 3928 -
obs--96.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.19280.14620.42281.76340.51560.7349-0.06760.08040.1287-0.0350.00080.2535-0.1027-0.12750.06670.1421-0.0065-0.10750.28170.02010.1465-3.539.21436.314
20.9966-0.37590.31310.9657-0.05020.8807-0.0437-0.00090.00860.06340.0275-0.07230.01670.07480.01620.1078-0.0001-0.08380.22630.00970.082421.58-9.45543.725
30.87130.33340.21732.16060.59970.686-0.0470.0910.04710.02910.02270.3172-0.0415-0.06730.02430.14-0.0036-0.08240.27340.01220.118610.3629.2781.218
41.0074-0.24810.18710.83620.15850.6997-0.11080.02110.00480.08060.086-0.08620.00160.10910.02480.15080.0103-0.08460.25670.01720.075436.024-8.03610.164
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 263
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 263
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 263
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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