- PDB-3mzn: Crystal structure of probable glucarate dehydratase from chromoha... -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3mzn
タイトル
Crystal structure of probable glucarate dehydratase from chromohalobacter salexigens dsm 3043
要素
Glucarate dehydratase
キーワード
LYASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / NYSGRC / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報
glucarate dehydratase activity / glucarate dehydratase / metal ion binding 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 80222 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 19.986 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル
解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.9
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SHELX
モデル構築
RESOLVE
モデル構築
REFMAC
5.5.0109
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SHELX
位相決定
RESOLVE
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.568 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.18912
2380
3 %
RANDOM
Rwork
0.15362
-
-
-
obs
0.15472
76656
98.99 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK